转录组分析没有参考基因组怎么解决

一只小细胞 · 发表于 2021.11.26 21:57:24

转录组分析没有参考基因组怎么解决？
可以拼接不，那后续的分析和有参转录本是否一样？
另外转录本定量是什么，能否解决无参转录本分析？
谢谢！！！

莫北 · 发表于 2021.11.27 16:43:33

无参考基因组也可以做转录组分析，比如使用参考转录组，详情可咨询基迪奥技术人员

辣椒油 · 发表于 2021.11.28 16:10:11

没有参考基因组也是很奇怪，不过你最后分析的是组内的差异，也是一个相对表达量的区别，和有没有参考转录组没多大关系

辣椒油 · 发表于 2021.12.1 21:22:19

111111111111

辣椒油 · 发表于 2021.12.5 19:58:48

可以像PCR那样通过对比得到

一茶道人 · 发表于 2022.5.15 21:40:57

无参转录组多了去了，有钱可以做个三代全长转录组，以之当做参考，做有参分析；如果条件不允许，做无参也行，用Trinity拼接，用bowtie2比对，用RSEM统计每条转录本有多少个read比对上了。拿到counts后，有参无参就一样了。

yyn1996 · 发表于 2022.6.11 22:23:19

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