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[软件使用] 重测序软件包(iTools) Reseqtools

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帝王蝶

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发表于 2016.5.18 16:59:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 hewm2008 于 2016.5.18 17:02 编辑


重测序软件包(iTools)   集成了对    Fa Fq,soap,bam等常规软件的操作处理。
具体介绍  可以运行。
软件功能强大,也集成几个游戏,工作之余可以娱乐一下。

希望大家试用   -h  可以查看更多功能介绍。
欢迎交流讨论优化软件


软件下载地址:
https://github.com/BGI-shenzhen/Reseqtools


重测序分析集成工具包 linux 64位平台 静态编译 chmod 便可以直接运行了 (ReSeqTools/iTools)
即在linux64机上只须 tar -zxvf ReSeqTools_XXX.tar.gz ; cd iTools_Code; chmod 775 iTools ; ./ iTools -h ; 无须重新make



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小圆 + 20 + 10 膜拜
Eric_Young + 20 + 10
yuzhe891 + 10 + 5 明祖何神?
基迪奥-周煌凯 + 20 + 12 真正的大神“明祖”终于出现了。.

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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2016.6.23 16:55:14 | 显示全部楼层
本帖最后由 hewm2008 于 2016.6.23 17:31 编辑

现在推广LDdecay   的贴见这:   
http://www.omicshare.com/forum/thread-783-1-1.html

相对之前的 1.02 现在更新了不少新功能,同时也提高了效率,具体如下
最新板本见1.23见 :https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay   
1 新功能:  提供了把plink 转为genotype格式的perl,  即可以直接读
2 新功能:  对VCF格式,可以指定用某些样品构成子群体,只计算这一个子群体的LD Decay
3 新功能:  可以选择性  输出 具体位点比较的信息  如输出D'  LOD 和 R^2 等
4 效率   : 优化了计算效率,计算时候又有了稍高的提高了。 画图程序也小修改了一下。
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推广达人宣传达人论坛元老


发表于 2016.5.18 22:42:51 | 显示全部楼层
顶起!
哈啊哈哈
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迅猛龙

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活跃会员


发表于 2016.5.19 08:21:57 | 显示全部楼层
膜拜!大神
早上好!
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功夫熊猫

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灌水之王


发表于 2016.5.19 09:36:16 来自手机 | 显示全部楼层
好好大上
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中华鲟

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发表于 2016.5.19 15:49:54 | 显示全部楼层
有各种神
加油
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帝王蝶

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发表于 2016.5.20 14:44:33 | 显示全部楼层
mark一下
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钵水母

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发表于 2016.5.27 23:17:58 | 显示全部楼层
厉害,崇拜
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钵水母

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大神啊
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中华鲟

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发表于 2016.6.19 15:28:04 | 显示全部楼层
楼主 太厉害了
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钵水母

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发表于 2016.6.24 16:20:05 | 显示全部楼层
学习一下
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钵水母

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发表于 2016.6.24 18:48:59 | 显示全部楼层
你硕士论文附件
(1)该重测序分析软件工具包
Re Seq Tools 的主页:

  https://code.google.com/p/reseqtools/  
(2)该重测序分析软件工具包
Re Seq Tools 的代码及相关资料下载地址:

https://code.google.com/p/reseqtools/downloads/list


网址是打不开的,可否把相关资料上传到论坛里?谢谢
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2016.6.27 10:10:19 | 显示全部楼层
本帖最后由 hewm2008 于 2016.6.29 09:53 编辑
nianjq12 发表于 2016.6.24 18:48
你硕士论文附件
(1)该重测序分析软件工具包
Re Seq Tools 的主页:

用这个网址下载:
https://github.com/BGI-shenzhen/Reseqtools

多谢了 多种下载方式:
如在linux平台用如下的操作命令可以下载:
git clone  https://github.com/BGI-shenzhen/PopLDdecay.git
git clone  https://github.com/BGI-shenzhen/Reseqtools.git

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钵水母

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发表于 2016.6.29 01:43:57 | 显示全部楼层
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中华鲟

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发表于 2016.6.29 15:07:05 | 显示全部楼层
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