COG注释


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功能介绍：


COG蛋白数据库是Cluster of Orthologous Groups of proteins（蛋白相邻类的聚簇）的缩写。构成每个 COG/KOG 的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白，并且因此或者是 orthologs 或者是 paralogs。Orthologs 是指来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的蛋白，并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能。Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白，可能会进化出新的与原来有关的功能。COG数据库包含25大类的功能，每个COG都有一个特定的功能描述。


输入：

输入fasta格式的核酸或蛋白query序列, 或上传fasta格式的query序列文件.

输出结果：


1. 序列注释结果总表

包含E value、 Score值、 描述信息的注释结果表。表格可通过不同阈值筛选结果。



2.比对结果统计饼图

将比对上的与比对不上的序列数目进行统计并画饼图。









1. 序列注释结果总表

Query_id                               Unigene 序列的ID号

Subject_id 比对到 COG数据库中序列名

Organism Species(OS) 比对到的序列的物种名

Gene Name(GN) 比对到的序列的基因名

Identity(%) 比对的相似性（百分比）

Align_length 比对上的长度

Mis_match 比对的错配数

Gap                                       Gap 的数目

Query_start 比对上的部分在 query序列上的起始位置

Query_end 比对上的部分在query序列上的终止位置

Subject_start 比对上的部分在 COG 序列上的起始位置

Subject_end 比对上的部分在 COG 序列上的终止位置

E_value 比对的 E值（E值越小，可信度越高）

Score 比对的打分（打分越高，可信度越高）

Protein-or-Domain     比对上的蛋白或结构域

COG -ID              COG 的 ID

Function-Description  功能描述

Code                  COG 功能代号

Functional-Categories       COG 功能分类



2.比对结果统计饼图

将比对上的与比对不上的序列数目进行统计并画饼图。

表1.     COG比对结果数目统计表

Total sequence number

Annotation sequences

Without annotation sequences


3.COG分类统计柱状图

对COG的分类进行统计，并绘制柱状图

表2. COG 分类表

Code

Functional-Categories

Gene-Number

Genes

A

RNA processing and modification

46

Unigene0003846,COG5180 Unigene0004454,COG5147 ...

B

Chromatin structure and dynamics

99

Unigene0003587,COG2036 Unigene0003593,COG0123 ...

C

Energy production and conversion

331

Unigene0003680,COG1819 Unigene0003731,COG1053 ...

表头解释

Code      COG 功能代号

Functional-Categories       COG功能分类

Gene-Number     Unigene 在各 COG功能分类的数量

Genes    Unigene 在各 COG功能分类的序列ID




COG功能分类图


4. 比对结果E值分布

E值是指期望数据库中具有某一统计学意义配对序列的值，可理解为比对的假阳性率。E值越小，结果越可靠。对E值分为5个范围进行统计，并画饼图。



Q1. 上传的数据需要保存成什么格式？文件名称和拓展名有没有要求？

 

OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式，同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件，必须为FASTA格式（本质是文本文件）。

 

文件名可由英文和数字构成，文件拓展名没有限制，可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等，例如 mydata01.txt，gene02.xlsx 。

 

Q2.注释工具的任务一般要跑多久？

注释工具的任务时长一般与提交的序列条数成正比，且不同工具耗时也差异很大。例如GO功能注释近一年来所有任务平均时长约为2天，而NR注释工具近一年来所有任务平均时长约为3小时。一般情况下，如果任务耗时超出一周可联系OS客服，发送任务编号给OmicShare客服，会有专人为你处理任务问题。