转录组测序的生物学重复性如何评估和解释

stoni

两组样本RNA测序，每组设3个生物学重复。分析结果显示：重复样本间Pearson系数0.5左右，与对照组Pearson系数差不多（0.5左右），该怎么解释啊？是不是重复性不好？还有什么方法评估重复性？

基迪奥-周煌凯

那的确是你样本重复性太差了。你看看RNA没有降解，看看随机曲线如何，有没有往3'端漂移。

dabaouc

楼主，重复性用什么做啊？

stoni

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.13 18:37
那的确是你样本重复性太差了。你看看RNA没有降解，看看随机曲线如何，有没有往3'端漂移。 ...

感谢回复！怎么查看“随机曲线”？

stoni

dabaouc 发表于 2016.4.14 08:48
楼主，重复性用什么做啊？

利用R语言进行Pearson相关系数计算

dabaouc

stoni 发表于 2016.4.14 13:43
利用R语言进行Pearson相关系数计算

哦哦  多谢多谢

基迪奥-周煌凯

stoni 发表于 2016.4.14 13:43
感谢回复！怎么查看“随机曲线”？

就是将 每个基因的序列 从 5' 到 3'分为40份，然后统计各个区间的平均深度。应该所有公司的分析报告都有这张图。

stoni

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.14 21:55
就是将 每个基因的序列 从 5' 到 3'分为40份，然后统计各个区间的平均深度。应该所有公司的分析报告都有这 ...

多谢多谢，我没有看到过这张图

zhouqian2617

这张图怎么看？马鞍型说明什么问题？

vikinaruto86110

这个问题很有意义，我也对此有很多疑问，以往的转录组中我觉得pearson相关系数到0.8重复性就很好了，当然不同物种和不同实验处理下还是有差异的。诺禾告诉我重复性不好的组要删掉，我觉得这样挺浪费的，如果生物学重复不好，那就只能混样了。

stoni

vikinaruto86110 发表于 2016.5.19 08:10
这个问题很有意义，我也对此有很多疑问，以往的转录组中我觉得pearson相关系数到0.8重复性就很好了，当然不 ...

谢谢您的评价。诺禾这样说，是推卸负责任的表现。他们怎么不评估测序污染的可能性呢？如果重复的样品本来不多，删除部分样品，不仅是浪费，而且会影响后续分析。事实上，绝大多数转录组测序项目都不会做很多生物学重复。既然做了生物学重复，那么重复性评价就应该做出来。要不然，事先就不必做重复了，直接混养测，还可以减少建库和测序成本。

vikinaruto86110

stoni 发表于 2016.5.19 14:34
谢谢您的评价。诺禾这样说，是推卸负责任的表现。他们怎么不评估测序污染的可能性呢？如果重复的样品本来 ...

恩，很有道理，以后需要多注意了，混样也许是不错的选择。