基于gephi的网络图绘制系列视频教程
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Gephi是一个交互式的网络图实时动态可视化(Real-time visualization)工具,广泛用于社交网络分析(social network analysis,SNA)。近些年,很多微生物生态学相关的学者使用Gephi做微生物群落的共发生网络分析(Co-occurrence network analysis )。
由于软件容易上手且出图漂亮,随着时间推移,必将有越来越多自然科学领域的学者用Gephi去展示基因共表达网络、代谢网络、ceRNA网络等等。
图1 使用Gephi绘制基因共表达网络
图2 对Cytoscape软件导出的网络进行可视化
以下是一些使用Gephi绘制网络图的示例:
图3 Gephi绘制共发生、共表达网络图
图4 Gephi绘制“炫彩”网络图
本教程的内容主要包括软件和插件的安装、网络图基础、软件界面和工具介绍、文章案例重现4个板块,共7节课,平均每节课时长约20分钟。视频中详细介绍了软件的使用方法和个性化网络图(如“曲边”共发生网络图、“朱缨花”网络图)的绘制技巧,希望能减少大家花费在摸索方法上的时间,对开始学习网络图绘制的小伙伴有所帮助!
图5软件界面功能详解(课件截图)
课程内容
最后,提醒大家这是实操课程,不是讲座,电影或是综艺节目!请边看视频边跟着操作,如果只用眼睛看,无聊、也没有意义,一觉醒来,了无痕迹!课堂中用到的示例文件可通过视频窗口左侧(或下方)的资料区下载,学习过程中有任何疑问,都可在课程页面联系OmicShare客服。
章节
第1章基于gephi的网络图绘制系列视频教程购买本章
1-1 软件、插件的安装与常见问题
1-2 网络图的基本概念
1-3 Gephi软件界面与功能详解(上)
1-4 Gephi软件界面与功能详解(下)
1-5 文章案例-共发生网络图的绘制
1-6 文章案例-共发生网络图的数据准备(基于R语言)
1-7 文章案例-“朱缨花”网络图的绘制
1-8 案例实操-为网络图添加图例
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讲师
基迪奥-莫北
精通origin、excel、Prism、AI等多种科研画图工具,熟悉R语言,擅长挖掘、测评各种科研工具。
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