查看: 10936|回复: 39

[R语言] R语言主题月第四次任务,晒图拿奥币

  [复制链接]
回帖奖励 44 奥币 回复本帖可获得 2 奥币奖励! 每人限 1 次

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
392
注册时间
2018.4.19
在线时间
896 小时

推广达人宣传达人


发表于 2019.6.24 19:30:12 | 显示全部楼层 |阅读模式
六月即将结束了,R语言主题月开始至今已发布了三次任务,参与人次60+。今天omicshare论坛发布第4个任务,也是R语言主题月最后一次任务啦。



如果一直是发任务,做题,未免有点枯燥。这一周,咱们来玩点不一样的,只要你发现哪些用R语言绘制的,有趣的,好看的图,都可以拿来分享。比如:


或者

参与方式:

1,顶帖回复
如果你想看到更多有趣好玩的图表,那么赶紧将这个帖子顶起来让更多人看到。

2、发图
将你看过或者自己画过的图表回帖贴上来,能将代码或者数据都贴上来更佳。
如果有自己想画,但是又不知道如何画的图,也可以发上来,论坛里卧虎藏龙,说不定哪个大佬就直接将代码发给你了。

3、 投票
遇到喜欢的图片,可以在帖子下方点击支持投票



Tips
1)  凡是分享图片出来的网友都将获得15个奥币的奖励,如果有代码和数据练习,或者说明图表的用法与意义,再加15奥币。
2)  每个用户可以分享多张图表

最佳人气奖:另外,我们将单独决出一个最佳人气奖,获得最多支持的图表将获得此殊荣,并奖励30奥币!

本次任务奖励将在7月2日发放。

本次任务的奖励已经发布:R语言主题月任务奖励发放

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
4
注册时间
2019.4.14
在线时间
70 小时

热心会员活跃会员


发表于 2019.6.24 21:50:14 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

坐看各路大神秀图!
回复 支持 反对

使用道具 举报

中华鲟

Rank: 5Rank: 5

主题
13
注册时间
2018.1.3
在线时间
254 小时

热心会员活跃会员


发表于 2019.6.25 09:13:07 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

哎呀,来早了
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
392
注册时间
2018.4.19
在线时间
896 小时

推广达人宣传达人


 楼主| 发表于 2019.6.25 09:24:48 | 显示全部楼层

刚刚好
回复 支持 反对

使用道具 举报

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
392
注册时间
2018.4.19
在线时间
896 小时

推广达人宣传达人


 楼主| 发表于 2019.6.25 09:25:02 | 显示全部楼层
jxduanweiwang 发表于 2019.6.24 21:50
坐看各路大神秀图!

坐等
回复 支持 反对

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
12
注册时间
2019.1.28
在线时间
13 小时

热心会员活跃会员


发表于 2019.6.25 10:18:44 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

哇,期待期待
回复 支持 反对

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
5
注册时间
2017.3.29
在线时间
54 小时

热心会员活跃会员


发表于 2019.6.25 10:54:29 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

等着各位大佬出图,
哈哈
回复 支持 反对

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
10
注册时间
2016.12.22
在线时间
256 小时

发表于 2019.6.26 08:56:21 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

简单实用的相关性图,附加代码如下:
rm(list=ls()) ## 清除当前环境变量
resdata <- read.csv(file.choose(),header = T , sep = "\t") ## 导入数据PP_data_diffexpr_padj_results
subset(resdata,padj < 0.001 & abs(resdata$log2FoldChange) >= 2) -> diff_gene ## 筛选出差异基因
diff_gene[,8:ncol(diff_gene)] -> heatmap_data ## 提取counts value所在列
## ncol(diff_gene) ## 表示该数据有多少列
rownames(heatmap_data) <- as.array(diff_gene[,1]) ## 添加行名
as.matrix(heatmap_data) -> x  ## 转换数据格式

library(pheatmap)  # 加载包 如果未安装先install.packages("pheatmap")
pheatmap(x,scale="row",cellwidth=40,cellheight=0.1, ## 设置热图每个格子的宽高
         cluster_col = F,cluster_row= F, ## 按行还是按列聚类,一般按行,即基因
         main="The PP_data diff_gene heatmap ", (标题)
         fontsize=5,treeheight_row = 2,show_rownames= F, ## 是否显示行名(基因名)
         cutree_row=1,display_numbers = FALSE, ## 是否显示数值
         color = colorRampPalette(c("green","white","red"))(100), ## 设置颜色
         clustering_distance_rows = "correlation", #filename="out.pdf"


## 相关系数图
## 还是用上面的resdata数据
install.packages("corrplot")
library(corrplot)
resdata[,8:ncol(diff_gene)] -> heatmap_data  ## 提取WT以及osdrm2 counts value所在的列
cor(heatmap_data) -> cor_data ## 计算相关系数值
corrplot(cor_data,type = "upper") ## 绘制相关系数图

## counts散点图(也可以用来看相关性)
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
ggplot(resdata,aes(x= resdata$WT_1,y=resdata$WT_2)) +
  geom_point() + xlim(0,80000) + ylim(0,80000) +
  geom_abline() + theme_bw() +
  xlab("WT_1") +ylab("WT_2") +
  theme(panel.border = element_blank(),panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),axis.line = element_line(colour = "black"))

ggplot(resdata,aes(x= resdata$DRM2_1,y=resdata$DRN2_2)) +
  geom_point() + xlim(0,80000) + ylim(0,80000) +
  geom_abline() + theme_bw() +
  xlab("DRM2_1") + ylab("DRM2_2") +
  theme(panel.border = element_blank(),panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),axis.line = element_line(colour = "black"))

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
天气不错
回复 支持 8 反对 0

使用道具 举报

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
392
注册时间
2018.4.19
在线时间
896 小时

推广达人宣传达人


 楼主| 发表于 2019.6.26 09:11:21 | 显示全部楼层
西厢老妖 发表于 2019.6.26 08:56
简单实用的相关性图,附加代码如下:
rm(list=ls()) ## 清除当前环境变量
resdata = 2) -> diff_gene ## 筛 ...

这个好棒,点赞!
回复 支持 反对

使用道具 举报

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
13
注册时间
2015.10.28
在线时间
557 小时

论坛元老热心会员


发表于 2019.6.26 10:56:06 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

哈哈,顶一下
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

中华鲟

Rank: 5Rank: 5

主题
46
注册时间
2018.7.19
在线时间
57 小时

热心会员活跃会员


发表于 2019.6.26 14:48:43 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

本帖最后由 胖虎 于 2019.6.26 14:50 编辑


本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复 支持 反对

使用道具 举报

中华鲟

Rank: 5Rank: 5

主题
46
注册时间
2018.7.19
在线时间
57 小时

热心会员活跃会员


发表于 2019.6.26 14:52:13 | 显示全部楼层

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复 支持 3 反对 0

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
3
注册时间
2016.5.3
在线时间
56 小时

发表于 2019.6.26 14:57:03 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

发图的都是牛人
搞不定啊
回复 支持 反对

使用道具 举报

草履虫

Rank: 2

主题
0
注册时间
2019.6.6
在线时间
6 小时

发表于 2019.6.27 08:34:26 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

坐等美图
回复

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
33
注册时间
2018.7.12
在线时间
41 小时

热心会员活跃会员


发表于 2019.6.27 10:22:35 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币


南丁格尔玫瑰图

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复 支持 反对

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
0
注册时间
2016.10.20
在线时间
12 小时

发表于 2019.6.27 14:00:29 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

install.packages("GGally")
library(GGally)
nba <- read.csv("http://datasets.flowingdata.com/ppg2008.csv")

ggcorr(nba[, -1])

ggcorr(nba[, -1],  geom = "circle",  max_size = 6,
  size = 3,  hjust = 0.75,  angle = -45,  palette = "PuOr" )

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复 支持 3 反对 0

使用道具 举报

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
392
注册时间
2018.4.19
在线时间
896 小时

推广达人宣传达人


 楼主| 发表于 2019.6.27 14:38:04 | 显示全部楼层
nevernever107 发表于 2019.6.27 14:00
install.packages("GGally")
library(GGally)
nba

漂亮
回复 支持 反对

使用道具 举报

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
392
注册时间
2018.4.19
在线时间
896 小时

推广达人宣传达人


 楼主| 发表于 2019.6.27 14:38:30 | 显示全部楼层
琐事 发表于 2019.6.27 10:22
南丁格尔玫瑰图

点赞
回复 支持 反对

使用道具 举报

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
392
注册时间
2018.4.19
在线时间
896 小时

推广达人宣传达人


 楼主| 发表于 2019.6.27 14:39:13 | 显示全部楼层

这两个也很好看,能说明一下就更好了
回复 支持 反对

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
1
注册时间
2019.6.24
在线时间
24 小时

发表于 2019.6.27 19:14:28 | 显示全部楼层

回帖奖励 +2 奥币

期待。。。
新的一天加油!
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

快速回复 返回顶部 返回列表