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[软件使用] 推荐!6个好用的lncRNA数据库

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帝王蝶

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发表于 2015.12.10 10:31:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 esther 于 2015-12-10 10:36 编辑

给大家推荐6个好用的LncRNA数据库,介绍一下各个数据库的特点,也分享一下我使用这些数据库的心得吧~

1. NONCODE
NONCODE提供对长链非编码RNA的全面注释,包括表达和ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库,已经更新到2014年的8月了。
网址:http://www.noncode.org

Note:小伙伴们小心使用时状况百出,这个网站对lncRNA的命名方法是他们网站内部命名的系统!!要哭了有没有,根本找不到你要的lncRNA……但有个办法解决,因为他们网站有Blast的系统,你如果有lncRNA的序列的话,还是能找到对应的编号的。对于lncRNA在不同组织中的表达还是挺有用的。

2. lncRNAdb
提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛Johnmattick实验室构建的网站。
网站:http://www.lncrnadb.org/

Note:这个用下来凭良心说还行,输入lncRNA名称之后,会对这个lncRNA的功能及表达进行注释。这个网站用的是NCBI上Gene的命名法,使用上还是没有障碍的。

3. CHIPbase
提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。
网站:http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

Note:中大的这个数据库主要是对于一些lncRNA的表达及lncRNA与转录因子之间的关系的一个注释数据库。主要可以了解与转录因子相关的lncRNA的结合情况。要调取lncRNA的表达数据,劝你选别的数据库,因为这个网站极其坑爹,只能输入GeneSymbol,并不是基因名,其实是lncRNA的转录名,一般是什么“RP11-XXXX”。举个例子:lncRNA2-1的基因名其实“LncRNA2.7”,转录名是“RP11-34P13.8”,这需要注意哦。

4. LncRNome

超过18000转录本目前已作为lncRNA标注,覆盖先前注释非编码转录本,包括大型基因间非编码RNA,反义RNA和加工的假基因。但在提供稳定的注释,交叉引用和生物相关的信息资源方面有显著的差距。由印度CSIR基因组和整合生物学研究所研究人员开发的lncRNome,旨在填补这一空白,他们通过把生物显著性的各种各样的信息注释整合到一个全面的知识库。
数据库URL:http://genome.igib.res.in/lncRNome

Note:三哥三姐确实NB,但记住,查询的话,还是转录名:“RP11-XXXX”那种,也有其他命名法的“HAS-LNCXXXX”这种。功能上挺强大,有lncRNA的二级结构,lncRNA的蛋白互作功能预测,还有lncRNA的SNP位点。总的来说还不错,就是搜索起来麻烦点。

5. Starbase

一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP, PAR-CLIP , iCLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA,miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
网址:http://starbase.sysu.edu.cn/

Note:中大的良心之作,主要功能就是查询lnc与miRNA的互作,蛋白及lncRNA的互作,以及正在火的ceRNA预测。不过主要功能其实还是在miRNA上。

6. LncRNADisease
提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。
网站:http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease

Note:可以在网站中浏览,注意,是浏览lncRNA与疾病的关系注释,其实还是蛮有用的。可以免去我们为lncRNA名字纠结的麻烦。

后记:
lncRNA的种类远远超过编码RNA,4%~9%的哺乳动物基因组序列产生的转录本是lncRNA(相应的编码蛋白的RNA比例是1%-5%)。另外,还有LNCipedia、NRED、PLncDB等lncRNA数据库,功能与上述几个略有重复,其实精通几个功能强大的足矣!大家不妨试试看吧。

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钵水母

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发表于 2015.12.10 10:49:34 | 显示全部楼层
收藏先~
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钵水母

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mark,
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钵水母

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发表于 2015.12.11 18:04:00 | 显示全部楼层
要好好收藏,太强大了
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钵水母

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收藏先。。。
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钵水母

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发表于 2016.4.11 19:35:23 | 显示全部楼层
好强大!!!
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钵水母

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钵水母

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已mark,回去拿我的non-codingRNA上去检索看看
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钵水母

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先mark。。。。
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中华鲟

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帝王蝶

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发表于 2016.6.30 11:13:12 | 显示全部楼层
我也mark一下
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钵水母

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发表于 2016.9.22 19:36:21 | 显示全部楼层
markmarkmark
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帝王蝶

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钵水母

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发表于 2017.11.6 22:23:08 | 显示全部楼层
楼主请教个问题,我的transcript_id是LNC_xxxxxx,gene_id是XLOC_xxxxxx,这是什么数据库格式。。。。。
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中华鲟

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发表于 2017.12.4 18:31:06 | 显示全部楼层
谢谢分享
加油,顺顺利利!~
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