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推荐一个蛋白结构域鉴定分析工具

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基迪奥-李泽标
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    发表于 2019.2.27 09:32:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
    今天为大家介绍一个预测蛋白结构域的数据库：SMART (Simple Modular Architecture Research Tool)，它是一个用于蛋白质结构域鉴定、注释的在线分析工具。

    它的数据与UniProt、Ensembl和STRING数据库同步，且人工注释的蛋白结构域超过1300个。自从1997年发布的第一版以来，如今已过去20多年了，它仍然受欢迎。

      工具网址：http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART 有两种模式： normal和genomic。二者主要的区别是底层使用的数据库的不同，前者是冗余的，而后者只使用完成基因组测序的蛋白组数据。



    两种模式的颜色不同，而界面相似，通过单击相应模式可进行切换，比如进入genomic模式是这样的：



    可以通过输入Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID（或ACC）或者蛋白序列查找蛋白的结构域。



    点Sequence SMART按钮即可提交任务，数10秒后即可得到下图的预测结果，网页的结构图是交互式的，还可保存为svg格式的矢量图便于文章使用。



    下面是预测到的结构域列表，包括上图中展示的和未展示的。



    如果你有很多序列需要预测也可以进入SMART的批处理页面（如下图，点Sequence analysis板块的问号按钮会有链接），网址：http://smart.embl-heidelberg.de/smart/batch.pl
    按照页面的要求准备Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID（或ACC）或者蛋白序列（fasta格式）即可，最多可提交10000条。


    这里仅简单介绍，感兴趣的话就赶紧去尝试其他功能吧~


    参考文献
    Letunic, Ivica, and Peer Bork. "20years of the SMART protein domain annotation resource." Nucleic acidsresearch 46.D1 (2017): D493-D496.


    本文作者：基迪奥莫北

    结构域, 蛋白, 工具

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    platove
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    基迪奥-李泽标
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     楼主| 发表于 2019.3.4 09:56:35 | 显示全部楼层
    platove 发表于 2019.2.27 14:50
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    jiang_nan
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    发表于 2019.3.5 09:12:45 | 显示全部楼层
    很好的在线预测网站
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    jiang_nan
  • TA的每日心情
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    10 分钟前

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    发表于 2019.3.7 23:41:46 | 显示全部楼层
    非常好用，再次表示感谢，
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    smart，pfam， CDD
    搞不定啊
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    失误了.一口气
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    及应重新吧
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    一心
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    Wuii
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    发表于 2019.3.21 15:29:12 | 显示全部楼层
    我记得，序列也一样 只能用数据库中已有的....
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    一心
  • TA的每日心情
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    2 小时前

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    发表于 2019.7.25 09:54:40 | 显示全部楼层
    很好，收了啦
    快乐成长111
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    Wuii
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    发表于 2019.7.31 07:19:01 | 显示全部楼层
    这个工具最大的问题是。批量分析只能做 数据库中已经收录的序列，即使是提交的是多个序列。
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    daipengbo1988
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