查看: 2237|回复: 27

[其他] 如何用KM Plotter神器,复现高分期刊同款美图?

  [复制链接]

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
461
注册时间
2020.6.16
在线时间
304 小时

发表于 2021.11.30 09:29:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
上周给大家分享了使用GraphPad Prism 9绘制生存分析,详情可戳推文《如何绘制实用又好看的生存曲线图?》

这里涉及到一个问题,部分做肿瘤癌症研究的朋友进行预后验证,需要用到公共数据库的数据进行生存分析,此时再用Prism、Origin等软件来绘制KM折线图,就需要先从TCGA等数据库中下载所需临床样本数据,且还需进行数据转换,整理成此类绘图软件所需要的格式。

稍微有些麻烦,何不直接使用线上数据库分析出图?今天,就给大家分享一款预后神器Kaplan-Meier Plotter,专做生存分析,出图即可用于文献发表,无需任何处理,轻松获得高分期刊同款图表!

数据库链接:
https://kmplot.com/analysis/index.php?p=background


正式介绍前,我们先来看一下使用Kaplan-Meier Plotter进行生存分析的已发表案例:

Cell Death & Disease,2021)

文献作者使用这个数据库分析了EMP3高低表达对乳腺癌患者在OS(总生存期)、RFS(无复发生存期)、DMFS(远端无转移生存期)三个预后指标下的影响,来和自己的实验相互佐证EMP3是一种抑癌因子,能对乳腺癌进行负调控。

我们通过设置cutoff值,KM plotter可自动将数据库中所有样本分为高表达低表达两组进行生存分析。出图效果非常不错,不管是配色还是样式效果,都是顶刊配置!且pdf矢量格式输出,想后期美化也能够支持。

下面我们就一边介绍Kaplan-Meier Plotter,一边带大家使用数据库来复现文献中的生存曲线图吧。

Kaplan-Meier Plotter绘制生存曲线

Kaplan-Meier Plotter数据库来源为TCGA、GEO、EGA等公共数据库,能评估超过54k基因(mRNA、miRNA、protein、DNA)在乳腺癌、卵巢癌、肺癌、胃癌等21种癌症的生存率(不在数据库中显示的就是暂时还未开发出)。

我们打开官网,首页如下图所示。每行代表一类分子,从上至下依次为:mRNA(gene chip)、mRNA(RNA-seq)、miRNA、protein、DNA(见最左侧黄色方块)。每行黄色方块右侧色块为对应的可检索癌症数据类型入口,直接点击癌症对应色块或在最右上角的Breast cancer处下拉检索即可进入绘图参数设定模块。


我们点击第一个色块Start KM Plotter for breast cancer(乳腺癌)进入生存分析参数控制面板,如下图。


首先,在第一行“Affy id/ Gene symbol”处输入你想要研究的基因ID名,输入后网页可自动识别,点击对应ID即可。若需要同时比对多个基因,则点击“Use multiple genes”,在这个选项下可同时输入多个基因,能对输入基因的平均表达量单独对每个基因进行生存分析(如分析一个基因家族的平均表达量高低对某癌症预后效果,也同时能够对这个基因家族中每个基因独立进行生存分析)。

我们这里跟随文献,输入EMP3后,会自动识别到这个基因,点击选中即可,如下图。




A:Plot options:绘图选项设置,点击可进行图形参数修改,如线条粗细、主标题、P值摆放位置、图例摆放位置、使用数据库版本等等;
B:Quality control:质控选项,可选择是否排除冗余样本、使用阵列质控等等;
C:Split patients by:选择病患分组cutoff值,即下四分位数、下三分位数、中位数、上三分位数、上四分位数,或是选择自动计算最佳cutoff(第二选项);
D:Survival:选择预后生存期的观测指标,即RFS、OS、DMFS、PPS。上文文献所出现的三个不同的生存曲线即对应了这里3个不同的观测指标;
    Follow up threshold:选择跟进的时间,一般保持默认all选项;
E:Probe set options:探针组选项,根据自身需求选取,一般保持默认,即首选项user selected probe set
    绿色方框:绿色方框色块内数字为实时样本数。
F:Restrict analysis to subtypes:在此选项框中可选择癌症亚型,默认选项为选择全部;
G:Restrict analysis to selected cohorts:在此选项框中可限定患者治疗方案,不需要限定则无需选择。

现在我们复现文献中那三张生存分析:在输入研究基因EMP3后,在Split patients by选择Auto select best cutoff,在Survival选择OS,其它参数保持默认,点击“Draw Kaplan-Meier plot”即可绘制生存曲线。

点击后稍等一两秒,会弹出结果页面,我们把页面往下拉,即可看到生存曲线啦,如下。


我们接着选择“Download plot as a PDF”即可将生存曲线下载到本地,另两个观测指标RFS、DMFS则在Survival处重新选择、重新输出,即可获得论文中的三张生存曲线图~


若是想对图表进行其它细节美化,我们将pdf文件导入AI进行后续调整即可,如下。我们这里把每个生存曲线图原本的主标题(基因名称,三张图都相同)改为所选择的三个观测指标(OS、RFS、DMFS),原本的图例线条比较细,这里我们也适当进行加粗。当然,也可根据自己的需求进行重新着色等操作,这里不再展开讲解,有兴趣的可看我们的往期推文或最近即将上线的绘图工具书《科研图表美化与插图绘制》


TipsKM plotter数据库是在癌症预后生存分析中使用比较广泛的网站工具,收录的数据库也非常全面,且操作和入门都非常简单!因而非常多SCI都会使用KM plotter来做预后验证。当然,GEPIA、OncoLnc、UALCAN等数据库也能够做,有兴趣的朋友们可以先去看看,之后有机会也会持续与大家分享~

好啦,今天的内容就到这里啦!

本文作者:基迪奥-喵酱

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

功夫熊猫

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
3
注册时间
2017.9.8
在线时间
79 小时

发表于 2021.11.30 12:27:20 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
0
注册时间
2019.3.26
在线时间
7 小时

发表于 2021.11.30 20:32:58 | 显示全部楼层
66666666666
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2020.11.21
在线时间
76 小时

发表于 2021.11.30 20:35:45 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

功夫熊猫

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
3
注册时间
2017.9.8
在线时间
79 小时

发表于 2021.12.1 08:24:02 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
0
注册时间
2021.3.29
在线时间
7 小时

发表于 2021.12.1 11:23:42 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
0
注册时间
2021.12.1
在线时间
3 小时

发表于 2021.12.1 11:25:07 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2017.6.6
在线时间
148 小时

灌水之王


发表于 2021.12.1 15:33:59 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2017.6.6
在线时间
148 小时

灌水之王


发表于 2021.12.1 16:02:43 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
0
注册时间
2021.1.28
在线时间
13 小时

发表于 2021.12.1 18:54:31 | 显示全部楼层
顶!!!!!!!!!!!!!!!!!
回复

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
0
注册时间
2019.3.26
在线时间
7 小时

发表于 2021.12.1 21:23:08 | 显示全部楼层
66666666666
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2020.11.21
在线时间
76 小时

发表于 2021.12.1 21:58:03 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

中华鲟

Rank: 5Rank: 5

主题
1
注册时间
2016.8.25
在线时间
92 小时

发表于 2021.12.1 23:56:51 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

功夫熊猫

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
3
注册时间
2017.9.8
在线时间
79 小时

发表于 2021.12.2 08:12:27 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2020.11.21
在线时间
76 小时

发表于 2021.12.2 12:38:41 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

功夫熊猫

Rank: 10Rank: 10Rank: 10

主题
3
注册时间
2017.9.8
在线时间
79 小时

发表于 2021.12.3 08:13:05 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

中华鲟

Rank: 5Rank: 5

主题
0
注册时间
2020.2.12
在线时间
81 小时

发表于 2021.12.3 08:39:26 | 显示全部楼层
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
0
注册时间
2019.3.26
在线时间
7 小时

发表于 2021.12.3 22:33:58 | 显示全部楼层
666666666
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
0
注册时间
2021.1.28
在线时间
13 小时

发表于 2021.12.4 08:39:43 | 显示全部楼层
顶!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
回复

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
0
注册时间
2021.6.22
在线时间
16 小时

发表于 2021.12.4 20:19:32 | 显示全部楼层
感谢分享
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

快速回复 返回顶部 返回列表