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[软件使用] 基因组拼接指标的圈圈

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  • TA的每日心情

    2018.3.13 14:50
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    发表于 2019.5.18 22:07:54 | 显示全部楼层 |阅读模式

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    本帖最后由 雷神之锤哦 于 2019.5.19 23:09 编辑

    本帖旨在告诉大家如何优雅的画出基因组拼接后,各项指标的示意图。




    举个例子:


          觉得,是不是有点炫?跟通常在基因组文章里见到的不同,这样可视化要比,
    列表基因组拼接各项指标要清楚的多。
           有的同学是不是会问,这个图我看不懂哇。其实也没有那么复杂,四个角落里
    英文写的很明白。中间那个圈圈其实也很容易懂,整个圈圈代表整个基因组,实质
    是序列从长到短排列起来(灰色线)。红色扇形代表的区域,是最长scaffold的长度,
    扇形所对应的弧度及刻度,对应着整个基因组的占比。橘色区域终止的地方,展示N50
    也就是圈圈180度时,对应的scaffold长度。至于N90吗,一样的道理。
           蓝色区域也很简单,就是GC含量啦。
           这个图怎么搞,和从哪里挖到的。明天再讲。


           大家可以看看以下网址:http://lepbase.org/ (鳞翅类基因组数据库)。

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  • TA的每日心情
    忙~
    2018.5.15 08:35
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    发表于 2019.5.18 23:11:17 | 显示全部楼层
    看起来不错
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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.5.19 15:40:49 | 显示全部楼层
    怎么还学会卖关子了?
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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.5.19 15:42:55 | 显示全部楼层
    怎么还学会卖关子了?
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  • TA的每日心情
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    发表于 2019.5.19 19:45:34 | 显示全部楼层
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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.5.21 14:45:39 | 显示全部楼层
    嗯,期待更新~
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  • TA的每日心情
    害羞
    2020.2.29 20:59
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    [LV.9]以坛为家II

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    发表于 2019.5.27 20:31:28 | 显示全部楼层
    然后,就没有然后了
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