1.数据计算、整理
按示例要求整理好数据表格输入,后台程序根据输入的数据表格逐一计算每列数据中每个元素占每列元素总和的占比,如下表中, a(%)=1/(1+2+3)*100%。在图形下方可查看数据占比结果表格。
Phylum |
A |
B |
C |
a |
1 |
4 |
7 |
b |
2 |
5 |
8 |
c |
3 |
6 |
9 |
2.全局修改
可根据个性化需求实时调整堆叠图图形参数。如:
a)调整主标题、横纵轴标题、柱子透明度、柱子宽度
b)可选图形横、纵向排列,文字倾斜角度设置
c)可勾选展示柱子边框、刻度线、图例、网格线
3.颜色修改
可根据配色需求实时调整图形中的整体配色、选中目标修改配色、元素配色逐一修改。
4.图形大小调整、下载
可根据需求调整图形高度、宽度。提供SVG/png格式进行图形下载。
说明部分
1.功能: 微生物群落研究/宏基因组/转录组学等领域 常见的数据展示图形,将输入的表格数据转化为百分比的形式,对样本/分组中所有进行行数据转换为堆叠柱逐一进行展示,以不同的颜色区分不同物种/基因/蛋白,可以通过堆叠图展示优势元素在组间/样本间占比变化趋势。
沿着X轴方向把柱形图掰弯,便可转化为环形图,与柱状图相比它的优势在于更省绘图空间。环形图通过堆叠来展示多样性的数据特征,还可以随意调整扇形角度。值得注意的是,环形图是通过角度反映数值大小,而不是它的长度。
2.应用范围:
适用于转录组、代谢组、蛋白、16S等所有适合绘制堆叠图的数据。
3.输入
数据文件:输入矩阵表格,第一列可以是物种名称信息、基因名称信息、蛋白名称信息等;第一行为样本或分组名称信息(必填信息);表格中输入对应数据。
输入示例:
Phylum |
A |
B |
C |
Proteobacteria |
38.67363 |
37.82792 |
47.18907 |
Bacteroidetes |
37.489 |
29.83477 |
22.1095 |
Actinobacteria |
0.564167 |
23.2365 |
23.10342 |
Verrucomicrobia |
11.83245 |
0.740733 |
1.256433 |
Firmicutes |
4.214017 |
4.2551 |
2.493517 |
Planctomycetes |
4.452667 |
1.979167 |
0.705983 |
Cyanobacteria |
2.411683 |
1.689967 |
2.59385 |
Patescibacteria |
0.117733 |
0.146017 |
0.1509 |
Chlamydiae |
0.0428 |
0.050233 |
0.05215 |
Epsilonbacteraeota |
0.08165 |
0.0366 |
0.012933 |
Other |
0.104583 |
0.174 |
0.307733 |
Unclassified |
0.015667 |
0.028983 |
0.024517 |
上传文件格式说明:支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv” 等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。
设置任务编号:输入可识别的编号名称,不输入则按默认编号。
4.输出
1)任务输出
程序根据输入的文件进行计算、绘图,在结果展示中切换任务进行查看任务状态。
2)图形全局参数:
a.可对图形标题、字体进行修改
b.可选择柱子整体透明度、横纵向分布、折叠名称以及文字倾斜角度等。
c.可勾选展示柱子边框、刻度线、图例、网格线
d.可调整坐标轴刻度范围、自适应调整坐标轴范围
3)颜色修改
a.可调整选中柱子的颜色、配色方案等
4)图片下载:
可进行图形高度、宽度调整及预览;提供SVG、png格式进行下载。
5表格结果展示
展示脚本计算的数据结果
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。
文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题:
1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开?
OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。
图片文件:
为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。
文本文件:
文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?
提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。
案例1:
发表期刊:Applied Biochemistry and Biotechnology
影响因子:3.0
发表时间:2022
Fig 5. a Phylum level composition of the bacterial community in mixed silages. b Genus level composition of the bacterial community in mixed silages
引用方式:High-throughput sequencing data were analyzed using the OmicShare tools (https:// www. omics hare. com/ tools).
参考文献:
Wang Q, Wang R, Wang C, et al. Effects of cellulase and Lactobacillus plantarum on fermentation quality, chemical composition, and microbial community of mixed silage of whole-plant corn and peanut vines[J]. Applied Biochemistry and Biotechnology, 2022, 194(6): 2465-2480.
案例2:
发表期刊:Frontiers in Microbiology
影响因子:5.2
发表时间:2021
FIGURE 3. Relative abundance of fungal taxa at the order level. Only the taxa with average relative abundance of >0.1% are shown. Double asterisks indicate P < 0.01; single asterisk indicates P < 0.05.
引用方式:Basic mapping data on the co-occurrence networks were analyzed and obtained by the OmicShare online tool.
参考文献:
Liu S, Yin H, Li X, et al. Short-term thinning influences the rhizosphere fungal community assembly of Pinus massoniana by altering the understory vegetation diversity[J]. Frontiers in Microbiology, 2021, 12: 620309.