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一个小疑惑
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一个小疑惑
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发表于 2019.1.4 15:40:59
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rad下机数据clean Data 的reads数x读长100(bp)和软件samtools depth 模块计算的base数量不一致,差别还不小呢。
难道说是samtools 深度计算只统计比对到基因组上碱基的测序深度么?
求前辈们解惑啊,在线等!
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发表于 2019.1.10 17:09:39
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depth 通过bam文件计算覆盖度。bam文件就是比对结果文件。samtools计算的是基因组每个位点平均测到的reads数。当然有一些比对不到的reads了,这个要看mapping率
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