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帝王蝶

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发表于 2020.7.1 10:10:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 基迪奥-Jt桃 于 2020.7.1 10:10 编辑

基迪奥一贯注重服务,从方案设计到文章协助,优质的售前、售中、售后带来的是客户文章的不断产出。疫情期间,基迪奥每天发一篇3.9分SCI,5分以上共17篇,影响因子累计339.061。其中3分以上文章列表如下:


基迪奥3-5月客户文章统计图

所以说来基迪奥做项目,发一篇3分以上的文章还是很轻松的。下面我们就重点推荐几篇单细胞、转录组、宏基因组、蛋白质组方面的高分文章,供大家学习参考。

单细胞

单细胞转录组测序可以做到以单个细胞为单位,了解基因的表达情况,在传统的转录组测序上又做到了更精细的分析,也是时下高分文章的新宠。推荐的第一篇文章,就是基迪奥客户利用单细胞转录组测序结合一系列的分子实验,研究骨髓瘤细胞介导的成骨细胞分化脂肪细胞的分子机制[1]


发表期刊:Science signaling,IF=6.481
发表时间:2020年5月
客户单位:天津医科大学
关键词:单细胞转录组        医学        肿瘤        人

研究内容

探索在骨髓瘤的影响下,成骨细胞向脂肪细胞分化的机制,在体外培养间充质干细胞,将间充质干细胞和骨髓瘤细胞按1:1混合培养48h,另外以没有混合培养的间充质干细胞作为对照组,各两个生物学重复,进行单细胞转录组测序。

文章使用拟时分析绘制细胞轨迹,发现共培养之后的间充质干细胞的分化命运发生了改变,相较于未共培养的间充质干细胞减少了一条分化命运。将共培养和对照组的间充质干细胞进行差异基因富集分析,发现间充质干细胞在共培养的条件下脂肪形成相关通路显著富集,且脂肪形成相关基因ADD1和PPARγ只在0,1,6,8四个亚群表达。因为PPARγ是重要转录调控因子,作者后续使用一系列分子实验,发现骨髓瘤细胞的α4整合素蛋白与间充质干细胞的VCAM1蛋白结合,激活PCKβ1并抑制MURF1,进一步引起PPARγ2的泛素化,导致间充质干细胞成骨能力减弱,偏向于分化为脂肪细胞。

图1 单细胞转录组测序揭示和骨髓瘤细胞共同培养的人类MSCs细胞分化情况

微生物

微生物领域大家更熟悉的可能还是16s测序,但16s仅是物种基因组上的一个小片段,多用于研究微生物多样性,无法获得更深层次的信息。相比之下,宏基因组已经能突破瓶颈,同时获得群落中全部微生物的全部基因组信息。推荐的第二篇文章,就是基迪奥客户利用宏基因组测序研究中国两个相邻水域中抗生素的耐药性[2]


发表期刊:Journal of Hazardous Materials,IF=7.650
发表时间:2020年5月
客户单位:中国科学院城市环境研究所
关键词:16S+宏基因组,细菌,耐药性

研究内容

河流是抗生素耐药基因(ARGs)的重要来源,但河流AGRs生物地理模式和潜在的驱动因素研究的还很少。所以作者对正常、干旱和雨季三个水文季节对西河(WR)和北河(NR)的两条相邻子流域河水进行采样,每个季节WR设置 9个采样点,NR设置11个采样点,提取DNA进行16S(V4-V5区域)和宏基因组测序

结果发现,乙杆菌肽、多药、磺胺和四环素是AGR的主要类型。污水处理厂是ARGs的主要来源,动物粪便是导致NR上游ARGs扩散的主要原因。随机森林和网络分析证实NR受到粪便污染的影响。PCoA分析表明,ARGs的组成随人为梯度变化,而Raup-Crick null模型表明,1类整合子intI1介导的均质选择导致整个流域尺度上ARG群落稳定。结构方程模型表明,微生物群落、草地和几种非抗生素微污染物也可能对ARGs的分布产生一定的影响。

图2对不同生境的ARGs的PCoA分析

还有一篇不得不提的文章,作者于今年4月发表的第五篇16s的高分文章(Bioresource Technology,6.669)。这篇文章还是应用比较常规的16s研究思路,研究不同浓度的柠檬酸对阳春砂仁的青贮微生物群落的影响[3]。并且这次文章中的图形,也都是用我们Omicsmart微生物平台完成的。看起来掌握了研究的套路,再有了Omicsmart的帮助,发文章又能提速不少。

图3 文章利用Omicsmart完成的PCoA分析图、细菌群落和相对丰度图、热图

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转录组

转录组测序和上面两种技术相比,在各领域,该研究应用的就更为广泛了。除了下面推荐的这篇,肿瘤抑制剂BRD7的作用机制的医学上的研究[4],近期发表的高分文章研究方向还包括:海水中三角褐指藻抗重金属镉(Cd)的能力变化的研究(Journal of Hazardous Materials,IF=7.650)[5]、青霉菌(Penicillium spp.,DC-F11)挥发环境汞离子的生物修复机制的研究(Journal of Hazardous Materials)[6]、番茄SlJMJ6基因对H3K27去甲基化化作用调节成熟相关基因的表达机制的研究(New Phytologist,IF=7.299)[7]等等。


发表期刊:Journal of Experimental & Clinical Cancer Research,IF=5.108
发表时间:2020年2月
客户单位:中南大学
关键词:转录组        医学        肿瘤        人

研究内容

文章取体外表达BRD7的MDA231细胞作为实验组,以研究肿瘤抑制剂BRD7在乳腺癌肿瘤侵袭和转移中的作用和潜在的分子机制。结果证实BRD7具有抑制乳腺癌细胞迁移、迁移和侵袭的能力。还发现了BRD7的一种新的相互作用蛋白,YB1。BRD7通过负调控YB1 Ser102位点的磷酸化降低YB1的表达,从而促进其蛋白酶体降解。而基因集富集分析显示,BRD7和YB1共同发生上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition, EMT),BRD7能抑制间质基因,激活上皮基因。此外,BRD7表达与乳腺癌患者YB1水平呈负相关,低BRD7和高YB1表达的结合与预后不良、远处转移和晚期TNM阶段密切相关。

图4 图为BRD7抑制上皮-间充质转换(EMT)进程的结果。对BRD7过表达,YB1敲除,YB1过表达和对照组进行GSEA分析。用qPCR和免疫印迹验证结果。
转录组+蛋白质组+代
最后推荐的这篇是植物研究的多组学的文章。文章利用无参转录组、DIA蛋白质组学、代谢组学评估氮沉积对森林植物的影响[8]。文章每一部分的分析都比较常规,系统的结合在一起,就是一篇高分文章了。


发表期刊:Science of The Total Environment,IF=5.589
发表时间:2020年3月
客户单位:厦门大学
关键词:转录组        蛋白质组(DIA)        代谢组        植物        九节木

研究内容

文章研究的九节木茜草科常见的一种灌木或小乔木,设置冠层加氮量50千克氮公顷/年(CAN)和下层植被加氮量50千克氮公顷/年(UAN)为处理组,不加氮为对照组进行转录组和蛋白分析。使用NH4NO3溶液作为氮源,通过将NH4NO3与附近湖泊的地表水混合来获得指示浓度。每次施用氮溶液相当于3毫米的降雨量,并且总添加溶液为研究地点年总降雨量的b1%。之后从每块地的4-5株植物中各选出约5-10片红叶,每个比较组设置3个重复,进行代谢组测序。

文章鉴定了得到的基因、蛋白质和代谢物,并分别进行差异分析和统计。结果表明,森林冠层对氮沉积的拦截可以减少进入森林下层和土壤的氮的数量,从而可以减少氮沉积对常绿阔叶林中的九节木以及可能的其他木本下层植物的代谢和植物化学成分的影响。

图5 对响应CAN和UAN处理的差异蛋白进行统计并进行富集分析

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参考文献:

[1]        Liu Z, Liu H, He J, et al. Myeloma cells shift osteoblastogenesis to adipogenesis by inhibiting the ubiquitin ligase MURF1 in mesenchymal stem cells[J]. Science Signaling, 2020, 13(633).
[2]        Hu A, Wang H, Li J, et al. Homogeneous selection drives antibiotic resistome in two adjacent sub-watersheds, China[J]. Journal of Hazardous Materials, 2020: 122820.
[3]        Lv H, Pian R, Xing Y, et al. Effects of citric acid on fermentation characteristics and bacterial diversity of Amomum villosum silage[J]. Bioresource Technology, 2020: 123290.
[4]        Niu W, Luo Y, Zhou Y, et al. BRD7 suppresses invasion and metastasis in breast cancer by negatively regulating YB1-induced epithelial-mesenchymal transition[J]. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, 2020, 39(1): 1-19.
[5]        Zhang X, Xu D, Huang S, et al. The effect of elevated pCO2 on cadmium resistance of a globally important diatom[J]. Journal of Hazardous Materials, 2020: 122749.
[6]        Chang J, Shi Y, Si G, et al. The bioremediation potentials and mercury (II)-resistant mechanisms of a novel fungus Penicillium spp. DC-F11 isolated from contaminated soil[J]. Journal of Hazardous Materials, 2020: 122638.
[7]        Li Z, Jiang G, Liu X, et al. Histone demethylase SlJMJ6 promotes fruit ripening by removing H3K27 methylation of ripening‐related genes in tomato[J]. New Phytologist, 2020.
[8]        Liu N, Zhang S, Huang Y, et al. Understory and canopy additions of nitrogen differentially affect carbon and nitrogen metabolism of Psychotria rubra in an evergreen broad-leaved forest[J]. Science of The Total Environment, 2020: 138183.

本文作者:基迪奥-萌神               

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