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[转录组] 单细胞测序6月发表文献汇总(内含资源)

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    发表于 2019.7.4 15:20:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
    本文转载自:GCBI知识库,本文的所有文献见文末。

    单细胞研究如火如荼,必不可少的就是看文献。小编给大家整理了各大期刊六月发表的单细胞研究相关文献,希望能给大家带来灵感。

    以下文章按照影响因子从高到低进行排列:

    1
    IF:43

    文章标题:Cellular crosstalk in the development and regeneration of the respiratory system
    发表期刊:NAT Rev Mol cell Biol
    影响因子:43.351
    PMID:31217577
    发表时间:2019 Jun 19


    摘要:呼吸系统(包括周围肺、大气道和气管)是陆地生命的最近适应进化之一。为了支持呼吸气体的交换,呼吸系统和心血管系统是相互联系的,而这种相互联系本质上需要多种细胞类型之间的复杂相互作用。
    直到最近,这种复杂性已经阻碍了我们理解呼吸系统如何发展并适应产后伤害以维持动态平衡。新的单细胞测序技术的出现、细胞和组织成像技术的发展以及细胞谱系追踪技术的进步已经开始填补这一空白。从这些研究中得出的观点是:呼吸系统的细胞和功能异质性甚至大于预期,且具有高度的适应性。
    在这篇综述中,作者探索了协调呼吸系统发育和再生的细胞串扰,讨论了经典的细胞与发育生物学研究和最近的单细胞分析,以提供一个完整的理解:cellular niches如何控制呼吸系统的发展,与外部环境相互作用,并对伤害作出反应。


    2
    IF:43

    文章标题:Individual brain organoids reproducibly form cell diversity of the human cerebral cortex
    发表期刊:Nature
    影响因子:43.07
    PMID:31168097
    发表时间:2019 Jun 05

    摘要:为了对人脑的发展和疾病有基本的了解,需要建立人脑的实验模型。人脑的类器官(organoids)在这方面有着前所未有的希望;然而,其却被类器官-类器官的高度变异所困扰。这使得人们怀疑人类大脑的发育过程是否可以在胚胎发生的背景之外发生,其可重复性程度与内源性组织相当。作者在文中证明,前脑背侧的类器官模型能够可靠地生成丰富的适合人类大脑皮层的细胞类型。作者对从21个单个类器官中分离出来的166,242个细胞进行了单细胞RNA测序(scRNA–seq)分析,发现95%的类器官产生了几乎无法区分的细胞类型简编,遵循着类似的发育轨迹,具有与个体内源性大脑相似程度的类器官-类器官的可变性。此外,来源于不同干细胞系的类器官在所产生的细胞类型中表现出一致的重复性。这些数据表明,中枢神经系统复杂细胞多样性的可重复发展不需要胚胎的背景,并且终末细胞身份的建立是一个高度受限的过程,可以从不同的干细胞起源和生长环境中产生。

    3
    IF:41
    文章标题:Obesity remodels activity and transcriptional state of a lateral hypothalamic brake on feeding
    发表期刊:Science
    影响因子:41.037
    PMID:31249056
    发表时间:2019 Jun 28

    摘要:当前的肥胖流行是全球主要关注的健康问题。尽管人们一致认为大脑调节能量稳态,但控制肥胖的神经适应机制尚不清楚。采用高通量单细胞RNA测序和纵向体内双分子钙成像相结合的方法,作者观察了肥胖小鼠模型中下丘脑外侧区(LHA)的功能变化。LHA是一个高度保守的大脑区域,负责调节饮食。LHA谷氨酸能神经元的转录谱受肥胖影响,表现出神经元活动的改变。在整个肥胖过程中跟踪个体LHA谷氨酸能神经元的编码特性,发现出现大大减弱的奖赏反应。这些数据表明,饮食如何扰乱内源性进食抑制系统的功能,从而促进过量进食和肥胖。

    4
    IF:26

    文章标题:Cross-species single-cell analysis of pancreatic ductal adenocarcinoma reveals antigen-presenting cancer-associated fibroblasts
    发表期刊:Cancer Discov
    影响因子:26.37
    PMID:31197017
    发表时间:2019 Jun 13


    摘要:癌症相关的成纤维细胞(CAFs)是胰腺导管腺癌(PDAC)进展和耐药的主要因素。作者通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)将CAFs分为三个不同的亚群(myCAFs、iCAFs、apCAFs),确定每个亚群的特定功能和特征。文中证实了肌纤维母细胞CAFs(myCAFs)和炎症性CAFs(iCAFs)的存在,并定义了它们在体内的独特基因特征。此外,作者还描述了一种表达MHCⅡ类基因和CD 74基因、但不表达经典的共刺激分子的新的CAFs。作者将此细胞群命名为抗原呈递CAFs(apCAFs),并发现在模型系统中以抗原特异性方式激活CD4 + T细胞,证实了它们被推测的免疫调节能力。总之,作者的跨物种分析为研究PDAC免疫和进展中CAF亚型的不同功能铺平了道路。

    5
    IF:23

    文章标题:The immune cell landscape in kidneys of patients with lupus nephritis
    发表期刊:Nat Immunol
    影响因子:23.53
    PMID:31209404
    发表时间:2019 Jun 17


    摘要:狼疮性肾炎是一种潜在致命的自身免疫性疾病,目前的治疗不仅无效,且往往有毒。为了建立疾病的机制假说,作者对狼疮性肾炎患者和健康对照受试者的肾脏样本进行了单细胞RNA测序分析(scRNA-seq),揭示了21个活跃在疾病中的白细胞亚群。我们发现B细胞局部活化与年龄相关的B细胞特征有关的证据和肾脏内单核细胞分化进展阶段的证据。
    在大多数细胞中观察到明显的干扰素应答。两种趋化因子受体CXCR 4和CX3CR1被广泛表达,暗示了其在细胞贩运中可能起到重要作用。尿液和肾脏免疫细胞的基因表达高度相关,这表明尿液可能成为肾活检的替代品。

    6
    IF:23

    文章标题:Transcriptional dynamics of pluripotent stem cell-derived endothelial cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing
    发表期刊:Eur Heart J
    影响因子:23.239
    PMID:31242503
    发表时间:2019 Jun 26


    摘要:多能干细胞衍生内皮细胞产物对缺血性血管疾病具有治疗潜力。然而,促使内皮细胞从多能分化和细胞规格分化的因素在很大程度上尚不清楚。本研究的目的是利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)来描绘人类胚胎干细胞衍生内皮细胞(hESC-EC)定向分化的转录状况和细胞动力学,并将这些细胞与来自不同血管床的成熟内皮细胞进行比较。
    作者采用一种高效的定向8天分化方案产生hESC衍生的内皮细胞产物(hESC-ECP),其中66%的细胞共同表达CD31和CD144。作者分别在第0天和第4天观察到了大量均一的hESC和中胚层群体,随后快速出现了明显的内皮细胞和间充质细胞。伪时间轨迹识别了内皮细胞分化过程中内皮细胞定型和成熟的转录特征。使用第二株hESC细胞系RC11和另一种hESC-EC分化方案,通过scRNA-seq分析证实了转录信号的一致性。共有105,727个细胞进行了scRNA-seq分析。全局转录组比较揭示了hESC-EC的转录结构,其不同于新鲜分离、培养的人内皮细胞和器官特异性内皮细胞。
    作者确定了血管细胞和间充质细胞的转录分叉,以及支持定型和成熟的新的转录特征。hESC-ECP的转录结构不同于成熟人EC和胎儿EC。

    7
    IF:23

    文章标题:Single Cell Analysis of the Normal Mouse Aorta Reveals Functionally Distinct Endothelial Cell Populations
    发表期刊:Circulation
    影响因子:23.054
    PMID:31146585
    发表时间:2019 May 31


    摘要:形成动脉壁的细胞会导致多种血管疾病,而这些细胞群的细胞异质性程度尚未得到充分的表征。单细胞RNA测序的最新进展使得识别和表征细胞亚群成为可能。本文验证了一种在正常血管中生成基于液滴的基因表达单细胞图谱的方法,通过酶解四只完整的小鼠主动脉后,对10,000多个细胞进行单细胞测序。通过对主动脉细胞基因表达的聚类分析,确定了代表每一种主要动脉细胞类型的10个细胞亚群:成纤维细胞、血管平滑肌细胞(VSMCs)、内皮细胞(ECs)和免疫细胞(包括单核细胞、巨噬细胞和淋巴细胞)。最显著的细胞异质性出现在3种不同的EC群体中。对这些EC亚群的基因集进行富集分析发现了1个淋巴管EC簇和另外2个更专门进行脂蛋白处理、血管生成和细胞外基质生成的细胞群。这些亚群在对西式饮食的反应中持续存在并表现出类似的基因表达变化。Vcam1和Cd36的免疫荧光证实了整个主动脉EC亚群的区域异质性。作者提出了主动脉中所有细胞的综合单细胞图谱。与传统方法相比,作者通过整合每个细胞1,900多个基因的表达,更好地描述了细胞的异质性。


    8
    IF:22

    文章标题:Single-Cell RNA Sequencing of the T Helper Cell Response to House Dust Mites Defines a Distinct Gene Expression Signature in Airway Th2 Cells
    发表期刊:Immunity
    影响因子:21.522
    PMID:31231035
    发表时间:2019 Jun 14

    摘要:初始CD4+T细胞分化为功能多样的T辅助(Th)细胞亚群。Th2细胞在哮喘中起着致病作用,但缺乏对其转录谱清晰的描述。作者对过敏性气道疾病的房尘螨(HDM)模型中的淋巴结,肺和气道的T辅助细胞进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)。scRNA-seq解析了初始CD4 +T,Th1,Th2,调节性T(Treg)细胞和CD4+T细胞群对I型干扰素的应答。Cd200r1, Il6, Plac8, Igfbp7等基因在气道中的Th2细胞富集转录,它们的mRNA表达谱得到染色质可及性分析和流式细胞仪分析结果的支持。与脂代谢相关的通路在Th2细胞中得到富集,糖和脂代谢的作用得到关键代谢通路抑制剂的实验支持。


    9
    IF:21

    文章标题:Sensory lesioning induces microglial synapse elimination via ADAM10 and fractalkine signaling.
    发表期刊:Nat Neurosci
    影响因子:21.126
    PMID:31209379
    发表时间:2019 Jun 17


    摘要:小胶质细胞可迅速响应神经活动和炎症的变化来调节突触连接。细胞外信号,特别是神经元衍生分子,在突触中驱动这些小胶质细胞的功能仍然是一个关键的开放性问题。作者在文中表示已知抑制皮质活动的晶须损伤诱导小胶质细胞介导的突触消除。这种突触消除依赖于小胶质细胞的受体Cx3cr1−/−的信号传递,而不依赖补体受体3。此外,缺乏Cx3cl1的小鼠在消除突触方面存在严重缺陷。单细胞RNA测序(scRNA-seq)显示Cx3cl1来自皮质神经元,ADAM10是一种将CX3CL1切割成分泌形式的金属蛋白酶,在晶须损伤后特异性地在IV层神经元和小胶质细胞中上调。最后,ADAM 10抑制Cx3cr1−/−和Cx3cl1−/−突触消除缺陷。这些结果共同确定了大脑皮层突触重塑所必需的神经元-小胶质细胞信号,并揭示了利用背景依赖性免疫机制来重塑哺乳动物大脑中的突触。

    以上就是本期的文献盘点,你们有什么看了之后有什么想法,欢迎留言讨论!

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