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[转录组] 植物10X单细胞转录组,又一高分文章利器

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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.8.13 09:19:04 | 显示全部楼层 |阅读模式
    经常关注我们公众号的老师可能了解,基迪奥生物公众号今年3月份的时候介绍过一篇发表在Plant Physiology上的拟南芥高通量单细胞转录组(scRNA)研究文章,这是第一篇将10x Genomics scRNA测序应用在植物中的发表文献(详情戳这里)。

    目前,植物单细胞测序依然是新兴的研究方向,依然能满足您抢占相关领域的研究高地、获得更好的文章产出的需求。有这个需求的老师,基迪奥最新的植物10x 单细胞转录组测序技术非常适合您。

    产品介绍

    单细胞转录组测序是在单个细胞水平进行mRNA定量的技术,可以揭示复杂细胞群体的异质性,揭露单个细胞的基因表达信息。植物10X Genomics 单细胞转录组测序,通过酶解细胞壁释放植物的原生质体,利用Barcode序列标记单个细胞,从而单次可以检测至少数千个原生质体的基因表达信息。

    基于这些数据,我们可以绘制植物组织的单细胞基因表达图谱,解析植物组织的细胞亚型差异,推测不同细胞亚型间的分化过程。

    分析步骤



    研究难点


    1,细胞中不同细胞类型细胞壁厚薄不均,酶解条件不易协调。
    2,细胞异质性低、实验处理后细胞基因表达信息浮动大导致植物10X单细胞需要高度个性化分析。

    基迪奥优势


    现在单细胞测序有多火就不用多说了,在各个研究领域都有单细胞忙碌的身影。目前,植物单细胞测序依然是新兴的研究方向,已发表的文章数量还较少。



    如果尽快启动,依然可以抢占相关领域的研究高地,获得较好的文章产出。还没搭上10x单细胞这趟早班车的抓紧时间啦~

    应用案例解析

    1拟南芥根尖发育的基因调控网络


    文章主要研究拟南芥根尖生毛细胞发育的时空轨迹,构建基因调控网络。研究利用10X 单细胞测序分析拟南芥根尖原生质体,获得了4727个细胞的转录本,并分为15个亚群,从中鉴定了8个细胞类型。 针对表皮细胞(cluster5、7)和生毛细胞(cluster10)进行细胞分化轨迹分析,揭示了相关细胞群体以cluster7为起点,经历cluster5向cluster10分化的分化时间轨迹。这三个亚群的基因表达也呈现有近分生组织向成熟组织的动态变化特征,并从中筛选出230个相关转录因子(图1B,C),以此建立了生毛细胞发育的基因调控网络(图1D)。



    2拟南芥高温胁迫应激分子机制

    文章借助细胞图谱和样品间的差异基因分析,探索拟南芥应对高温胁迫(42℃)的分子机制。研究利用10X单细胞测序技术对拟南芥全根的原生质体进行分析,获得了1076个正常拟南芥细胞和1009个高温胁迫拟南芥细胞的转录组信息。

    经过细胞亚群水平的差异表达基因分析(定制化差异分析),共获得2627个对高温胁迫产生应答的差异基因(log2FC > 1),这些差异基因集中在根毛细胞、无根毛表皮细胞和皮层细胞。



    Tips:对植物10x单细胞转录组测序感兴趣的老师和同学可留言咨询,基迪奥生物有丰富的项目经验,提供专业的解决方案和一对一的个性化分析服务,技术团队会携带仪器上门服务!

    参考文献:
    1.Denyer T., Ma X., Klesen S., et al. Spatiotemporal Developmental Trajectories in the Arabidopsis Root Revealed Using High—Throughput Single—Cell RNA Sequencing. Dev. Cell, 2019, 48(6):840-852 2.Jean—Baptiste K., McFaline—Figueroa J. L, Alexandre C. M., et il. Dynamics of Gene Expression in Single Root Cells of Arabidopsis thaliana. Plant Cell ,2019, 31(5):993-1011




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    中华鲟

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    发表于 2019.8.13 15:21:40 | 显示全部楼层
    我的意中人是一个盖世英雄,有一天他会踩着七彩祥云来娶我……
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