查看: 861|回复: 14

[软件使用] 学术大牛文章的显微照片是如何编辑的?

[复制链接]

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
461
注册时间
2020.6.16
在线时间
304 小时

发表于 2021.12.17 10:12:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
除了统计图表之外,显微照片也是文章中必不可少的实验结果呈现方式。除了常规实验的各种组织切片照片,在空间转录组文章中显微照片更是常见,如下图。

Nature immunology, 2021)

Nature Communications, 2021)

Nature Communications, 2021)

通过观察以上案例可以发现,显微照片的呈现方式也是有讲究的,比如对照片的局部区域进行裁剪放大、在照片上添加ROIs (regions of interest) 或Overlays, 如矩形、箭头、文本标签、标尺等。

一般而言,对于位图的处理需要使用专门的位图编辑软件,比如Image J、Photoshop等,不过对于科研照片,我们被允许做的处理很有限,一般来说使用PPT、Ai (Adobe illustrator) 就够了。下面就为大家演示如何使用Ai实现第3个案例的效果。

图形置入

首先,打开Ai软件,点新建按钮创建10*10cm的文档,颜色模式我这里改为RGB,其他设置保持默认。


接着通过快捷键“Ctrl+R”调出标尺,使用小黑工具(选择工具)分别从左、上标尺上拖出垂直和水平参考线,如下图。


然后通过文件菜单下的“置入”命令,一次性将4张显微照片置入到当前画板中。


注意,这里按住Shift键可以“连选”照片,一次性全部置入。我这里以链接的方式置入到Ai中,当然你也可以取消勾选链接,以嵌入的方式置入照片。


将照片逐一置于画板的四个区域,适当调整图片的大小并相互对齐,如下。


裁切区域

接着新建一个图层,把其他的图层锁定后选中新图层,接下来主要在新图层中添加图形和文字。


使用矩形工具沿着“局部”图的边缘绘制矩形,然后缩小并移动矩形到左边的“全局”图上,根据图像特征(比如斑点的位置)确定矩形框的位置和大小。


通过反推的方式可大致找出对应的区域,如下。当然也可以调低顶层图像的透明度,不断调整大小和移动位置,直到找到完全叠合的区域。


接下来使用直线段工具绘制连线,如下。


选中矩形框和两条直线段,点击“描边”,在描边选项中勾选“虚线”,设置虚线和间隙的大小都为1pt,如下。


同样的方法,为另一组照片添加虚线框,我这里将虚线的颜色改为了黑色,确保与文献案例的效果一致。


添加标记


继续使用直线段工具绘制“箭头”,直线段的颜色设为白色,在“描边”选项中设置箭头的样式和大小。


接着,使用文字工具添加文字标签,字体样式这里选择Arial,大小为12pt,字体选择Italic(斜体),同样的方法,完成其他字体的添加。字体的角度可使用小黑工具配合Shift键进行旋转。


添加完文字之后,按住Shift键使用矩形工具绘制小正方形,然后按住Alt键用小黑工具移动正方形快速复制出3个,修改正方形的颜色和位置。最后,使用画板工具调整画板的大小,使组合图的边距看着舒服即可。


最终的效果如下:


当然,如果想把一张照片的局部放大也是可以的。先绘制矩形区域,然后按住Alt键用小黑工具同时移动照片和矩形快速复制出一份,框选第2份的矩形和照片,右键,执行建立剪切蒙版命令,即可将感兴趣的区域截出。


剪切后的效果如下,我们可以放大截出的图片。注意,如果想为截出的图片添加标尺,可以在放大前使用直线段工具和文字工具添加,线段的长度和单位可按照原图的标尺进行换算,之后再将添加的标尺和图片进行组合,一起放大。


好啦,今天就先分享到这里啦!

▼参考文献▼

Ma F, Hughes T K, Teles R, et al. The cellular architecture of the antimicrobial response network in human leprosy granulomas[J]. Nature immunology, 2021, 22(7): 839-850.
Andersson A, Larsson L, Stenbeck L, et al. Spatial deconvolution of HER2-positive breast cancer delineates tumor-associated cell type interactions[J]. Nature Communications, 2021, 12(1): 1-14.
Joglekar A, Prjibelski A, Mahfouz A, et al. A spatially resolved brain region-and cell type-specific isoform atlas of the postnatal mouse brain[J]. Nature Communications, 2021, 12(1): 1-16.

本文作者:基迪奥-莫北

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
31
注册时间
2016.1.8
在线时间
556 小时

发表于 2021.12.17 11:55:13 | 显示全部楼层
好贴
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
0
注册时间
2021.6.22
在线时间
16 小时

发表于 2021.12.17 19:23:05 | 显示全部楼层
学习
回复

使用道具 举报

中华鲟

Rank: 5Rank: 5

主题
1
注册时间
2016.8.25
在线时间
92 小时

发表于 2021.12.17 23:53:50 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
0
注册时间
2019.3.26
在线时间
7 小时

发表于 2021.12.19 22:56:42 | 显示全部楼层
66666666666
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2017.6.6
在线时间
148 小时

灌水之王


发表于 2021.12.27 16:03:47 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2017.6.6
在线时间
148 小时

灌水之王


发表于 2021.12.27 16:09:07 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2017.6.6
在线时间
148 小时

灌水之王


发表于 2021.12.27 16:12:38 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2017.6.6
在线时间
148 小时

灌水之王


发表于 2021.12.27 16:22:13 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2017.6.6
在线时间
148 小时

灌水之王


发表于 2021.12.27 16:34:58 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

中华鲟

Rank: 5Rank: 5

主题
13
注册时间
2019.6.21
在线时间
74 小时

发表于 2021.12.28 09:01:51 | 显示全部楼层
很棒啊
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

功夫熊猫

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
3
注册时间
2017.9.8
在线时间
79 小时

发表于 2021.12.28 10:27:13 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2020.11.21
在线时间
76 小时

发表于 2021.12.28 16:11:08 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

功夫熊猫

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
3
注册时间
2017.9.8
在线时间
79 小时

发表于 2021.12.29 09:30:16 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

功夫熊猫

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
3
注册时间
2017.9.8
在线时间
79 小时

发表于 2021.12.30 08:09:40 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

快速回复 返回顶部 返回列表