功能:配对T检验是将两组样本的检验对象按照某些重要特征相近的原则形成配子,每对中的两个样本分属不同组别,使两组检验样本在保证样本关联信息的同时完成T检验。使用R语言进行T检验
输入:
输入的表格文件支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。
(1)差异检验表格文件:输入的文件第一行为样本名称,第一列为差异检验变量名称,表中的数值结果为各检验变量在各个样本的数值。
(2)分组信息文件:定义分组信息,第一列为样本名称,第二列为分组名称。分组名称一致的样本被归为同一分组
(3)比较组信息文件:列出需要进行差异分析的分组信息。文件共两列,每一列都是分组名称,在进行差异分析时,采取第二列比第一列的比较方式,每一行为一个比较组
(4)样本配对信息文件:定义配对样本信息。文件填写样本名称,对列数没有限制,每一行为具有配对关系的样本
参数:
检验值:用来判断差异显著性的T检验值,可选择P值和Q值。Q值是P值经过多重检验矫正得到的值。
检验阈值:用来判断差异显著与否的检验阈值。当检验值小于检验阈值时判定为差异显著;当检验值大于检验阈值时判定为差异不显著。
差异倍数:利用t检测的P值进行筛选的同时,也可以加上组间差异倍数来进行进一步的筛选。
输出图表:
diff_stat.xls: 差异变量统计表
diff_stat.pdf/png: 差异变量统计柱状图矢量图/标量图
A-vs-B.all. xls: 差异检验结果
A-vs-B.filter.xls: 显著检验差异结果
A-vs-B.volcano.pdf/png: 差异结果火山图矢量图/标量图
A-vs-B.heatmap.pdf/png: 差异结果热图矢量图/标量图
输入的文件支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。
输入:
1、基因count表格:
2、分组信息文件:
3、组间比较文件:
4、样品配对文件:
输出:
1、所有输出文件:
2、检验总表:
3、差异过滤表:
4、火山图:
5、差异统计图:
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。
文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。
Q2. 提交时报错常见问题:
1.提交时显示X行X列空行/无数据,请先自查表格中是否存在空格或空行,需要删掉。
2.提交时显示列数只有1列,但表格数据不止1列:列间需要用分隔符隔开,先行检查文件是否用了分隔符。
其它提示报错,请先自行根据提示修改;如果仍然无法提交,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q3. 提交的任务完成后却不出图该怎么办?
主要原因是上传的数据文件存在特殊符号所致。可参考以下建议逐一排查出错原因:
(1)数据中含中文字符,把中文改成英文;
(2) 数据中含特殊符号,例如 %、NA、+、-、()、空格、科学计数、罗马字母等,去掉特殊符号,将空值用数字“0”替换;
(3)检查数据中是否有空列、空行、重复的行、重复的列,特别是行名(一般为gene id)、列名(一般为样本名)出现重复值,如果有删掉。
排查完之后,重新上传数据、提交任务。如果仍然不出图,可通过左侧导航栏的“联系客服”选项咨询OmicShare客服。
Q4.下载的结果文件用什么软件打开?
OmicShare云平台的结果文件(例如,下图为KEGG富集分析的结果文件)包括两种类型:图片文件和文本文件。
图片文件:
为了便于用户对图片进行后期编辑,OmicShare同时提供位图(png)和矢量图(pdf、svg)两种类型的图片。对于矢量图,最常见的是pdf和svg格式,常用Ai(Adobe illustrator)等进行编辑。其中,svg格式的图片可用网页浏览器打开,也可直接在word、ppt中使用。
文本文件:
文本文件的拓展名主要有4种类型:“.os”、“.xls”、“.log”和“.txt”。这些文件本质上都是制表符分隔的文本文件,使用记事本、Notepad++、EditPlus、Excel等文本编辑器直接打开即可。结果文件中,拓展名为“.os”文件为上传的原始数据;“.xls”文件一般为分析生成的数据表格;“.log”文件为任务运行日志文件,便于检查任务出错原因。
Q5. 提交的任务一直在排队怎么办?
提交任务后都需要排队,1分钟后,点击“任务状态刷新”按钮即可。除了可能需运行数天的注释工具,一般工具数十秒即可出结果,如果超出30分钟仍无结果,请联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。
Q6. 结果页面窗口有问题,图表加载不出来怎么办?
尝试用谷歌浏览器登录OmicShare查看结果文件,部分浏览器可能不兼容。