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[软件使用] 如何轻松绘制差异分析火山图?

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发表于 2022.8.25 09:21:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
火山图(Volcano plot)是一种比较常见的一种散点图,多用于转录组、蛋白组等组间差异分析结果的展示。图表的横坐标轴表示差异倍数(Log2FC),而纵坐标轴表示差异分析的显著性(-Log10Pvalue)。

之前在《如何绘制新颖好看的火山图?》一文介绍过如何使用ggplot2绘制火山图,我这里再介绍一种简单的火山图绘制方法,可轻松完成火山图的绘制。

数据准备

首先,将范例数据直接复制粘贴到Origin的表格中,如下图。


打开绘图窗口右侧的Apps(快捷键:Alt+9)窗口,点击Volcano Plot插件图标可进行热图绘制。


另外,本文用到的Origin 插件已上传到Omicshare 论坛,如果有需要大家可前去下载。Origin的强大之处在于具有很多的插件(Apps),插件的安装方法很简单,只要将.opx格式的文件拖到打开的Origin窗口即可。

下载链接:
https://www.omicshare.com/forum/thread-7972-1-1.html


参数设置

在打开的volcano plot插件窗口中,点击Input Data黑色三角按钮选择前两列数据,Label可选择C列数据(Symbol)。其他参数的设置保持默认,Log2 Transform for X取消勾选(因为原始数据已取过对数),点击OK按钮完成绘制。


初始的绘制效果如下:


图形调整

初始效果中,图例有点丑。点击选中图例,删除下面三行图例文字,并将图例的边框设置为白色,如下图。


双击坐标轴(Y轴),在Y Axis 调整窗口中可设置数据的显示范围,比如这里设置为0~50。同样的方法,也可以将X轴的数据范围调整为-1~4。


坐标轴数据范围调整后的效果如下:


点击蓝色辅助线,使用Origin的Mini tools可对辅助线的粗细、颜色、样式进行调整。


点击火山图中的散点,可使用Origin的Mini tools自由调整散点的颜色,如下。


调整后的散点如下:


同样的方法,点击火山图中的散点,可使用Origin的Mini tools自由调整散点的大小(这里适当调大了一些)和透明度,如下。


最终的效果如下:


好啦,本次的分享就到这里啦!

*未经许可,不得以任何方式复制或抄袭本篇文章之部分或全部内容。版权所有,侵权必究。


本文作者:基迪奥-莫北

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