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[软件使用] 利用MapChart画基因在染色体上的位置

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帝王蝶

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发表于 2018.9.5 15:36:46 | 显示全部楼层 |阅读模式
利用MapChart画基因在染色体上的位置

软件下载地址(提供V2.1,V2.2,V2.3三个版本,可以共用MapChart.lic文件)
链接:https://pan.baidu.com/s/10t0cFQiy9UqIj08ylDmn7Q 密码:v2rb
Tip1-怎么查看基因组某一条染色体的长度(大豆为例):
方法一、NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/打开NCBI找到GDV(Genome Data Viewer
)如图:
选种物种(以大豆为例)
选择你要查找的染色体(图中红框显示的就是大豆1号染色体的物理长度):

方法二、大豆基因组网站www.soybase.org
选择基因组浏览器(Genome Browser
选种你要查找的染色体,进入:
图中显示的就是该条染色体的物理长度信息。

OK,言归正传:
一、数据准备:
文本文件格式,后缀是.mct
具体文本格式解读:(详尽的格式文件参考格式说明文件。)
PS:
1、每一条染色体都是以“chrom”开始表示(以“group”表示linkagegroup,注意区别),各成分之间以空格分开即可(不拘多少个空格,但是为了数据显示美观,最好保持一致),每一个chrom下的基因都是属于该对应的染色体上的基因;
2、基因之间有先后顺序,严格按照在染色体上的先后顺序排列;
3、各行之间可以有空行,如需注释掉某行内容,行首输入半角下的“;”,此行内容将不会在图片中显示;
4、如需添加第二条染色体数据,可以直接在数据后面添加,格式同上。
  
也可以通过上面菜单栏进行格式调整,
  
完成后可以点击打印按钮,保存成PDF格式文档。


附带简单示例数据:修改成.mct即可

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钵水母

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发表于 2018.9.13 09:00:44 | 显示全部楼层
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阴天啊
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中华鲟

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中华鲟

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帝王蝶

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钵水母

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发表于 2020.2.14 11:19:48 | 显示全部楼层
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大家加油哇
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