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数据上传Omicsmart,宅着宅着,论文就出来了

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  • TA的每日心情
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    发表于 2020.2.21 09:28:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
    欣慰的是,新冠肺炎的治愈人数越来越多了,致敬无数在一线奋斗的医务人员、基层工作者、志愿者……为守护好疫情防护成果,很多城市按兵不动,很多高校、科研单位、生物技术公司还未复工。

    疫情挡住了大家返回工作岗位的脚步,但是挡不住小伙伴们宅家发论文的脚步呀。宅家怎么科研呢?除了大量的阅读文献,来咱们在线课堂学习专业知识,你还需要一个专业高效的线上分析工具。

    点点鼠标,将原始测序数据(比如微生物多样性测序、转录组测序等测序reads)上传至Omicsmart云平台,数据挖掘、专业绘图,样样行。宅家就把论文写了,是不是很完美!

    平台地址:https://www.omicsmart.com
    使用方法:大家进入网站注册基迪奥云平台账号,登陆后可进入“我的数据”板块,参考视频教程或帮助文档上传原始数据。在“我的项目”板块创建流程,查看结果。

    1.微生物群落多样性线上分析平台

    大家有之前的测序项目还没分析;或者项目样本数太多,感觉分析比较繁杂;再或者想对自己的数据进行更深入的挖掘……都可以将测序reads上传到该平台,注意哦,原始测序reads就可以,不需要大家进行附加处理。批量上传完成后,即可开启数据探索之旅。Omicsmart提供了丰富的分析功能和自定义参数,帮助大家更快捷更专业的分析数据。

    1.1 流程创建功能

    基于上传的reads,大家可以个性化设定分组方案,一键修改后续所有图形的样本名称,自定义比较组,设定数据库版本等。一次性创建完成后,第二天即可查看所有分析结果。

    1.2 六大类分析结果(90+分析点)

    图1 Omicsmart微生物多样性功能模块

    如图1,
    1)OTU分析,OTU维恩图,PCA分析;
    2)物种分析,基于所有分类水平的krona饼图、堆叠图、热图、统计检验、lefse;
    3)alpha多样性分析,6类指数的柱形图、稀释曲线、统计检验盒型图;
    4)beta多样性,基于所有物种分类水平的4种距离,进行UPGMA聚类树、PCoA、NMDS、常规统计检验、anosim、adonis检验;
    5)功能分析,PICRUSt、Tax4Fun功能预测条形图、热图、统计检验;
    6)环境因子关联分析,CCA分析、RDA分析、envfit test、相关性热图、相关性网络图、VPA分析、mantel test。 1.3 个性化参数(100+)  

    数据挖掘层面,基于OTU表格,可进行样本、OTU、物种的修改,抽平,环境因子/代谢物数据的上传;基于分析结果,可进行物种分类水平切换,样本模式/分组模式切换,分析模型切换。图形专业化层面,有丰富的图形和优化参数(图2)。

    图2 Omicsmart微生物平台参数

    高能预警,前方剧透!

    除了以上丰富个性化的功能,我们还将于下周发布升级版微生物分析平台。新版本对物种分析模块和网络图模块进行了深度优化,并升级了PICRUSt软件……比如物种分析细化为物种组成分析和指示物种分析,并增加随机森林、ROC、indicator分析。网络图数据筛选和图形美化功能更加强大。敬请期待!

    2.转录组线上分析平台

    强大的转录组分析平台,同样包含数据上传,基于测序reads和基因集的数据分析探索(图3)。

    图3 Omicsmart转录组平台功能模块

    Tips
    对平台感兴趣的小伙伴可联系当地销售或扫码加入Omicsmart交流群咨询。


    本文作者:基迪奥-小鱼儿

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    发表于 2020.2.21 09:50:05 | 显示全部楼层
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