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转录组分析没有参考基因组怎么解决
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转录组分析没有参考基因组怎么解决
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发表于 2021.11.26 21:57:24
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奥币
转录组分析没有参考基因组怎么解决?
可以拼接不,那后续的分析和有参转录本是否一样?
另外转录本定量是什么,能否解决无参转录本分析?
谢谢!!!
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发表于 2021.11.27 16:43:33
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无参考基因组也可以做转录组分析,比如使用参考转录组,详情可咨询基迪奥技术人员
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发表于 2021.11.28 16:10:11
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没有参考基因组也是很奇怪,不过你最后分析的是组内的差异,也是一个相对表达量的区别,和有没有参考转录组没多大关系
新的一天加油!
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发表于 2021.12.1 21:22:19
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发表于 2021.12.5 19:58:48
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可以像PCR那样通过对比得到
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发表于 2022.5.15 21:40:57
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无参转录组多了去了,有钱可以做个三代全长转录组,以之当做参考,做有参分析;如果条件不允许,做无参也行,用Trinity拼接,用bowtie2比对,用RSEM统计每条转录本有多少个read比对上了。拿到counts后,有参无参就一样了。
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发表于 2022.6.11 22:23:19
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