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今天为大家介绍一个预测蛋白结构域的数据库:SMART (Simple Modular Architecture Research Tool),它是一个用于蛋白质结构域鉴定、注释的在线分析工具。
它的数据与UniProt、Ensembl和STRING数据库同步,且人工注释的蛋白结构域超过1300个。自从1997年发布的第一版以来,如今已过去20多年了,它仍然受欢迎。
工具网址:http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART 有两种模式: normal和genomic。二者主要的区别是底层使用的数据库的不同,前者是冗余的,而后者只使用完成基因组测序的蛋白组数据。
两种模式的颜色不同,而界面相似,通过单击相应模式可进行切换,比如进入genomic模式是这样的:
可以通过输入Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID(或ACC)或者蛋白序列查找蛋白的结构域。
点Sequence SMART按钮即可提交任务,数10秒后即可得到下图的预测结果,网页的结构图是交互式的,还可保存为svg格式的矢量图便于文章使用。
下面是预测到的结构域列表,包括上图中展示的和未展示的。
如果你有很多序列需要预测也可以进入SMART的批处理页面(如下图,点Sequence analysis板块的问号按钮会有链接),网址:http://smart.embl-heidelberg.de/smart/batch.pl
按照页面的要求准备Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID(或ACC)或者蛋白序列(fasta格式)即可,最多可提交10000条。
这里仅简单介绍,感兴趣的话就赶紧去尝试其他功能吧~
参考文献
Letunic, Ivica, and Peer Bork. "20years of the SMART protein domain annotation resource." Nucleic acidsresearch 46.D1 (2017): D493-D496.
本文作者:基迪奥莫北
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