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转录组满足了广大中国人民SCI短平快的要求

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发表于 2016.5.6 17:17:17 | 显示全部楼层 |阅读模式
我又来脑残了~~~

每天的发帖量都是如图的规律,说明大家在研究转录组水平的热情是及其高涨的!问的最多的问题是某某图怎么画啊,某某通路或者功能怎么富集啊,哎呦我的重复性不好咋办。前些年我舍友搞了一个RNA-seq,很快文章出了,把我眼馋的。于是我也找老板要了个转录组,我说给我几个月学习,内心还是想着保毕业的事。


转录组可是比基因组快多了,好多人只需要做采样工作,后面的工作由生物信息人员完成。然后差异出来了,discussion自己搞搞,的确很快。两年或者三年的硕士,有一篇这个蛮幸福了吧?而且文章写起来特别好写,正经八股,全套模板,太多了。

感觉这还是文章至上的大环境造成的。你想搞个基因组什么的?重测序吗?搞进化吗?老板说:哎呦好贵。其实不仅好贵,而且找样本家系什么的时间也会长一些。denovo一个新的?你有服务器么?搞注释吗?其实我不太懂,听过ensembl的技术来讲过,听了稀里哗啦的。其实我是搞基因组的,但是我现在也在投一篇转录组,都是同道中人嘛。

你看那个蛋白组和表观组,都没什么人care,我也没研究过,我也不懂。总觉得它们像富二代背后的屌丝,没人关照,学术上来讲,层次太高了,DNA这个唐僧还没搞明白,RNA这个孙猴子折磨人太深,谁有太多精力搞表观和蛋白的沙和尚啊。北京建了蛋白中心,我只有膜拜的份。求这方面的同学讨论讨论这方面今后的发展。


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 楼主| 发表于 2016.5.9 19:19:19 | 显示全部楼层
@基迪奥-周煌凯

上周,《读书》杂志微信公号发布了一篇《“影响因子”是用来赚大钱的:揭开“影响因子”的学术画皮(一)》,成为热转文。

“影响因子”在今天中国的学术评价体系中,究竟有多重要,恐怕无需赘言。不但科学界将它奉若神明,而且人文社科学界,也对它顶礼膜拜。但它的权威性真的无可置疑吗?

上海交通大学科学史与科学文化研究院江晓原、穆蕴秋两位学者经过长时间的调查与研究,惊人发现“影响因子”只是美国一家私人商业公司推出的盈利产品,从一开始就没有“学术公器”的性质。直到今天,它制造出的学术评价体系,也几乎没有真正代表过学术科研的真实水平。然而国内许多科研机构的管理部门,长期强调并用各种考核手段要求科研人员尽可能将论文发表在国外的高影响因子刊物上,却完全没有看到,这种要求不仅在学理上极为无理,而且正在实际上对中国学术造成极大伤害。

在这组系列文章的第一回合里,作者从“影响因子”及其商业公司的背景、重点产品、盈利模式入手,对这套评价体系进行了一次大起底。

“影响因子”其实是美国一家私人商业公司推出的一项盈利产品。“科学情报研究所”(Institute for Scientific Information,简称ISI )逐年发布的“科学引用索引”(Science Citation Index ,简称SCI)和“期刊引证报告”(Journal Citation Report,简称JCR),被当今科学界视为两种最权威的学术评估数据。SCI可用来检索科学论文被引用的情况,JCR本质上是SCI的衍生产品,它是基于对SCI(后来包括SSCI和A&HCI)“引用索引”数据进行整合处理后得到的结果,就是期刊的“影响因子”。

许多人误以为它们是由“国际权威科学机构”发布的,而实际上这家“科学情报研究所”从一开始就是一家地地道道的私人商业公司,1992年又被汤森路透(Thomson Reuters)收购。只是ISI的这一商业性质,多年来一直不太为普通公众和许多学界人士所知。


“科学情报研究所”及其创始人尤金·加菲尔德。

其创立者尤金·加菲尔德1925年生于纽约,从哥伦比亚大学获化学学士学位(1949)和图书情报学硕士学位(1954),从宾夕法尼亚大学获结构语言学博士学位(1961)。1956年,还在攻读博士学位的加菲尔德已经注册成立了一家小公司,推出了第一款信息产品《目录快讯》,是一种对管理类杂志目录进行定期汇编的小册子。

1960年加菲尔德迎来了他事业的转折点。这年他将公司改名“科学情报研究所”,与美国国家健康学会合作,获得国家科学基金(NSF)三十万美元,共同承担建设“基因文献引用索引库”项目。该项目对1961年28个国家出版的613种期刊两万册以上的140万条参考文献建立引用索引,进行编目,最终结果共五卷,其中基因类文献引用索引独立成一卷。1963年该项目顺利结项,加菲尔德原指望国家科学基金继续提供资助,将余下四卷一起出版,但他的申请未获批准。加菲尔德于是决定自己来干,独立出版,并将五卷统一命名为“科学引用索引”,即科学界现今奉为圭臬的SCI。

加菲尔德在推销他的产品时,手法高明而且不遗余力。他的关键手法之一是讲了一个动人的故事——SCI可以预测诺贝尔奖。他利用1964年首次出版的1961年度SCI报告,统计了1961年257900位学者的成果被SCI论文引用的情况,又统计了1962、1963年产生的十三位物理、化学和医学诺贝尔奖获得者的论文引用情况,数据表明,该十三位学者在获得诺贝尔奖的前一年,他们的成果被SCI论文引用的平均数量和次数远高于一般水平。

从表面上看,这确实表明优秀科学家群体有着更高的SCI论文被引用数,但这并不足以支撑加菲尔德的论断:SCI论文引用数可以反过来用于评估单个学者的学术水平。江、穆两位作者详细研究了加菲尔德这篇文章所提供的数据,发现他对数据的处理和使用至少存在着三个问题:第一,加菲尔德非常明显地对数据进行“选择性呈现”。第二,加菲尔德没有说明“高引作者名录”人数的选取标准。第三,没有明确预测的有效年限。

1988年,加菲尔德把“科学情报研究所”超过50%的股权卖给JPT出版公司(JPT Publishing)。1992年4月,汤森路透以2.1亿美元价格收购了JPT出版公司。据汤森路透首席运营官说,这项交易主要是为了得到“科学情报研究所”,当时“科学情报研究所在全球拥有三十万客户,每年净利润约为一千五百万美元”。

至于如今汤森路透旗下“科学情报研究所”的盈利规模,作者披露了一所国内著名“985”高校的有关情况以见一斑:该校目前订阅了汤森路透七种信息产品——Web of Science(包括SCI、SSCI、A & HCI 等)、JCR、BIOSIS Previews(生物科学数据库)、CC、Derwent Innovations Index(德温特专利情报数据库)、EssentialScience Indicators(基本科学指标,ESI)、ISI Emerging Market(ISI新兴市场信息服务),该校每年为此支付的费用超过两百万元人民币。

想想全中国有多少所类似的高校,全世界又有多少所类似的高校,而且国外许多高校在购买此类数据库时往往比国内高校更为慷慨,再想想“科学情报研究所”在1992年就有30万客户,就不难想象加菲尔德创建的“信息帝国”如今的盈利规模了。

此文只是起底“影响因子”系列的第一篇。作者以《琅琊榜》作比:加菲尔德就好比学术江湖的梅长苏,“科学情报研究所”就好比学术江湖的江左盟,而他们卖信息赚大钱的行事倒很像琅琊阁;那么“麒麟才子,彼岸加郎”有没有暗中辅佐的靖王殿下呢?至少在客观效果上也是有的,那就是Nature杂志了。


本文引用地址:http://blog.sciencenet.cn/blog-266190-974259.html 此文来自科学网方锦清博客,转载请注明出处。

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 楼主| 发表于 2016.5.6 17:18:55 | 显示全部楼层
基迪奥可以写篇论文,根据大家在论坛的发帖量和问题:论中国生物研究测序领域的热点

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发表于 2016.5.6 17:53:12 | 显示全部楼层
你有这戳到大家的痛点了
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 楼主| 发表于 2016.5.6 17:58:16 | 显示全部楼层
hld8124 发表于 2016.5.6 17:53
你有这戳到大家的痛点了

痛在何处?社会压力而已
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发表于 2016.5.6 21:17:13 | 显示全部楼层
你已经成精了,鉴定完毕
我要看看,我到底有多么的喜欢你!
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发表于 2016.5.6 21:18:40 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.5.6 17:58
痛在何处?社会压力而已

大家一股老的追求文章,而不是静下心来真正的搞科研,做学问,为了一个文章速度,花钱费力,最后很多其他的工作都丢掉了
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发表于 2016.5.7 02:44:05 | 显示全部楼层
其实真搞研究的话,我觉得还是表观最好玩,未知的东西太多。但国内的大环境,大家追求短平快,简单的东西重复建设,深度总是停留在1个层面上,深度不足。那些复杂的表观问题,自然没人去搞。
新的一天加油!
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发表于 2016.5.7 13:01:12 来自手机 | 显示全部楼层
66666666字数你没!
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 楼主| 发表于 2016.5.7 16:17:37 | 显示全部楼层
卡戎3521 发表于 2016.5.7 13:01
66666666字数你没!

what what?
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 楼主| 发表于 2016.5.8 13:27:18 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.5.7 02:44
其实真搞研究的话,我觉得还是表观最好玩,未知的东西太多。但国内的大环境,大家追求短平快,简单的东西重 ...

其实有很多研究表观的,现在也是短平快法研究的,发文章,也是统计统计这,统计统计那,说了一堆无关痛痒的话,发个3-4分的小文,其实啥也没做出来。未知的东西虽然多,但是人家都躲开研究了。
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发表于 2016.5.8 22:42:05 | 显示全部楼层
yuzhe891 发表于 2016.5.8 13:27
其实有很多研究表观的,现在也是短平快法研究的,发文章,也是统计统计这,统计统计那,说了一堆无关痛痒 ...

统一本身没有错。实际上,如果是纯生信的文章,通过统计得出某些结论也很精彩。问题是,很多研究人员 统计和数据挖掘的思考都比较少,统计方法千篇一律。
新的一天加油!
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 楼主| 发表于 2016.5.9 19:23:47 | 显示全部楼层
《“影响因子”是用来赚大钱的:揭开“影响因子”的学术画皮(一)》

目瞪口呆啊
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发表于 2016.5.14 21:46:46 | 显示全部楼层
瞎说什么大实话
我说今晚月光那么美,你说不是的
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真是不可思议啊,涨姿势鸟。
新的一天加油!
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厉害厉害
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发表于 2016.6.14 20:38:59 | 显示全部楼层
竟瞎说大实话
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帝王蝶

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发表于 2016.6.26 22:50:33 | 显示全部楼层
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帝王蝶

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发表于 2016.7.20 21:39:52 | 显示全部楼层
瞎说什么大实话!!
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