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[动植物重测序] 请问通过逆转bam文件得到得fq文件数据是原始的吗?

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    发表于 2019.11.9 18:44:20 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    这个bam文件是用苹果的基因组建的索引比对得到的。现在想换另外一个建索引对比.
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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.11.9 19:39:46 | 显示全部楼层
    不是的吧,你是只有比对上的bam文件还是没有比对上的也有?如果只有一个比对上的bam文件,再逆转得到的fq就是只有比对上原来基因组的序列文件了,就把没有比对到原来基因组上的序列过滤了
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     楼主| 发表于 2019.11.9 21:31:15 | 显示全部楼层
    卡卡是公主 发表于 2019.11.9 19:39
    不是的吧,你是只有比对上的bam文件还是没有比对上的也有?如果只有一个比对上的bam文件,再逆转得到的fq就 ...

    那请问用个fq文件做另外一种的比对影响吗?
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  • TA的每日心情
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    7 小时前
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    发表于 2019.11.10 10:13:33 | 显示全部楼层
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    发表于 2019.11.11 09:53:40 | 显示全部楼层
    感兴趣,同问!
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    发表于 2019.11.13 14:36:28 | 显示全部楼层
    bam转回fastq,只考虑文件格式本身的话完全可以比对其它的基因组。
    但现在不知道你的bam用什么比对软件跑的(有的比对软件只输出有比对结果的reads,有的会把未比对上的输出到另一个文件),后续有没有做过其它数据处理(call SNP起码会做sort和mark duplicate,拿去跑GATK的话还有更多的步骤。这当中有些步骤会过滤掉reads)。
    所以就像2楼所说的,主要是担心你的bam相对最原始的fastq已经丢失一部分信息。这时候你再比另一个基因组就相当于没有使用全部的reads。所以最好能拿到最原始的fastq,没有原始fastq的话建议弄清楚bam是怎么得来的,再做后面的事情。
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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.11.18 10:25:21 | 显示全部楼层
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     楼主| 发表于 2019.11.18 13:51:29 | 显示全部楼层
    基迪奥_罗玥 发表于 2019.11.13 14:36
    bam转回fastq,只考虑文件格式本身的话完全可以比对其它的基因组。
    但现在不知道你的bam用什么比对软件跑的 ...

    谢谢
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    发表于 2019.11.20 08:50:18 | 显示全部楼层
    zxdlll 发表于 2019.11.9 21:31
    那请问用个fq文件做另外一种的比对影响吗?

    有啊,这样的话,你的比对结果是指既比对到基因组1也比对到基因组2的序列了,而缺失了不能比对到基因组1但是能比对到基因组2的序列
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