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基迪奥云平台新工具--UpSet韦恩图

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发表于 2018.12.22 09:24:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
哈啰,各位,云平台又推出新工具啦,这次隆重登场的小工具是UpSet韦恩图。韦恩图在高通量测序中常被用来展示不同样本间共有的或特有的基因,常见的韦恩图一般用于处理5个以下的分组,结果的可视化程度也比较好(基迪奥云平台很早之前已推出过)。  


一旦分组过多,虽然也可绘制出其他形式的韦恩图,但结果可读性并不好,让人看得头晕眼花。
UpSet韦恩图就是一个可以解决以上烦恼的神奇小工具,它和常见的韦恩图不太一样,主要是利用连线的形式结合柱形图,来展示不同分组形式的共有和特有元素信息,结果清晰易理解,对于分组较多的情况特别适用。用基迪奥云平台画出来的UpSet韦恩图如下所示:



左边水平柱状图表示各分组的元素统计数值,中间矩阵中的单个点表示某个分组特有的元素,点和点之间的连线表示不同分组特有的交集,竖直柱状图中则分别表示对应的交集元素数值。 下面详细介绍如何通过UpSet韦恩图小工具得到上面的靓图。首先,登录OmicShare Tools云平台:http://www.omicshare.com/tools/



左边导航栏“我的软件”→“所有软件”→“基础绘图”→“UpSet韦恩图”,进入工具页面:



工具界面左边是输入文件区域,右边是说明和例子,如果有不明白的可以阅读“说明”里的讲解。

输入文件

需要输入的文件必须为txt格式,可以选择在excel中将数据打开,然后另存为"文本文件(制表符分隔)(*.txt)"。
以随机生成数值的六个样本为例,可以选择去除各样本中重复的元素,点击“提交”,跳转到“我的任务”,点击“结果预览”可查看图片,图形是可交互式的,可以进行修改。

结果交互

“结果预览”界面主要分为三个部分,左边显示结果图片;右上方为各样本间交集元素的具体信息,点击图片中竖直柱状图中某个柱子就可以在方框中显示对应的结果信息(如图片中红色箭头),点击“查看结果”可下载所有比较组交集元素信息;右下方是图片修改参数,下拉可显示更多,可以逐一尝试或通过阅读“说明”了解每个参数的作用。­­



调整参数得到满意的图片后,记得点击“下载韦恩图”保存图片。 老规矩,新工具上线第一周免费,赶快去试用鸭~
               

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钵水母

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发表于 2018.12.22 16:59:40 | 显示全部楼层
有参考文件,可以试做吗
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迅猛龙

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发表于 2018.12.22 19:38:28 | 显示全部楼层
想手动画的可以参考R包UpSetR,或者Y叔的某个peak包
新的一天加油!
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帝王蝶

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发表于 2018.12.23 08:27:43 | 显示全部楼层
挺好,赞一个
新的一天加油!
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帝王蝶

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发表于 2018.12.24 17:23:42 | 显示全部楼层
相同数据集下载 如何保存在不同的行啊 ,貌似都在同一个单元格里面
2021牛年快乐
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帝王蝶

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发表于 2018.12.24 17:27:37 | 显示全部楼层
还需要进一步转换
2021牛年快乐
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钵水母

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发表于 2019.1.14 10:51:50 | 显示全部楼层
很不错,回来试试
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草履虫

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发表于 2019.3.19 16:41:58 | 显示全部楼层
按照操作运行了,结果总显示是空的,请教怎么回事啊?
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中华鲟

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灌水之王


发表于 2020.5.14 10:21:05 | 显示全部楼层
课题分组有8个,找了很久绘图的方法,今天才发现原来论坛里有教程,看来以后要多逛论坛涨知识
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帝王蝶

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发表于 2020.9.30 12:02:29 | 显示全部楼层
如何选中柱子,并进行删除。我一直选不中
开心
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中华鲟

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发表于 2020.10.4 18:06:23 | 显示全部楼层
很棒,学习了
周五周五了
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中华鲟

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发表于 2020.10.26 23:38:25 | 显示全部楼层
再来学习一遍,很实用
周五周五了
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帝王蝶

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发表于 2020.12.1 08:32:42 | 显示全部楼层
学习一下
新的一天加油!
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迅猛龙

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发表于 2020.12.6 12:21:29 | 显示全部楼层
坚持就是胜利!
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中华鲟

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发表于 2021.1.2 23:06:08 | 显示全部楼层
很棒的工具
加油吧打工人
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迅猛龙

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发表于 2021.1.31 10:30:39 | 显示全部楼层
坚持就是胜利!
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钵水母

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发表于 2021.4.19 17:27:42 | 显示全部楼层
赞~~~
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迅猛龙

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发表于 2021.4.20 16:17:41 | 显示全部楼层
坚持就是胜利!
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钵水母

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发表于 2021.4.28 22:02:37 | 显示全部楼层
很有用,非常感谢~
新的一天加油!
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迅猛龙

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
坚持就是胜利!
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