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推荐一个蛋白结构域鉴定分析工具

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发表于 2019.2.27 09:32:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
今天为大家介绍一个预测蛋白结构域的数据库:SMART (Simple Modular Architecture Research Tool),它是一个用于蛋白质结构域鉴定、注释的在线分析工具。

它的数据与UniProt、Ensembl和STRING数据库同步,且人工注释的蛋白结构域超过1300个。自从1997年发布的第一版以来,如今已过去20多年了,它仍然受欢迎。

  工具网址:http://smart.embl-heidelberg.de/ SMART 有两种模式: normal和genomic。二者主要的区别是底层使用的数据库的不同,前者是冗余的,而后者只使用完成基因组测序的蛋白组数据。



两种模式的颜色不同,而界面相似,通过单击相应模式可进行切换,比如进入genomic模式是这样的:



可以通过输入Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID(或ACC)或者蛋白序列查找蛋白的结构域。



点Sequence SMART按钮即可提交任务,数10秒后即可得到下图的预测结果,网页的结构图是交互式的,还可保存为svg格式的矢量图便于文章使用。



下面是预测到的结构域列表,包括上图中展示的和未展示的。



如果你有很多序列需要预测也可以进入SMART的批处理页面(如下图,点Sequence analysis板块的问号按钮会有链接),网址:http://smart.embl-heidelberg.de/smart/batch.pl
按照页面的要求准备Uniprot/Ensembl蛋白序列的ID(或ACC)或者蛋白序列(fasta格式)即可,最多可提交10000条。


这里仅简单介绍,感兴趣的话就赶紧去尝试其他功能吧~


参考文献
Letunic, Ivica, and Peer Bork. "20years of the SMART protein domain annotation resource." Nucleic acidsresearch 46.D1 (2017): D493-D496.


本文作者:基迪奥莫北

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迅猛龙

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发表于 2019.3.2 11:23:01 | 显示全部楼层
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 楼主| 发表于 2019.3.4 09:56:35 | 显示全部楼层
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帝王蝶

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发表于 2019.3.5 09:12:45 | 显示全部楼层
很好的在线预测网站
新的一天加油!
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帝王蝶

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发表于 2019.3.7 23:41:46 | 显示全部楼层
非常好用,再次表示感谢,
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帝王蝶

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发表于 2019.3.15 21:28:21 | 显示全部楼层
smart,pfam, CDD
最近天天高温橙色警报
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草履虫

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草履虫

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失误了.一口气
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草履虫

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及应重新吧
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迅猛龙

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发表于 2019.3.20 10:58:54 | 显示全部楼层
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发表于 2019.3.21 15:29:12 | 显示全部楼层
我记得,序列也一样 只能用数据库中已有的....
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迅猛龙

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发表于 2019.3.25 08:24:27 | 显示全部楼层
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钵水母

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钵水母

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发表于 2019.7.25 09:54:40 | 显示全部楼层
很好,收了啦
快乐成长111
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发表于 2019.7.31 07:19:01 | 显示全部楼层
这个工具最大的问题是。批量分析只能做 数据库中已经收录的序列,即使是提交的是多个序列。
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中华鲟

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发表于 2019.10.26 10:33:11 | 显示全部楼层
学习了
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