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标题: IGV中如何同时显示正负链的比对结果 [打印本页]

作者: zlbiochem 时间: 2016.4.10 17:49
标题: IGV中如何同时显示正负链的比对结果
我在用IGV进行可视化的时候，导入bam后每个样品只能显示一条链的信息，如何能让一个样品的正负链同时显示出来呢？谢谢！

作者: 基迪奥-周煌凯 时间: 2016.4.11 02:05
bam文件导入后，
(1)右键点击界面最左边得到图标，然后“group alignment by” → “first in paired strand”
(2) 然后 “color alignment by ” → “first in paired strand” [attach]1214[/attach]

效果图如下：
[attach]1215[/attach]

by the way， TDF文件如果使用IGV转化无法按照链特异显示。你必须用其他软件，例如 genomeview的1个插件来将sam/bam转化为TDF，然后可以使用 genomeview 按照链特异显示。

作者: zlbiochem 时间: 2016.4.11 09:14
多谢周师傅！还有个问题，我看有的人是导入的bed文件在IGV中进行可视化，他每个样品的bed文件分为正链和负链2个，请问一下如何得到这样的bed文件呢？是从一个bam里面分开的，还是有什么其他方法？谢谢！

作者: 基迪奥-周煌凯 时间: 2016.4.11 16:11

zlbiochem 发表于 2016.4.11 09:14
多谢周师傅！还有个问题，我看有的人是导入的bed文件在IGV中进行可视化，他每个样品的bed文件分为正链和负 ...

如果区分正负链，建议使用 IGV格式（是文件格式，不是软件）。 IGV官方网站有这个格式的说明，这个文件上为负值的部分，自然被显示为负链。

作者: doctor125 时间: 2016.4.11 16:52
不错不错，学习了

作者: 朱强龙 时间: 2016.4.12 08:42
路过，随便学习一下

作者: yulin 时间: 2016.4.12 15:08
周老师的回答还精辟啊

作者: xndless 时间: 2017.2.10 09:20

基迪奥-周煌凯发表于 2016.4.11 02:05
bam文件导入后，
(1)右键点击界面最左边得到图标，然后“group alignment by” → “first in paired stran ...

请问老师，对IGV的版本有要求吗？我的为啥没看到相关选项呢？

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