推荐一个蛋白结构域鉴定分析工具

基迪奥-李泽标 · 发表于 2019.2.27 09:32:07

今天为大家介绍一个预测蛋白结构域的数据库：SMART (Simple Modular Architecture Research Tool)，它是一个用于蛋白质结构域鉴定、注释的在线分析工具。

它的数据与UniProt、Ensembl和STRING数据库同步，且人工注释的蛋白结构域超过1300个。自从1997年发布的第一版以来，如今已过去20多年了，它仍然受欢迎。

工具网址：http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART 有两种模式： normal和genomic。二者主要的区别是底层使用的数据库的不同，前者是冗余的，而后者只使用完成基因组测序的蛋白组数据。

两种模式的颜色不同，而界面相似，通过单击相应模式可进行切换，比如进入genomic模式是这样的：

可以通过输入Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID（或ACC）或者蛋白序列查找蛋白的结构域。

点Sequence SMART按钮即可提交任务，数10秒后即可得到下图的预测结果，网页的结构图是交互式的，还可保存为svg格式的矢量图便于文章使用。

下面是预测到的结构域列表，包括上图中展示的和未展示的。

如果你有很多序列需要预测也可以进入SMART的批处理页面（如下图，点Sequence analysis板块的问号按钮会有链接），网址：http://smart.embl-heidelberg.de/smart/batch.pl
按照页面的要求准备Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID（或ACC）或者蛋白序列（fasta格式）即可，最多可提交10000条。

这里仅简单介绍，感兴趣的话就赶紧去尝试其他功能吧~

参考文献
Letunic, Ivica, and Peer Bork. "20years of the SMART protein domain annotation resource." Nucleic acidsresearch 46.D1 (2017): D493-D496.

本文作者：基迪奥莫北

platove · 发表于 2019.2.27 14:50:27

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Xia Hui · 发表于 2019.3.2 11:23:01

基迪奥-李泽标 · 发表于 2019.3.4 09:56:35

platove 发表于 2019.2.27 14:50
每天再来一赞

jiang_nan · 发表于 2019.3.5 09:12:45

很好的在线预测网站

jiang_nan · 发表于 2019.3.7 23:41:46

非常好用，再次表示感谢，

西瓜 · 发表于 2019.3.15 17:03:11

顶一个！

496071151 · 发表于 2019.3.15 17:32:48

顶一下

zhaoshiqi · 发表于 2019.3.15 21:28:21

smart，pfam， CDD

怦然心动2 · 发表于 2019.3.16 11:43:10

6666666666666

怦然心动2 · 发表于 2019.3.16 11:44:25

失误了.一口气

怦然心动2 · 发表于 2019.3.18 09:55:38

及应重新吧

496071151 · 发表于 2019.3.18 20:47:42

顶一个

一心 · 发表于 2019.3.20 10:58:54

谢谢分享

Wuii · 发表于 2019.3.21 15:29:12

我记得，序列也一样只能用数据库中已有的....

一心 · 发表于 2019.3.25 08:24:27

wakakaka · 发表于 2019.3.27 14:21:43

每天再来一赞

zhenzhen · 发表于 2019.7.25 09:54:40

很好，收了啦

Wuii · 发表于 2019.7.31 07:19:01

这个工具最大的问题是。批量分析只能做数据库中已经收录的序列，即使是提交的是多个序列。

daipengbo1988 · 发表于 2019.10.26 10:33:11

学习了

platove platove 当前离线禁止发言主题 30 注册时间 2016.1.8 在线时间 530 小时发消息	发表于 2019.2.27 14:50:27 \| 显示全部楼层提示: 作者被禁止或删除内容自动屏蔽
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