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[软件使用] 【TBtools】检验引物特异性或多态性

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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.7.4 08:20:08 | 显示全部楼层 |阅读模式
    本帖最后由 Wuii 于 2016.7.4 21:37 编辑

        高通量数据到手了,引物设计好了(直接掐头掐尾就可以了,引物设计原则稍微看看,基本没问题)
        到手的引物,我们总要检验引物特异性
        对于模式生物,一般直接上NCBI-primer blast , 搞定,
        但是,对于非模式生物,NCBI 上存在其较少的基因序列,我们如何进行primer-blast 都检测不了

        所以,比较的办法就是本地blast,具体参数参考,给予需要的人---图解blast验证引物教程, 这个教程写得好。

        还有一个办法,那就是使用TBtools
        需要的输入信息是,
        1. 转录本参考序列
        2. 引物序列
        3. 引物碱基错配数目

        运行速度不快,不依赖于blast,不支持引物gap,不过做特异性检测,或者多态性检测也是够了
        上个动图


        下载地址:【TBtools】工具汇总目录贴
        下载后,若非最新版,则会在启动程序后的弹窗,点击链接,下载最新版即可


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    Eric_Young + 10 + 5 骚年还是那么牛逼啊

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  • TA的每日心情
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    发表于 2016.7.13 15:13:49 | 显示全部楼层
    谢谢楼楼啊。
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  • TA的每日心情

    4 天前
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  • TA的每日心情

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    发表于 2016.8.12 22:22:56 | 显示全部楼层
    啊。。。当初我还傻傻的用本地Blast做引物特异性检测~好东西!感谢!
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  • TA的每日心情

    2017.10.23 10:50
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    [LV.4]偶尔看看III

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    发表于 2016.10.8 22:33:55 | 显示全部楼层
    恩,明天就检验一下自己扩增序列引物的特异性
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  • TA的每日心情
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    发表于 2018.5.23 17:23:50 | 显示全部楼层
    继续带走!
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    发表于 2018.5.23 17:34:59 | 显示全部楼层
    全部带走。。。。
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