富集气泡图


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动态富集分析气泡图

1.功能

利用富集分析结果绘制富集分析气泡图。

 

 

2.应用范围

适用于KEGG、GO、DO和reactome数据库的富集分析结果。

3.输入

(1)上传文件格式说明:支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。

 

(2)输入文件有两种类型:

type1:有4列数据

1)通路名称

2)(差异基因中)属于这个通路的基因数

3)所有基因中属于这个通路的基因数

4)富集分析的P值(或Q值)

备注:最终绘制出的图中,RichFactor= 以上第二列除以 第三列

例子如下图所示:

 

type2一般来自基迪奥结题报告中的富集分析结果文件,一般有两种格式。与type1相比数据更多,也可自动被识别。

第一种:

 

第二种:

 

4.参数选择

1.输入文件类型:type1类型的文件只有5列,type2类型的文件为基迪奥流程的文件;

2.用于作图的行:选择表格的前n行进行绘图,默认为前20行的数据用来作图;

3.选择p值或者q值作图:选择P-value或Q-value会影响最后的图形结果;

4.数据库类型:富集分析类型,GO、KO。

 

5.参数调整

1)图形标题: 设置或修改图形的标题;

2)X/Y轴标题: 设置或修改X/Y轴的标题;

3)透明度: 设置条形图柱子的透明度;

4)数值:是否显示数值;

5)坐标轴自适应:根据柱子的长度,自动更换横坐标范围。

6)颜色修改:改变图形配色,提供3种经典配色。

7)气泡大小:设置图形中气泡的大小。

 

6.输出

程序将按选择参数输出气泡图,使用者可根据个人需求进行参数调整,提供SVG和PNG格式的文件下载。

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。

案例1

 

发表期刊:Frontiers in Plant Science

影响因子:5.6

发表时间:2022

FIGURE 2. The gene expression profiles of the 2nd tea leaves. (A) PCA analysis; (B) DEG numbers; (C) the enriched KEGG pathways of DEGs. The number of replicates is 3.

 

引用方式:The bubble diagrams of KEGG were drafted on the online platform of OmicShare tools (http://www.omicshare.com/tools).

 

参考文献:

Fang Z T, Jin J, Ye Y, et al. Effects of different shading treatments on the biomass and Transcriptome profiles of tea leaves (Camellia sinensis L.) and the regulatory effect on phytohormone biosynthesis[J]. Frontiers in Plant Science, 2022, 13: 909765.

 

案例2

 

发表期刊:Frontiers in cell and developmental biology

影响因子:5.5

发表时间:2021

FIGURE 2. (E) KEGG analysis was performed to identify differential pathway enrichment.

 

引用方式:Data analysis was performed using the OmicShare tools at www.omicshare.com/tools.

 

参考文献:

Gao X Y, Zang J, Zheng M H, et al. Temozolomide treatment induces HMGB1 to promote the formation of glioma stem cells via the TLR2/NEAT1/Wnt pathway in glioblastoma[J]. Frontiers in cell and developmental biology, 2021, 9: 620883.

 

案例3

 

发表期刊:Precision Medicine Research

发表时间:2022

Figure 5. KEGG analysis of the overlapping DEGs between HCC and BC.

 

引用方式:The OmicShare database (https://www.omicshare.com/) was used for the visual analysis of KEGG and GO for enrichment analysis. Consequently, we selected the KEGG pathway analysis through the OmicShare database to execute functional annotation on HCC and BC overlapping DEGs.

 

参考文献:

Xie Z F, Li G G. Identification of overlapping differentially expressed genes in hepatocellular carcinoma, breast cancer, and depression by bioinformatics analysis[J]. Precis Med Res, 2022, 4(3): 11.

结果展示