功能介绍:
AnimalTFDB(v3.0)收录了97个动物物种的73个转录因子(TF)家族以及83个转录辅助因子(transcription cofactors)家族。对每个TF都有详尽的注释,包括功能结构域、GO功能、通路信息、功能描述、结合序列信息、直系同源基因和旁系同源基因等。还可以进行TF的预测以及TF结合位点的预测。
输入:
上传fasta格式的蛋白query序列文件。
输出:
①序列注释结果总表
②注释结果统计饼图
③TF家族统计表格与柱状图
输出结果:
1. 序列注释结果总表
表格第一列为基因ID,第二列为TF家族名称
2. 注释结果统计饼图
将注释上的与注释不上的序列数目进行统计并画饼图。
3. TF家族统计表格与柱状图
对TF家族所包含的基因数目进行统计,表格第一列为TF家族名称,第二列为该TF家族包含的基因数目,第三列为具体的基因ID。
TF家族统计柱状图(只画数量最多的前10个家族):
Q1. 上传的数据需要保存成什么格式?文件名称和拓展名有没有要求?
OmicShare当前支持txt(制表符分隔)文本文件、csv(逗号分隔)文本文件、以及Excel专用的xlsx格式,同样支持旧版Excel的xls(Excel 97-2003 )格式。如果是核酸、蛋白序列文件,必须为FASTA格式(本质是文本文件)。
文件名可由英文和数字构成,文件拓展名没有限制,可以是“.txt”、“.xlsx”、“.xls”、“.csv”“.fasta”等,例如 mydata01.txt,gene02.xlsx 。
Q2.注释工具的任务一般要跑多久?
注释工具的任务时长一般与提交的序列条数成正比,且不同工具耗时也差异很大。例如GO功能注释近一年来所有任务平均时长约为2天,而NR注释工具近一年来所有任务平均时长约为3小时。一般情况下,如果任务耗时超出一周可联系OS客服,发送任务编号给OmicShare客服,会有专人为你处理任务问题。