基于NGS进行全基因组关联分析是当前QTL定位的最流行方法之一，关于动植物关联分析的系统课程较少，OS平台仅有一些简单的介绍。本课程将从原理、项目设计、分析方法和结果解读等方面全面讲授全基因组关联分析相关的内容，带领学员学习关联分析。

本程以实操为主（课程总时长12小时，实操时长8个小时，理论4小时）。并提供了课程系列相关的实操数据以及GWAS相关的附件下载。

课程内容：

课时1： 全基因组关联分析基本概念和材料选择

课程简介：主要介绍1）全基因组关联分析相关的基本概念；2）使用于关联分析的群体材料的选择，包括材料类型（自然群体材料、人工群体材料）、群体大小等。

课时2：表型考察处理与标记分型

课程简介：主要介绍1）不同类型表型的考察记录方法；2）表型的基本处理（正态性检验、异常值去除、多年多点表型的处理原则、表型数据的标准化、分类变量的哑变量赋值等）；3）表型的基本分析（描述性统计分析、相关性分析、遗传力估计、BLUP）；4）不同标记开发与分型方法简介与比较；5）基因型填补简介；6）基因型过滤的主要内容。 

课时3： 群体结构和亲缘关系分析

课程简介：主要介绍：1）群体结构的评估方法：系统发育树、STRUCTURE、PCA；2）亲缘关系的评估方法：基于系谱关系推断亲缘关系、基于标记基因型推断亲缘关系

课时4： 关联分析模型和软件介绍

课程简介：主要介绍：1）常见的关联分析方法：卡方检验、GLM、MLM、MLMM等；2）常用的关联分析软件的简要介绍。

课时5： 结果解读与典型案例介绍

课程简介：主要介绍：1）关联分析的主要结果、正常情况、异常情况及异常问题的常见处理方法；2）结合GWAS的高分文章解析

课时6： 表型处理与标记筛选实操

课程简介：主要实操内容：1）表型的异常值去除、描述性统计图表的获得、BLUP值的求取、min-max和z-score标准化；2）基于VCF的基因型筛选实操，包括按质量值进行标记过滤、按分型完整度对标记进行过滤、按第二等位基因频率进行标记过滤、按哈迪温伯格平衡进行标记过滤等。

课时7：群体结构分析实操

课程简介：主要实操内容：1）基于VCF格式的基因型格式转换（转换为STRUCTURE、ADMIXTURE、smartpca格式）；2）STRUCTURE（windows、linux）、ADMIXTURE（linux）的使用及结果解释与处理。

课时8：亲缘关系与PCA分析实操

课程简介：主要实操内容：1）使用gcta、ldak、tassel计算样本间的亲缘关系和进行PCA分析；2）使用spagedi计算样本间的亲缘关系； 3）使用smartpca进行PCA分析；4）亲缘关系结果的整理与展示。

课时9：关联分析实操

课程简介：主要实操内容：1）关联分析相关文件准备；2）使用plink进行case-control分析和逻辑回归（linux）；3）使用tassel进行GLM/MLM/CMLM分析（windows、linux）；4）其他软件如GAPIT、EMMAX、FaST-LMM部分命令行解释（linux）

课时10：结果筛选与展示

课程简介：主要实操内容：1）FDR调整；2）Bonferroni阈值的确定； 3）按给定阈值筛选显著位点；4）manhattan plot和quantile-quantile plot的绘制；5）λ的计算与结果解释。

课时11：LD衰减与LDblock分析

课程简介：主要实操内容：1）plink、Haploview计算LD；2）PopLDdecay计算LD并绘制衰减距离图；3）Haploview和LDheatmap计算并绘制LDblock。