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1.更换阈值
1）物种按丰度大于0.01或0.001统计
2）代谢通路按P值小于0.05或0.01统计
2. 二次绘图
3.全局修改和左侧柱形修改
4. 上部柱形修改
5.节点修改
6.图形大小调整和下载
1.功能
以upset图动态统计并展示集合间共有/特有元素信息。表格列名表示集合，行名表示元素，统计列之间的共有、特有元素。
2.应用范围
适用于微生物、转录组、代谢组、单细胞等组学。如分析组间共有、特有物种；分析各比较组显著差异的共有、特有pathway/基因等。
3.输入
注意: 建议分组数量不超过6组，避免因运算量巨大而出错！
4.参数
统计阈值：若元素在某集合中的数值大于/小于输入的数值，则认为该集合存在该元素。如用于挑选显著性结果进行统计、或者过滤极低丰度元素再统计等。方便时时更新阈值。
备注：数据输入后的初始图形，统一展示行数，尚未进行统计分析，请输入“统计阈值”后，点击“重绘”，进行分析。
5.分析操作
1）提供多种上部柱子顺序排列方式，如按集合大小
2）自定义展示指定的柱子
3）上部柱形、下部点连线、左侧柱形的颜色、透明度
4）是否显示数字
5）修改指定柱子的颜色
6）在任务编号右侧打包下载共有、特有集合的数据
6.图形解读
如下图，左侧水平柱子表示各集合拥有的元素数量，图形下方矩阵中的单个点表示统计某个集合特有的元素，点和点之间的连线表示统计相连集合的交集，上方竖直柱子表示统计的特有或交集的元素数量。
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。
文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题：
1.提交时显示X行X列空行/无数据，请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列，但表格数据不止1列：列间需要用分隔符隔开，先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错，请先自行根据提示修改；如果仍然无法提交，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办？
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因：
（1）数据中含中文字符，把中文改成英文；
（2） 数据中含特殊符号，例如 %、NA、+、-、（）、空格、科学计数、罗马字母等，去掉特殊符号，将空值用数字“0”替换；
（3）检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列，特别是行名（一般为gene id）、列名(一般为样本名)出现重复值，如果有删掉。
排查完之后，重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图，可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开？
OmicShare云平台的结果文件（例如，下图为KEGG富集分析的结果文件）包括两种类型：图片文件和文本文件。
图片文件：
为了便于用户对图片进行后期编辑，OmicShare同时提供位图（png）和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图，最常见的是pdf和svg格式，常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中，svg格式的图片可用网页浏览器打开，也可直接在word、ppt中使用。
文本文件：
文本文件的拓展名主要有4种类型：“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件，使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中，拓展名为“.os”文件为上传的原始数据；“.xls”文件一般为分析生成的数据表格；“.log”文件为任务运行日志文件，便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办？
提交任务后都需要排队，1分钟后，点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具，一般工具数十秒即可出结果，如果超出30分钟仍无结果，请联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题，图表加载不出来怎么办？
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件，部分浏览器可能不兼容。
案例1：
发表期刊：Horticulturae
影响因子：3.1
发表时间：2022
Figure 2. UpSet diagrams based on the aroma components at different flowering stages of the three species. (a) T. cordata; (b) T. tomentosa; (c) T. miqueliana.
引用方式：
UpSet diagrams were performed by using the OmicShare tools, a free online platform for data analysis (https://www.omicshare.com/tools), accessed on 5 June 2022
参考文献：
Bao W, Shen Y. Dynamic Changes on Floral Aroma Composition of the Three Species from Tilia at Different Flowering Stages[J]. Horticulturae, 2022, 8(8): 719.
案例2：
发表期刊：Cancer gene therapy
影响因子：6.4
发表时间：2023
Fig. 3 Genomic heterogeneity among different samples. A Upset map and Venn diagrams of representative patients showing the distribution of nonsynonymous somatic mutations among different tumors within individuals (Patient 1 and 11: Upset Venn diagrams. Patient 2, 4, 8, and 9: Venn diagrams).
引用方式：
Venn diagrams and Upset charts were used to illustrate the mutational overlaps among multiple samples within individuals. For patients with no more than 5 tumor samples, we drew the Venn diagrams using Omicshare (an online tool, https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn). For Patient 1 and Patient 11, each of whom has 6 tumor samples, the R software package UpSetR was applied to draw Upset graphs.
参考文献：
Tian H, Wang Y, Yang Z, et al. Genetic trajectory and clonal evolution of multiple primary lung cancer with lymph node metastasis[J]. Cancer gene therapy, 2023, 30(3): 507-520.
案例3：
发表期刊：Journal of agricultural and food chemistry
影响因子：6.1
发表时间：2020
Figure 5. Characterization of PCH, FCH, and P-FCH in terms of amino acid and peptide profiles. (D) UpSet Venn diagram of peptides.
引用方式：
The distribution of peptides in each hydrolysate was analyzed by an UpSet Venn diagram (http://www.omicshare.com/ tools). Variation analysis of the peak areas in common peptides was shown by the volcano plot (http://www.omicshare.com/tools).
参考文献：
Wang C, Zheng L, Su G, et al. Evaluation and exploration of potentially bioactive peptides in casein hydrolysates against liver oxidative damage in STZ/HFD-induced diabetic rats[J]. Journal of agricultural and food chemistry, 2020, 68(8): 2393-2405.
案例4：
发表期刊：Plants
影响因子：4.5
发表时间：2023
Figure 8. UpSet Venn diagram illustrating shared genes in different transcriptome data of cassava.
引用方式：
Subsequently, the Omicshare tools, a free online platform for data analysis (https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/seniorvenn, accessed on 13 June 2023), was used to output UpSet Venn diagram and to illustrate the shared MePMEs in different transcriptome data. For expression pattern analysis of shared MePMEs under different stresses, the FPKM values from the above transcriptome were selected to generate histogram.
参考文献：
Wang S, Li R, Zhou Y, et al. Integrated Characterization of Cassava (Manihot esculenta) Pectin Methylesterase (MePME) Genes to Filter Candidate Gene Responses to Multiple Abiotic Stresses[J]. Plants, 2023, 12(13): 2529.