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[软件使用] 推荐一款“性冷淡风”的序列展示工具

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    发表于 2020.5.20 09:58:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
    在之前的《ESPript:美得令人心动的序列显示工具》《一款颜值高易上手的序列美化工具》等文章中已经为大家介绍过几款比较好看的核酸蛋白同源序列展示工具,接着再为大家介绍一款序列展示小工具: GeneDoc

    GeneDoc支持多种序列对位文件格式,如fasta 、aln 、msf等,可用常规软件MEGA、ClustalX2等生成。这里以ClustalX2导出的aln格式为例为大家展示如何使用GeneDoc。

    序列导入

    首先,双击打开软件,初始界面如下。我们看到软件有非常多的快捷按钮,但我们真正用到可能只有C(Configure)按钮。


    通过File/Import 导入对位文件,对位文件选Clustal (Aln)格式,如下,如果你是用MEGA导出的fas格式,选fasta格式。


    默认序列展示效果如下:


    颜色调整


    由于软件有十几年未更新,界面风格很复古。这种为杂志社省油墨的黑白灰风格虽然也很耐看,但在花里胡哨的网络时代不再推荐,除非文章的整体配色非常搭。所以,下面需要对配色方案做调整。点C按钮,进入配置页面,切换到Shade选项卡,如下。


    点Fore和Back按钮,进入颜色自定义窗口,如下,可通过修改RGB数值分别自定义字母和字母背景的颜色。


    自定义效果如下:


    点击Project/Edit Sequences List,可以修改序列名称和叠放次序,比如,可以把这里的模板序列4w91置顶。


    如果觉得上面的配色太“清新脱俗”了,自己喜欢极简与克制,可以使用低饱和度的“性冷淡风”(Normcore)配色。如果不知道怎么配色,这里再推荐一个在线配色工具:ColorDrop。点击一下自己喜欢的配色,窗口右侧会自动展示所选配色方案的色号、RGB数值。


    工具链接:https://colordrop.io/
    这里使用第一排第三个深绿配色效果如下:


    当然,如果你觉得太“冷淡”,自己喜欢五彩斑斓的,可以选饱和度更高的色彩,如绿色调的:


    或者是更热情的红色调,最终配色方案的选择还需要和你文章的整体配色相统一。


    图片导出

    软件的File菜单没有专门的导出图片的功能,不过可以通过打印功能导出PDF文件,注意驱动要选Adobe PDF或Microsoft Print to PDF,不要选打印机的驱动,如果你的电脑连打印机的话。


    用这种方法导出图片,序列的长度是固定的,无法自定义的。不过,你还可以通过Edit菜单用鼠标点选自己想展示的区域(Blocks),如我这里选择前两段(Blocks),然后Copy Selected Blocks to MetaFile(实际上就是Ctrl+C复制一下),然后将图元文件(emf格式)直接粘贴到Word或PPT中。如果是MetaFile File是将emf矢量图文件导出到本地,之后再将emf图片插入到word或PPT中。


    这里,我不推荐大家导出RTF(富文本文件)格式,虽然是以文本的形式在word中展示,但序列容易错位,颜色会失真,效果会很差,如下。


    并且,emf格式的矢量图在PPT中也是可以编辑的,如下。这里不推荐在word中直接编辑,可能会很卡。


    最终效果如下:


    最后,软件非常小,为了方便大家下载我已上传到OmicShare论坛,感兴趣的童鞋可前去下载。
    下载链接:https://www.omicshare.com/forum/thread-6297-1-1.html

    今天的内容就到这里啦~


    本文作者:基迪奥-莫北

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    有点不正经了
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    徐秀 发表于 2020.5.21 12:13
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