circos物种关系图


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功能：
根据样本与物种关系绘制circos物种关系图。

 

输入：
1. 输入文件：
（1） 带物种注释的OTU丰度表（必须,只支持绝对丰度表,丰度必须为整数）
（2） 分组文件（选填）
（3） 所有表格支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

 

注意事项：

1.OTU丰度表必须为整数。

2.因为涉及物种分类、丰度表最后一列必须带有物种注释；且分类最多为7个，对应界门纲目科属种；不得支持8个分类、不得含域；

3.分组必须跟丰度表第一行样本名对应，且第一行为列名：

 

 

参数：

 

 

分类水平：

作图所选用的分类水平，默认属水平作图。

 

前几物种展示：

图形所展示的物种种类数目，默认该分类水平下丰度在前10的微生物作图，其他归为Ohters。如果不足10个，则用全部物种作图。

 

图形名称：

设定图形标题名称

 

字体大小：

设定图形字体大小

 

输出：

输出物种与样本关系的circos图。图形一侧为样本，另外一侧为物种，各用不同颜色表示。物种丰度以百分比展示。连线表示某样本存在某物种，线段越粗，该物种含量越丰富。

案例演示：
输入： OTU丰度表    分组文件


输出：
1： OTU丰度表 
Otu_id  CK-1  CK-2  CK-3  TA-1  TA-2  TA-3  TB-1  TB-2  TB-3  TC-1  TC-2  TC-3  Taxonomy
Otu000001 2127  2781  2082  1964  3096  1280  1800  3534  2056  1982  2044  1956  Root;k__Bacteria;p__Proteobacteria;c__Alphaproteobacteria;o__Sphingomonadales;f__Sphingomonadaceae;g__Sphingomonas
Otu000002 640 694 486 4267  3451  3534  2338  2036  2241  2579  2599  1733  Root;k__Bacteria;p__Proteobacteria;c__Betaproteobacteria;o__Burkholderiales;f__Oxalobacteraceae;g__Massilia;s__
Otu000003 1868  1676  1973  1292  1670  1148  899 1039  1241  540 862 852 Root;k__Bacteria;p__Proteobacteria;c__Alphaproteobacteria;o__Sphingomonadales
Otu000004 237 180 222 660 453 419 1252  1511  1522  1177  1933  1616  Root;k__Bacteria;p__Proteobacteria;c__Alphaproteobacteria;o__Caulobacterales;f__Caulobacteraceae;g__Brevundimonas;s__Brevundimonas_alba
Otu000005 15  1 3 598 748 1286  75  142 190 2905  2425  2343  Root;k__Bacteria;p__Proteobacteria;c__Deltaproteobacteria;o__Myxococcales;f__Polyangiaceae;g__Sorangium;s__Sorangium_cellulosum
Otu000006 157 111 112 425 406 436 1067  1206  1213  1013  2111  1556  Root;k__Bacteria;p__Proteobacteria;c__Gammaproteobacteria;o__Xanthomonadales;f__Xanthomonadaceae
Otu000007 821 735 520 603 759 521 816 1379  867 680 829 792 Root;k__Bacteria;p__Proteobacteria;c__Alphaproteobacteria;o__Sphingomonadales;f__Erythrobacteraceae;g__Altererythrobacter;s__
Otu000008 386 333 238 666 648 627 821 1118  1028  798 772 776 Root;k__Bacteria;p__Proteobacteria;c__Gammaproteobacteria;o__Xanthomonadales;f__Xanthomonadaceae
Otu000009 391 337 324 572 682 513 953 1117  795 735 989 727 Root;k__Bacteria;p__Bacteroidetes;c__Cytophagia;o__Cytophagales;f__Cytophagaceae;g__;s__       
. . . . . . . . . . . . .
. . . . . . . . . . . . .

2：分组文件 
#SampleID       Group
CK-1    CK
CK-2    CK
CK-3    CK
TA-1    TA
TA-2    TA
TA-3    TA
TB-1    TB
TB-2    TB
TB-3    TB
TC-1    TC
TC-2    TC
TC-3    TC




Circos输出：
生物云平台

Q1.为什么任务出错？

 

任务出错，可以先检查是否有下述问题：

1.丰度表数据不是整数；这里我们需要使用Tags数据，必须为整数。

2.不带有物种注释，或者物种注释格式错误；

3.物种分类多于7个

4.丰度文件跟分组文件不对应

 

 

Q2.为什么提交显示“文件写入失败”？

 

一般此提示，是在上传“.csv”文件时出现的，csv文件可能有某些格式不兼容。

可以尝试将文件转换成txt文本文件或excel文件上传。

仍出现此提示可以提供文件给os客服检查格式。

 

 

Q3. 提交时报错常见问题：

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

 

Q4.如何修改图片？

 

circos物种关系为静态工具，不支持在线修改，下载文件夹中，有svg图形提供，可以导入AI软件进行个性化美化。

如需绘制可线上调整的circos工具，可使用 动态circos图 工具，注意，两工具间需要的数据文件不一样。

 

 

Q5.图片模糊？

 

工具出图结果包含png及svg图形，其中svg图形为矢量图，可无限放大仍不模糊。

 

 

Q6. 提交的任务一直在排队怎么办？

 

提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。

 

 

 

案例1：

 

 

发表期刊：Ecotoxicology and Environmental Safety

影响因子：6.8

发表时间：2023

Fig. 1. Prevalence of Vibrio species across the shrimp breeding programs. The left half circle represents the proportion of Vibrio species in the sample, the outer circle represents the sample; the color of the inner circle represents different Vibrio species, and the length represents the distribution proportion of Vibrio species in the corresponding sample. The right half circle represents the distribution ratio of samples in different Vibrio species, the outer circle represents the Vibrio species, the color of the inner circle represents different samples, and the length represents the distribution ratio of the sample in a certain Vibrio species. The scale value represents the proportion of the corresponding color label. And the line in the middle indicates the presence of a Vibrio species in a sample, and the thicker the line segment, the richer the content of the Vibrio species.

 

引用方式：Using the relevant tools in the omicshare cloud platform (https://www.omicshare.com/) to create circos and heat maps.

 

参考文献：

Yu Y, Tang M, Wang Y, et al. Virulence and antimicrobial resistance characteristics assessment of Vibrio isolated from shrimp (Penaeus vannamei) breeding system in south China[J]. Ecotoxicology and Environmental Safety, 2023, 252: 114615.

 

 

案例2：

 

发表期刊：Fishes

影响因子：2.3

发表时间：2023

Figure 6. (A) Venn diagram of OTU composition in the worm intestine and different sediments. The percentages in brackets of the Venn diagram indicate the ratios of the number of shared OTUs to the total number of OTUs in each group.

 

引用方式：In addition, the microbial community structure, including the heatmap analysis of the relative abundances of the dominant genera, the Venn diagram of OUT composition, and the Circos diagram of the dominant genera from the shared OTUs, was visualized using the free online platform OmicShare (http://www.omicshare.com/tools, accessed on 20 March 2022).

 

参考文献：

Li J, Chen S, Wu P, et al. Insights into the relationship between intestinal microbiota of the aquaculture worm Sipunculus nudus and surrounding sediments[J]. Fishes, 2023, 8(1): 32.

 

 

案例3：

 

发表期刊：Journal of applied microbiology

影响因子：4.0

发表时间：2020

 

Fig 6. Relative abundance of the rhizosphere bacterial community. (a) Circos represent the bacterial phyla and apple rootstocks. The right side shows apple rootstocks, and the left side shows bacterial phyla. The innermost lines indicate the connections between the bacteria and rootstock. The thickness of the lines indicates the abundance of the bacteria.

 

引用方式：Circos were analysed using OmicShare tools (http://www.omicshare.com/tools).

 

参考文献：

Chai X, Xie L, Wang X, et al. Apple rootstocks with different phosphorus efficiency exhibit alterations in rhizosphere bacterial structure[J]. Journal of applied microbiology, 2020, 128(5): 1460-1471.

 

案例4：

 

发表期刊：LWT

影响因子：6.0

发表时间：2019

 

Fig. 5. Fungal diversity in the GL, PO and PL at class (A), genus (B) and species (C) levels. Circular representation of fungi community in different containers (PO, GL and PO) at genus level (D). The data was visualized via Omicshare (http://www.omicshare.com/tools).

 

引用方式：

Pearson's correlation analysis and Circos graph were performed using the OmicShare tools, a free online platform for data analysis (http://www.omicshare.com/tools).

 

参考文献：

 

Liu L, She X, Qian Y, et al. Effect of different fermenting containers on the deterioration of Sichuan pickle[J]. LWT, 2019, 111: 829-836.