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[MeDIP-seq] 已经用macs2得到每个样本的peak,用MAnorm找差异peak时出了问题

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钵水母

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发表于 2019.1.20 22:13:14 | 显示全部楼层 |阅读模式

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hmeDIP数据,两组,每组五个重复,已经用macs2找到了每个样本的peak,找差异peak选择了MAnorm(其他不知道有什么合适的),但MAnorm没有说有重复样本时怎么处理。。。请问有重复的情况下应该怎么找差异peak?用组内样本共有的peak吗?请大家指点~~多谢!
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    发表于 2019.2.25 16:34:04 | 显示全部楼层

    回帖奖励 +1

    生物学重复样本内 采用 IDR 算法 进行处理 得到生物学重复样本的一致性peak区域、保守peak区域   再进行下游组间差异分析
    ****
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     楼主| 发表于 2019.2.27 10:38:51 | 显示全部楼层
    hmyh1202 发表于 2019.2.25 16:34
    生物学重复样本内 采用 IDR 算法 进行处理 得到生物学重复样本的一致性peak区域、保守peak区域   再进行下 ...

    谢谢!虽然不知道IDR算法是什么。。。但我最后用diffbind找的差异,他有两种模式,其中一种应该就是基于这个算法。
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