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标题: 关于同一物种不同发育阶段的SNP分析问题 [打印本页]

作者: 开挂 时间: 2016.4.8 10:17
标题: 关于同一物种不同发育阶段的SNP分析问题
同一物种，两个不同发育阶段的SNP数目不同、涉及的unigenes也不同，请问对其中发生了非同义突变的这些unigenes进行GO、KEGG富集分析有意义么？能说明什么问题？

作者: 基迪奥-周煌凯 时间: 2016.4.8 12:36
这里的SNP，是没有意义的。
因为你的关心的问题是实验处理对个体的影响。而实验处理只会影响基因的表达，而不会让DNA发生变异。
这里的SNP来源于个体本身的遗传背景差异（随机的），和实验处理无关。

作者: 开挂 时间: 2016.4.8 14:55

基迪奥-周煌凯发表于 2016.4.8 12:36
这里的SNP，是没有意义的。
因为你的关心的问题是实验处理对个体的影响。而实验处理只会影响基因的表达，而 ...

(⊙o⊙)额
周老师，那如果我把两组中所有涉及氨基酸突变的SNP放在一起分析呢？
后面能说是由于环境压力选择导致某类基因的变异增多么？
哎，在写毕业论文，感觉内容不够，想找点东西凑凑....

作者: yuzhe891 时间: 2016.4.8 16:13
你的意思是，一个人今天受到阳光沐浴，就突变了一点，明天受到雨露沐浴，又突变了一点。一个人活着真不容易，没准哪天就突变成隔壁老王了，啥也说不清楚了···

作者: qinyuan 时间: 2016.4.8 16:47
SNP数目

也会随着发育阶段而改变呀？

作者: 开挂 时间: 2016.4.8 17:03

yuzhe891 发表于 2016.4.8 16:13
你的意思是，一个人今天受到阳光沐浴，就突变了一点，明天受到雨露沐浴，又突变了一点。一个人活着真不容易 ...

提取的RNA是一批个体，而不是一个个体啊

作者: 开挂 时间: 2016.4.8 17:05

yuzhe891 发表于 2016.4.8 16:13
你的意思是，一个人今天受到阳光沐浴，就突变了一点，明天受到雨露沐浴，又突变了一点。一个人活着真不容易 ...

http://xueshu.baidu.com/s?wd=pap ... 498047&ie=utf-8

作者: yuzhe891 时间: 2016.4.8 18:07

开挂发表于 2016.4.8 17:03
提取的RNA是一批个体，而不是一个个体啊

你哥和你，谁沐浴成隔壁老王，你父母都不干啊！

作者: yuzhe891 时间: 2016.4.8 18:27

开挂发表于 2016.4.8 17:05
http://xueshu.baidu.com/s?wd=paperuri%3A%28c85264344c539e5cc44c2e4c615dda1b%29&filter=sc_long_sign ...

plos one的水，估计现在也不能这么灌了。
哥们你应该是RNAseq中毒太深了吧。
首先，RNA水平的SNP，虽然从理论上来讲，call call无伤大雅，但是大牛们可都不太认可啊，RNA水平的SNP一般基本不再往下深究了，否则打自己脸了。
其次，文章里的那些比较，都是基于他们由于转录本不同导致的SNP的检出差别，数目啊基因啊不一样和SNP基本上半毛钱关系木有。
最后，想凑啥就凑啥吧，祝你顺利毕业！

作者: 基迪奥-周煌凯 时间: 2016.4.8 23:36