序列格式化


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功能：
将输入的fasta序列，按照自定的格式输出

 

输入：
要求输入或者上传的数据是fasta序列格式

 

参数：

①每行的碱基或者氨基酸的数量：即要求输出的内容每行的碱基数目或氨基酸数目

②序列用小写表示：默认输出的序列为小写字母，若不勾选将以大写字母格式输出

③去掉描述信息：去掉输出序列头部的描述信息

④获取反向序列：即输出为反向序列

 

 

输出：

程序将按照要求输出fasta个数的序列文档

一 输入的序列为：

 

>CYP2D6 cytochrome P450, family 2, subfamily D, polypeptide 6
MGLEALVPLAVIVAIFLLLVDLMHRRQRWAARYPPGPLPLPGLGNLLHVDFQNTPYCFDQ
LRRRFGDVFSLQLAWTPVVVLNGLAAVREALVTHGEDTADRPPVPITQILGFGPRSQGVF
LARYGPAWREQRRFSVSTLRNLGLGKKSLEQWVTEEAACLCAAFANHSGRPFRPNGLLDK
AVSNVIASLTCGRRFEYDDPRFLRLLDLAQEGLKEESGFLREVLNAVPVLLHIPALAGKV
LRFQKAFLTQLDELLTEHRMTWDPAQPPRDLTEAFLAEMEKAKGNPESSFNDENLRIVVA
DLFSAGMVTTSTTLAWGLLLMILHPDVQRRVQQEIDDVIGQVRRPEMGDQAHMPYTTAVI
HEVQRFGDIVPLGVTHMTSRDIEVQGFRIPKGTTLITNLSSVLKDEAVWEKPFRFHPEHF
LDAQGHFVKPEAFLPFSAGRRACLGEPLARMELFLFFTSLLQHFSFSVPTGQPRPSHHGV
FAFLVSPSPYELCAVPR
 
二 参数选择

 

 

 

三 结果输出与下载
 
在我的项目可查看、下载结果

 

输出的结果为：
>CYP2D6
mglealvplavivaiflllvdlmhrrqrwaaryppgplplpglgnllhvdfqntpycfdqlrrrfgdvfslqlawtpvvv
lnglaavrealvthgedtadrppvpitqilgfgprsqgvflarygpawreqrrfsvstlrnlglgkksleqwvteeaacl
caafanhsgrpfrpnglldkavsnviasltcgrrfeyddprflrlldlaqeglkeesgflrevlnavpvllhipalagkv
lrfqkafltqldelltehrmtwdpaqpprdlteaflaemekakgnpessfndenlrivvadlfsagmvttsttlawglll
milhpdvqrrvqqeiddvigqvrrpemgdqahmpyttavihevqrfgdivplgvthmtsrdievqgfripkgttlitnls
svlkdeavwekpfrfhpehfldaqghfvkpeaflpfsagrraclgeplarmelflfftsllqhfsfsvptgqprpshhgv
faflvspspyelcavpr

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？

 

核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。

 

文件名可由英文和数字构成，文件名不可以有空格，文件拓展名没有限制

 

Q2. 提交时报错常见问题：

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开？

 

OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。

图片文件：

为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件：

文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？

 

提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。