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[软件使用] 如何预测转录因子并构建互作网络?

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发表于 2022.11.23 09:54:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
前面,在《如何挖掘蛋白互作网络中的核心基因?》一文介绍了如何使用cytoHubba插件进行网络分析,并得到了10个Hub基因。那么,接下来,我们继续对这10个核心基因的转录因子进行预测并构建TF-Gene互作网络。

和文献一样,这次使用NetworkAnalyst进行转录因子的预测和互作网络的构建。

工具的链接:
https://www.networkanalyst.ca/

NetworkAnalyst的首页如下,点击Gene List input圆形按钮,上传基因list。


这里直接将10个Hub 基因(gene symbol)复制粘贴到输入框中(一个基因一行),如下图,物种(Organisms)选择人(H. sapiens),Set ID Type这里选择Official Gene Symbol,点击Upload按钮上传数据。


上传完成后,点击Proceed按钮进行下一步。


在接下来的众多分析项目中,我们仅选择Gene Regulatory Networks(GRN)中的TF-gene Interactions


接着,选择TF-gene Interaction database,我们这里选择JASPAR数据库用于转录因子的预测。


很快,TF-gene的互作网络就完成了构建,如下,点击SIF,可下载sif格式的网络图文件导入到Cytoscape中进行分析和展示。


继续点击Proceed按钮,我们可以预览构建的TF-gene互作网络,默认的效果如下。


当然,我们也可以将网络图的背景调成白色、修改节点的颜色、布局等,如下图。


通过Download选项,我们可以指定下载文件的格式,除了下载PNG和SVG格式的图片;我们也可以下载GraphML、JSON两种格式的网络图,这两种格式也可以直接用Cytoscape打开和编辑。


接着,打开Cytoscape软件,通过File/Import/Network Fom File菜单导入本地网络文件,我这里导入的是上一步导出的GraphML文件。


导入本地网络后初始的效果如下:


在Style选项中Node(节点)属性设置窗口中,将节点的Shape改为椭圆;选中目标节点,通过Layout菜单下的Attribute Circle Layout/Selected Only命令,逐步将选中的节点排成环状网络,如下图。


选中10个Hub节点,将Fill Color自定义为其他颜色(点击第3个方块按钮),如这里的橙红色。


最终调整后的效果如下:


当然,你也可以将节点的大小(Size)与Degree建立映射,我这里不做演示,更详细的教程可参考《网络图分析工具Cytoscape快速上手》一文。好啦,本次的分享就到这里啦!

*未经许可,不得以任何方式复制或抄袭本篇文章之部分或全部内容。版权所有,侵权必究。

本文作者:基迪奥-莫北



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中华鲟

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