动态三元图(分布型)


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1.全局修改

 

2.样式修改

 

3.图形下载

1.功能

三元图,又称三元相图(Ternary plot)有三个坐标轴,与直角坐标系不同,它的三个坐标轴“首尾相接”成夹角为60度的等边三角形。“元”即成分,或部分,三元图主要用来展示不同样本的三种成分的比例,微生物多样性分析当中,三元相图可以展示物种在不同分组当中的相对丰度的大小。三元相图当中,不同的点代表不同的物种/基因/蛋白等数据,点的大小代表了该数据在不同分组当中平均丰度。

 

 

2.应用范围

适用于转录组、代谢组、蛋白、16S等所有适合绘制三元图的数据。

3.输入

1)数据表格为必须输入的文件,可以是基因表达量表格、物种丰度表格等,数据表格必须有列的名称,根据标注内容进行作图。输入关注元素(Focus)信息时,则生成分布三元图。(关注物种(Focus):标注关注的行名称,不关注该行则标注other,具体参考示例文件。)

2)分组表格为必须输入的文件,三元图分组数为3,在分组表格中要写明三个分组的命名以及该分组中的样本,注意此文件一定要有表头,可以参考示例文件。

3)单个样本(物种)在所有分组内的总和必须大于0。即不能有全行为0的数据。

4)所有表格支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

设置任务编号:输入可识别的编号名称,不输入则按默认编号。

 

 

4.输出

1)任务输出

程序根据输入的文件进行计算、绘图,在结果展示中切换任务进行查看任务状态。

 

2)图形全局参数:

可对图形标题、字体进行修改。可勾选展示坐标刻度、图形内部辅助线、图例、坐标轴方向等参数,还可以勾选进行点大小归一化(Z-score方法)

 

3)样式修改

a.透明度修改:修改点的透明度

b.物种名:可选择是否展示物种/基因/代谢物名称

c.配色方案:可勾选配色

d.点大小修改:第一列修改图上展示的点大小,第二列修改对应大小的原始数据数值范围

 

4)数据结果表格

a.group:输入的数据行名(物种名称、基因名称、蛋白名称等)

b.第2-4列:三个分组中输入数据的均值

c.Ave:对应数据在三组中的均值

d.Enrich:是否为图中的关注信息(other则不在图例中逐一展示)

e.后3列:对应数据在三组中的占比信息(即在三元图中的坐标)

 

5)图片下载:

可进行图形高度调整、预览;提供SVG、png格式进行下载。

6)图形结果:

 

 

 

 

Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。

 

文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。

 

Q2. 提交时报错常见问题:

 

1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。

2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。

其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?

 

主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。

 

Q4.下载的结果文件用什么软件打开?

 

OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。

图片文件:

为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。

 

文本文件:

文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。

 

Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?

 

提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。

 

Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?

尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。

结果展示