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[转录组] 常用数据库基因ID格式整理

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  • TA的每日心情

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    发表于 2019.5.9 09:20:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
    在之前的《推荐一款好用的基因ID转换工具》一文为大家介绍了如何用BioMart进行gene ID 的转换,基因的 ID类型有上百种,今天为大家整理了几种必须要认识的数据库ID类型。

    gene ID (NCBI)

    Gene ID 也称Entrez ID,EntrezGene ID 全为数字,比如.gene ID 为1时对应人的A1BG基因。Entrez id 相对稳定,gene ID列表可拿来做GO、KO富集分析。


    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/search/

    点基因名,进入详情页面,可看到其他数据库相应的信比如Ensemble id,HGNC提供的基因名字(Official Symbol)等。


    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

    RefSeq ID (NCBI)

    NCBI的RefSeq数据库id,一般是两个大写首字母,加下划线,后面接数字。两个首字母如 ”NC_”、”NM_”、”NP_”分别对应DNA、mRNA、Protein。


    Gene Bank accession Number (NCBI)

    目前基本上与RefSeq ID一致,如下。


    Gene Symbol (EBI)

    Gene Symbol ,HOGN数据库为gene提供的官方命名,由大写字母和数字组成,一般为全名的缩写,如alpha-1-Bglycoprotein对应的Gene Symbol 为A1BG。

    https://www.genenames.org/

    Ensembl ID (EBI)

    BioMart中为Ensemblstable id,结构是”物种前缀+序列类型+数字“。在 Ensembl ID 后面有”小数”的为版本号,如这里的ENSG00000121410.11,注意千万记得不要用版本号去做在线的富集分析!
    常见的物种前缀:“ENS“表示Homo sapiens (Human),”ENSMUS“表示Mus musculus (Mouse),”ENSDAR“表示Danio rerio (Zebrafish);而常见的序列类型用G、P、T、分别表示gene、protein和transcript。



    UniProt ID (EBI)

    Entry ID比如下图的P04217较为少用,较常用的是Entry name。


    Entry name,是由“GeneSymbol+物种“构成,可直接用来做蛋白结构域注释。


    PDB ID

    为蛋白3D结构数据库的id,如下图,每个id对应一种模型。

    http://www.rcsb.org/structure/6M7X

    UCSC ID

    为UCSC数据库的基因id,一般以“uc“开头,还是比较容易识别的,如下。

    http://genome.cse.ucsc.edu/


    GO ID

    每个GO term 唯一的id,由“GO:”和7位数字组成,如GO:0005576。GO terms之间还有“层级关系”,比如下图中为GO:0005576的一些子terms。

    https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/term/GO:0005576


    KO ID


    KEGG Orthology数据库为每个gene指配一个KO id(K number),常见由“K”和5个数字组成,如K09864。


    这里需要注意K号与Pathway id的区别,在使用OmicShare KEGG富集分析工具时,如果自己准备KEGG富集分析的背景文件,建议使用K号。

    本文作者:基迪奥莫北

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    发表于 2019.5.9 16:22:08 | 显示全部楼层
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    发表于 2019.6.2 22:05:34 | 显示全部楼层
    感谢,之前有好多不懂的,看到此篇,顿悟啊
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