查看: 5698|回复: 7

[lncRNA] IGV中如何同时显示正负链的比对结果

[复制链接]

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
1
注册时间
2016.4.9
在线时间
36 小时

发表于 2016.4.10 17:49:51 | 显示全部楼层 |阅读模式

马上注册,结交更多好友,享用更多功能,让你轻松玩转社区。

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
我在用IGV进行可视化的时候,导入bam后每个样品只能显示一条链的信息,如何能让一个样品的正负链同时显示出来呢?谢谢!
回复

使用道具 举报

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
49
注册时间
2015.12.5
在线时间
537 小时

活跃会员论坛元老


发表于 2016.4.11 02:05:01 | 显示全部楼层
bam文件导入后,
(1)右键点击界面最左边得到图标,然后“group alignment by” → “first in paired strand”
(2) 然后 “color alignment by ” →  “first in paired strand”

效果图如下:


by the way, TDF文件 如果使用IGV转化 无法按照链特异显示。你必须用其他软件,例如 genomeview的1个插件 来 将sam/bam转化为TDF,然后可以使用 genomeview 按照链特异显示。


本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
1
注册时间
2016.4.9
在线时间
36 小时

 楼主| 发表于 2016.4.11 09:14:56 | 显示全部楼层
多谢周师傅!还有个问题,我看有的人是导入的bed文件在IGV中进行可视化,他每个样品的bed文件分为正链和负链2个,请问一下如何得到这样的bed文件呢?是从一个bam里面分开的,还是有什么其他方法?谢谢!
回复 支持 反对

使用道具 举报

管理员

Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

主题
49
注册时间
2015.12.5
在线时间
537 小时

活跃会员论坛元老


发表于 2016.4.11 16:11:21 | 显示全部楼层
zlbiochem 发表于 2016.4.11 09:14
多谢周师傅!还有个问题,我看有的人是导入的bed文件在IGV中进行可视化,他每个样品的bed文件分为正链和负 ...

如果区分正负链,建议使用 IGV格式(是文件格式,不是软件)。 IGV官方网站有这个格式的说明,这个文件上为负值的部分,自然被显示为负链。
新的一天加油!
回复 支持 反对

使用道具 举报

帝王蝶

Rank: 4

主题
4
注册时间
2016.4.7
在线时间
27 小时

发表于 2016.4.11 16:52:11 | 显示全部楼层
不错不错,学习了
回复 支持 反对

使用道具 举报

迅猛龙

Rank: 8Rank: 8

主题
0
注册时间
2016.1.15
在线时间
261 小时

活跃会员


发表于 2016.4.12 08:42:19 | 显示全部楼层
路过,随便学习一下
早上好!
回复 支持 反对

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
0
注册时间
2016.4.1
在线时间
17 小时

发表于 2016.4.12 15:08:01 | 显示全部楼层
周老师的回答还精辟啊
回复 支持 反对

使用道具 举报

钵水母

Rank: 3Rank: 3

主题
2
注册时间
2016.3.16
在线时间
12 小时

发表于 2017.2.10 09:20:51 | 显示全部楼层
基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.11 02:05
bam文件导入后,
(1)右键点击界面最左边得到图标,然后“group alignment by” → “first in paired stran ...

请问老师,对IGV的版本有要求吗?我的为啥没看到相关选项呢?
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

快速回复 返回顶部 返回列表