动态盒形图


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1 切换任务:动态图任务切换


2 全局修改:动态图全局修改


3 颜色修改:动态图颜色修改


4 图形下载:动态图图形下载

 

1.功能

使用一个带有表头的以tab分隔的表格数据绘制盒形图。

 

 

2.应用范围

适用于转录组、代谢组、蛋白、16S、实验结果采集等所有适合绘制盒形图形的数据。

3.输入

(1)输入文件:文件需要带表头和列名,例如基因表达量表、代谢物丰度表、微生物丰度表等。也可以是表型数据,例如株高、体重等生理指标。第一行为样本名称,

第二行为各样本下对应的数值。制图时将以第一行为x轴。

(2)分组文件(非必需):分组文件用于描述预定义基因集内样本的分组情况。第一行为分组名称;其余各行为每组内的样本名称;

(3)输入的文件支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。表格名称以字母、数字、下划线组成,不可以有空格。

4.输出

(1)任务输出

程序根据输入的文件进行计算、绘图,这个过程等待时间与输入文件大小有关。在结果展示中切换任务进行查看。

(2)图形全局参数

可对图形标题、字体、图形透明度进行修改。可勾选展示边框、图例、网格线与刻度线。

(3)图形样本修改

可调整图形横坐标文字角度、折叠名称等。还可以调整盒形图的配色与点形状。

(4)图片下载

可进行图形高度、宽度调整及预览;提供SVG、png格式进行下载。

(5)图形示例

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。

案例1:

 

发表期刊:BMC microbiology

影响因子:4.2

发表时间:2023

 

Fig.1 C The Box-plot of Bacillus phage sequence and genome size, including the 619 prophage sequences and the 236 lytic phage genomes.

 

引用方式:

The Box plot was drawn by the OmicShare tools, an online platform for data analysis (https://www.omicshare.com/tools).

 

参考文献:

Zhang Y, Miao J, Zhang N, et al. The analysis of the function, diversity, and evolution of the Bacillus phage genome[J]. BMC microbiology, 2023, 23(1): 170.

 

案例2

 

发表期刊:Journal of Experimental Botany

影响因子:6.9

发表时间:2020

 

Fig. 6. Differential methylome analysis in ZB and ZBR under HT stress. (A) Box plot showing the ML of differentially methylated regions (DMRs) for four cotton samples.

 

参考文献:

Zhang M, Zhang X, Guo L, et al. Single-base resolution methylome of cotton cytoplasmic male sterility system reveals epigenomic changes in response to high-temperature stress during anther development[J]. Journal of Experimental Botany, 2020, 71(3): 951-969.

 

案例3

 

发表期刊:BMC microbiology

影响因子:4.2

发表时间:2023

Fig 1.The information of Bacillus phage sequences and genomes including functional classification of proteins encoded by Bacillus phage and the size of Bacillus phage sequences and genomes. C The Box-plot of Bacillus phage sequence and genome size, including the 619 prophage sequences and the 236 lytic phage genomes

 

The bar chart was drawn by graphpad prism 9.5.1, and the Box plot was drawn by the OmicShare tools, an online platform for data analysis (https://www.omicshare.com/tools).

 

参考文献:

 

Zhang Y, Miao J, Zhang N, et al. The analysis of the function, diversity, and evolution of the Bacillus phage genome[J]. BMC microbiology, 2023, 23(1): 170.

结果展示