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[简化基因组] 一个小疑惑

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发表于 2019.1.4 15:40:59 | 显示全部楼层 |阅读模式

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rad下机数据clean Data 的reads数x读长100（bp）和软件samtools depth 模块计算的base数量不一致，差别还不小呢。
难道说是samtools 深度计算只统计比对到基因组上碱基的测序深度么？

求前辈们解惑啊,在线等!

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发表于 2019.1.10 17:09:39 | 显示全部楼层

depth 通过bam文件计算覆盖度。bam文件就是比对结果文件。samtools计算的是基因组每个位点平均测到的reads数。当然有一些比对不到的reads了，这个要看mapping率

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