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[动植物重测序] 组装完在群体中提取某个基因的序列

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中华鲟

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发表于 2016.4.13 10:22:40 | 显示全部楼层 |阅读模式

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一个群体做了重测序,得到了bam文件,现在我想看看某个基因在这个群体里面的序列信息是否有啥差异,我应该怎么提取这个基因在这个群体里面各个个体里的序列信息呢?
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钵水母

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发表于 2016.4.13 21:03:58 | 显示全部楼层
一种用igv把几个bam文件提取出来观察即可
另一种用callsnp的方法提取相应区域的一致性序列即可
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中华鲟

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 楼主| 发表于 2016.4.14 08:57:41 | 显示全部楼层
DNA 发表于 2016.4.13 21:03
一种用igv把几个bam文件提取出来观察即可
另一种用callsnp的方法提取相应区域的一致性序列即可 ...

第一种方法是可以提取序列还是说只能图形化的看到那个区段的信息?因为我的材料几百个,我也不可能一个个都用IGV打开看;第二种方法可以尝试下
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中华鲟

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灌水之王


发表于 2020.5.21 09:16:37 | 显示全部楼层
看评论,学习知识了
新的一天加油!
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