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课程-空间组学理论与实操

空间转录组作为一个新技术,大众对它的技术原理、应用策略和分析方法都还比较陌生。本系列课程将对空间转录组进行全面的介绍。

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空间是与生命紧密相关的重要属性,无论生长发育还是分子代谢都需要按照特定的空间顺序进行。因此,将空间信息和高通量组学结合在一起的空间转录组技术自然而然地成为了近年来的热门话题,也是《Nature Methods2020年度技术。同时,空间转录组作为一个新技术,大众对它的技术原理、应用策略和分析方法都还比较陌生。本课程将分为以下六个章节来对空间转录组进行全面的介绍:

 

1    空间组学技术简介

 

理论课程。从研究意义、技术原理、应用策略和分析方法四个角度来全面解读空间转录组,带你认识空间转录组,整理研究思路。

 

 

2    空间转录组样本制备

 

实验课程。以最直观的方式呈现组织的包埋过程,为早期实验准备提供指导。

 

3    R语言入门

 

实操课程。R语言作为生物信息学的重要统计学语言,在空间转录组的数据分析和结果呈现上发挥着重要作用,本章节则对R语言的基础操作进行讲解,包括基础语言、数据结构和脚本编写三个主要内容。

 

 

4    空间转录组数据的可视化

 

实操课程。空间转录组包含空间和组学两个方面的信息,其数据的可视化是数据挖掘过程中的不可分割部分。现在常用的可视化软件是10X官方软件Loupe BrowserR语言包Seurat,这两个软件各具优缺点。本章节主要介绍两个软件进行数据可视化和分析的操作流程。

 

 

5    空间多组学研究

 

理论课程。多组学一直是空间转录组分析中的主要分析方向,是向高分辨率单细胞空间图谱的探索、细胞空间互作以及基因和细胞的空间共定位的必要手段。

 

 

6    实用技能拓展

 

实操课程。空间转录组是注重图形(空间信息)与数据(高通量组学)的全新技术,使用AI绘制更准确或更模式化的图形有助于展示文章结果。

 

第1章空间转录组技术简介
第2章空间转录组样本制备
第3章R语言入门
第4章空间转录组数据的可视化
第5章空间代谢组研究
第6章空间蛋白组研究
第7章空间多组学研究
第8章实用技能拓展

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