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[软件使用] 如何用Origin绘制好看的Q值热图?

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发表于 2020.4.13 09:47:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
在之前的Origin教程中其实已经为大家介绍过如何绘制聚类热图、相关性热图,画法参考文末拓展阅读部分。最近,有收到OmicShare用户留言,说新版的Origin 2020绘制的聚类热图存在没有聚类树的问题,解决办法其实很简单,你只需更新一下画聚类热图插件的版本。


关于新版的画热图插件已经上传到了OS 论坛上了,大家可以前去下载。
下载链接:https://www.omicshare.com/forum/thread-3573-1-1.html 聚类热图绘制效果如下:


言归正传,在最近的《介绍一种个性化热图的绘制方法》一文中介绍了如何使用R语言绘制下图这样子的Q值热图,这种热图通过把颜色条的“中间颜色”调整为以0.05为分界,非常巧妙地实现对Q值(也可以是P值)阈值的可视化展示,非常直观地展示了GO、KEGG富集分析的结果。

(genes,2019)

与常见展示GO、KEGG富集分析结果的条形图、气泡图相比,Q值(或P值)热图有什么优势呢?我觉得最主要的是条形图和气泡图只能展示一个比较组的差异基因的富集情况,而这种Q值热图可以同时展示多个比较组的富集情况。  

那么,这种Q值热图Origin可以绘制吗?答案是肯定可以!无需编程基础,而且可以轻松实现几乎所有图表元素的个性化调整!我们下面就一起看看如何用Origin绘制这样的图表吧!我这里用最新版本的Origin 2020做演示,理论上前几个能画热图的版本也没问题。

数据准备

这里用到的范例数据与《介绍一种个性化热图的绘制方法》一文的数据相同,为基迪奥结题报告中GO富集分析的结果。
范例数据下载链接如下:https://www.omicshare.com/forum/thread-5965-1-1.html
将数据粘贴的Origin 2020的表中,如下图。


图表绘制
选中表格中数据的前7列,通过Plot/Contour菜单找到带有数字标签的热图,单击进入绘图选项窗口。


所有参数保持默认,点击Ok,即可完成热图绘制。


绘制的初始结果如下图:


个性化调整

接下来双击热图,在Z Title图层Label选项下,调整格子中数字的小数位数。


这种调整方法会使“NA”数据变成“--”,如果你十分在意的话,可用下面一劳永逸的调整方法。在主菜单Preferences\Options菜单下你同样可以调整小数位数,如下,注意,调整后一般在进一步调整后起作用。


接着,双击热图,在弹出的Plot Details 窗口找到Layer1的Size选项,这里可调整热图的边距和宽度,让热图处于画布的合适位置。


鼠标选中数据四周的坐标轴,按Delete键删除。初步调整后的结果如下:


接下来是最关键的步骤,如何让颜色条中间色处于颜色条底部5%处的位置。双击热图,在Z Title图层Colormap选项下调整Fill颜色,如下图,这里选3-color Limited Mixing。Middle Position这里选择By percent,数值为5。5%也就是0.05,当然如果你选择By value,数值为0.05,最终效果是一样的。

Tips:
Limited Mixing主要设置2种颜色渐变;3-Color Mixing,可以设置3种颜色的渐变;最重要的一个功能是可以设置中间颜色的位置,默认是50%,也就是中间位置。我这里调为数值为5时为中间颜色;其余的三种颜色选项主要是使用Origin自带的配色方案或自定义的配色方案。



点击Level可设置颜色条的刻度数值和范围。From…to…设置数值范围,当然P值或Q值的范围是0~1;Major Levels设置主刻度个数,Minor Levels设置中间插入的颜色数量,建议多设置一些让颜色渐变条更光滑,其他参数不用调。


右键图例颜色条,在属性窗口可调整颜色条的方向、刻度标签的位置等。

Tips:

Color bar thickness:颜色条的厚度;Label offset:标签偏移刻度线的距离;Line and Ticks:调整颜色条边框、线的粗细,刻度长短的调整。这里的线和刻度是联动的,将边框调成白色可隐藏线。

注意,颜色条两端的颜色默认是黑色和白色,双击颜色条,隐藏掉,方法如下。



使用Mini Toolbars快速修改配色,并可以添加网格线。


网格线默认是灰色的,你可以双击坐标轴旁的GO term标签,在Grids选项下调整网格的颜色、粗细、线型等,我这里将网格线调为白色,粗细调为2磅。


如果不喜欢Origin的默认配色,也可以自定义配色,点击小色块可通过Custom输入色号来指定颜色。比如,我这里选择记忆中春日大学校园中晚樱的色彩,并将Missing values的颜色设为浅灰色。

Tips:

Custom的前几个颜色色板“ctrl+单击”,修改颜色;最后一个色板,单击即可添加颜色。


接下来,手工绘制GO“三大分类”的分组标记,这里主要用到Origin的矩形工具,如下:


满意后,导出所需格式的图片,效果如下:


参考文献
Ding J, Zhao J, Pan T, et al. Comparative Transcriptome Analysis of Gene Expression Patterns in Tomato Under Dynamic Light Conditions[J]. Genes, 2019, 10(9): 662.

拓展阅读
《介绍一种个性化热图的绘制方法》
《如何用Origin绘制“聚类”热图?》
《如何用Origin绘制热图?》

                                
本文作者:基迪奥-莫北


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钵水母

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钵水母

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发表于 2020.4.14 11:15:13 | 显示全部楼层
origin还有这个功能呀  
忙啊~~~~~~~~~~~
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钵水母

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好好的
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中华鲟

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发表于 2020.4.14 17:20:00 | 显示全部楼层
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迅猛龙

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灌水之王


发表于 2020.4.15 14:36:12 | 显示全部楼层
好看好看
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钵水母

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发表于 2020.4.15 20:18:34 | 显示全部楼层
顶上去 我也想学
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活跃会员荣誉管理


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帝王蝶

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发表于 2020.4.18 14:47:03 | 显示全部楼层
好厉害,学习了
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中华鲟

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灌水之王


发表于 2020.4.18 18:06:19 | 显示全部楼层
学习了
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中华鲟

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发表于 2020.4.19 11:55:47 | 显示全部楼层

学习了!
kkkkkkkk79868687钴铬合金
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钵水母

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发表于 2020.4.19 12:26:14 | 显示全部楼层
非常实用的软件
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钵水母

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发表于 2020.4.19 12:27:07 | 显示全部楼层
在omicshare可以学到很多东西,推荐大家都来学习

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钵水母

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发表于 2020.4.20 17:57:19 | 显示全部楼层
感谢楼主分享
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中华鲟

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发表于 2020.4.22 20:55:55 | 显示全部楼层
大神就是大神,玩的太留了
期待期待
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钵水母

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发表于 2020.4.23 16:42:23 | 显示全部楼层
老师,麻烦问一下,Mini Toolbars是在哪里,谢谢
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钵水母

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发表于 2020.4.23 17:18:13 | 显示全部楼层
老师,我怎么添加不上白色的网格线呢
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