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绘制高分文章同款——丰度气泡图

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管理员

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发表于 2022.8.25 09:32:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
如何通过图表展示基因在样本(亚群/分组)的表达情况,同时也展示其显著性(或细胞表达占比)?

表达量分布气泡图(丰度气泡图)就是一大利器,不少高分文章中也常见它的身影!除了展示基因在样本间的表达分布,展示配受体对在不同细胞对之间的表达分布也同样适用!


绘制表达量分布气泡图可以使用R语言,详细教程可以搜索之前发布的相关推文,主要思路就是使用ggplot2绘制丰度气泡图-使用ggtree绘制聚类树-使用aplot将气泡图按照聚类重排和组合。今天介绍更简单的绘制方法,使用OmicShare Tools丰度气泡图工具进行绘制。

工具链接:
https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/scatter_bubble


两个工具的区别在于,动态丰度气泡图(右侧)绘图后支持在线上修改参数,实现更个性化的图形调整。

数据准备


绘制丰度气泡图(表达量分布气泡图)需要准备两个文件,分别对应绘制气泡的颜色及大小。一般使用颜色代表表达量,气泡大小代表表达占比或显著性P值。

因此,这里气泡颜色矩阵我们输入表达量矩阵文件。这里,第一行为样本名称,第一列则为基因名,数据则为表达量数据:


气泡大小矩阵输入基因在样本中的细胞表达占比、或者显著性P值数据:


上传文件后,可以选择是否对数据进行处理,或者进行±log2、±log10处理。

运行结果及参数修改

动态丰度气泡图任务完成后点击跳转即可对图形参数进行修改。文本样式、气泡大小设置,这里都可以调!


通过图形设置则可以将图形调整成横向:


修改图形颜色:


如果需要对修改的参数进行保存,防止刷新后回到初始状态,我们可以再修改后点击面板上的“保存”小图标进行保存。


最后,调成到满意的图形,点击下载即可,OmicShare提供svg、pdf、png格式下载,适配多种需求~~


OmicShare新用户可享受2次工具免费试用的机会(部分工具除外)~
成为OmicShare年会员即可畅享141个工具,投递项目不限次数!
快去尝试绘制好看实用的丰度气泡图吧!

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中华鲟

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发表于 2022.8.25 10:19:08 | 显示全部楼层
学习了
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中华鲟

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发表于 2022.8.25 19:37:32 | 显示全部楼层
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中华鲟

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发表于 2022.8.26 15:20:10 | 显示全部楼层
加油的第六天
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中华鲟

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发表于 2022.8.27 16:31:11 | 显示全部楼层
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中华鲟

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发表于 2022.8.28 10:15:50 | 显示全部楼层
又来学习了
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钵水母

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发表于 2022.9.11 15:17:11 | 显示全部楼层
学习学习
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钵水母

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发表于 2022.9.24 10:36:35 | 显示全部楼层
哇,又是新知识
新的一天加油!
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草履虫

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发表于 2022.9.24 17:27:48 | 显示全部楼层
谢谢分享
新的一天加油!
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