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Cell Ranger软件升级至3.1版本

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    发表于 2019.8.16 10:02:38 | 显示全部楼层 |阅读模式

    10x Genomics公司对于每种产品的应用都提供了相应的分析软件。其中,用于单细胞RNA测序相关解决方案中包含了重要的一环——数据分析软件Cell Ranger。它由一系列分析pipeline组成,用于处理原始数据,使用简便,可以比对序列、过滤、计数UMI、生成feature-barcode矩阵,并开展聚类和基因差异表达分析等。此外,Cell Ranger还能够合并多个实验的输出结果,归一化到相同的测序深度,并重新分析合并后的数据。目前Cell Ranger软件刚刚升级到3.1版本,在性能、算法等各个表现上均有明显提升。

    Cell Ranger 3.1应用于基因表达和Feature Barcoding分析方面的主要改变包括:支持Feature Barcoding独立分析 — 现在只需有抗体捕捉文库就可运行cellranger count命令,此前必须依赖至少做了一个GEX或VDJ文库才能运行。现在仅根据抗体的计数就可以进行cell calling,所有的二级分析(PCA,t-SNE,UMAP,聚类)同样可仅基于抗体的计数矩阵得以实现;新增了UMAP数据集降维投影 — 除了t-SNE投影外,通过cellranger count还可生成当前越来越流行使用的UMAP投影,结果包括CSV文件和可在Loupe Cell Browser软件中显示的数据。

    UMAP投影的参数同样可使用cellranger reanalyze进行修改和重新分析;新的Web Summary外观 — 使用了新的字体和一些美观上的提升,以与其他10x产品的风格相匹配。Cell Ranger 3.1应用于V(D)J分析方面的主要改变包括:序列组装、注释、cell calling的算法以及参考序列均发生改动;序列组装算法的改变使得用更少的测序数据也能达到同样的检测灵敏度,推荐的测序策略由之前的150bp x 150bp变为26bp x 91bp,同时每个细胞的测序量仍为5000 read pairs。

    由此V(D)J、基因表达和Feature Barcoding文库可同时测序,简化流程;过去150bp x 150bp的测序策略仍然适用。特别对于只运行V(D)J数据的用户,考虑到性价比,在150bp x 150bp测序策略下,推荐每个细胞的测序量为2000 read pairs;软件改动之后的效果因样本而异,某些情况下用新软件重新分析可显著提高有效成对V(D)J (productive pairs)的数目;Contig注释方面有了提升,包括更加准确的CDR3区域检测,更严格的全长要求,以及要求V基因段以起始密码子开头。这对人和小鼠以外参考序列不完整的物种的注释有影响;当3个或3个以上contig都为同一链类型时则不再输出为productive pairs,此情况下GEM中可能包含2个或更多细胞。

    此外,由于游离mRNA的存在导致GEM被误判为含有真实克隆的可能性也将减小。这些均会降低被报道出来的productive pairs数量(通常只是一小部分),但结果更加准确;之前由于各种原因未被检出的新克隆,包括因为J基因区段较高体细胞突变而未能比对成功的克隆,现在可被成功检出;由于cell calling算法的改变,用于计算Cells With Productive V-J Spanning Pair参数的分母可能也随之发生了改变。因此Cell Ranger 3.0和3.1之间的性能差异可以通过Number of Cells With Productive V-J Spanning Pair参数来进行评估;Cell Ranger 3.1分析VDJ数据的运行速度显著提升。 鉴于以上诸多改善,我们建议用户尽可能使用最新的Cell Ranger 3.1来重新分析现有数据。

    更多版本更新信息请点击这里

    文章转自微信公众号:10X Genomics

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    发表于 2019.12.4 07:27:50 | 显示全部楼层
    好棒,好棒,优秀~~~
    好好学习
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  • TA的每日心情
    yes!
    2020.1.7 16:33
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    发表于 2019.12.25 08:41:48 | 显示全部楼层
    棒棒的
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