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一分钟实现差异分析柱形图“大变身”

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  • TA的每日心情
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    [LV.4]偶尔看看III

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    发表于 2019.10.23 09:36:36 | 显示全部楼层 |阅读模式
    差异分析是基础数据分析手段,在进行样本间差异比较的时候经常被用到。所以无论是中文核心期刊还是SCI论文,常常需要绘制差异分析柱形图。

    显著性标记柱形图是在差异分析柱形图的基础上添加显著性标识,可以直观的呈现不同样本间的差异关系和差异显著性。在不同品种的表型差异分析或样本间基因表达量统计中均被经常使用。


    图形由柱形图、误差线和显著性标识三部分组成。柱形图表示样本的表型或表达量数值;误差线代表每个样本存在的潜在误差;显著性标识代表样本间差异的显著程度(图1)。


    图1 差异分析柱形图

    在日常的实验中,我们会获得大量样本的表型或表达量数据,如果用Excel一个一个进行t检验然后P上显著性标识,既繁琐又耗时,并且还有可能一次性需要输出多张图,如果不会使用R语言就很难操作了。一想到进行一个差异分析都这么麻烦,还不得不做,就感觉头秃。


    不过没关系,Omicshare Tools可以帮你“一分钟”实现差异分析并在柱形图上添加显著线。一起来看一下如何操作吧。

    操作步骤

    1.进入工具


      
    图2 显著性标记柱形图工具图标

    差异分析工具分为两种,两组数据之间差异分析进入“显著性标记柱形图(两组)”;多组数据间两两进行差异分析进入“显著性标记柱形图(多组)”。


    工具地址:
    https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/2_groups_sig

    点击以上链接,登录Omicshare云平台→“我的软件”→搜索“显著性标记柱形图”

    2.输入文件

    点击图标进入后跳转至操作界面。界面包含“数据输入”与“调整参数”两部分,其中需要输入的两个文件为txt格式,可以用excel表另存为txt格式。



    图3 输入文件页面

    输入两组数据:


    输入的表格为差异检验表,第一列是不同样本的名称,之后每一行为该样本每个重复的数据,输入的样本为两组。但是要注意的是,每次至少要输入三次重复。


    A
    288.93
    276.81
    527.85
    ……
    B
    924.31
    746.8
    651.47
    ……
    图4 输入两组数据的表格

    输入多组数据:


    与输入两组数据的格式相同,不同的是每次输入的多组样本。


    A
    288.93
    276.81
    527.85
    ......
    B
    924.31
    746.8
    651.47
    ......
    C
    321.4
    351.64
    388.41
    ......
    图5 输入多组数据的表格

    3.参数调整

    通过参数调整可以对输出图形做简单修改:


    统计检验方法选择:可以选择T检验或wilcoxon秩和检验。输入图片的标题。输入x轴和y轴的标题。需要注意的是,每个标题必须是英文,要不然无法显示。



    图6 作图相关参数

    4.输出结果

    在Omicshare云平台提交任务后会输出结果压缩包,包含结果表格与柱形图两个部分内容。

    结果表格

    表头从左到右表示比较组、P值、显著性和分析方法。*代表显著性,ns代表组间无差异。

    compare
    p.format
    p.signif
    method
    A-vs-B
    0.023
    *
    T-test
    图7 两组差异分析结果表格

    compare
    p.format
    p.signif
    method
    A-vs-B
    0.023
    *
    T-test
    A-vs-C
    0.722
    ns
    T-test
    B-vs-C
    0.025
    *
    T-test
    图8 多组差异分析结果表格

    输出图形

    图9 显著性标识柱形图(两组)


    图10 显著性标识柱形图(多组)

    图形解读:横坐标为两个比较组名称,纵坐标为比较组数据的平均值。*代表显著性,*代表p值小于0.05.**代表p值小于0.01,***代表p值小于0.001,以此类推。


    Omicshare Tools 包含78个实用的小工具,一键操作,可以帮您快速、便捷的进行图形绘制和数据分析,会员还免费呢,快来Omicshare试试呀!


    参考文献



    [1] Ting Z , Pengbo X , Wenxiu W , et al. Arabidopsis G-Protein βSubunit AGB1 Interacts with BES1 to Regulate Brassinosteroid Signaling and CellElongation[J]. Frontiers in Plant Science, 2018, 8:2225.

    [2] 代资举, 王新涛, 杨青, et al. 玉米雄穗分枝数主效QTL定位及qTBN5近等基因系构建[J]. 作物学报, 2018,v.44(08):27-35.


    本文作者:基迪奥-小张张


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    发表于 2019.10.23 17:12:12 | 显示全部楼层
    这个好,方便
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    发表于 2019.10.23 20:49:29 | 显示全部楼层
    很不错
    lalalala!
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    no
    2020.4.30 19:33
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    发表于 2019.10.25 11:22:30 | 显示全部楼层
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    地方都是不合适的规划
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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.10.25 15:40:18 | 显示全部楼层
    方便啊!学习了
    谢谢
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