WGBS都可以做什么分析？

莫北

DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息，通常意义上的DNA甲基化是关注全基因组或特定区域的C位点的甲基化水平数据，对表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。
全基因组DNA甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，WGBS）是 DNA 甲基化研究的金标准，它通过 Bisulfite 处理和全基因组 DNA 测序结合的方式，对整个基因组上的甲基化情况进行分析，具有单碱基分辨率，可精确评估单个 C 碱基的甲基化水平，构建全基因组精细甲基化图谱。

WGBS因为数据量大，可以分析条目多，还涉及与其他组学的关联，所以也许会让你对其数据的解析望而却步。因此，找一个专业生信公司提供专业的服务，将对提高你后续研究的效率大有裨益。基迪奥公司WGBS产品全新升级，下面让我们来看看我们的WGBS产品都有哪些特点。

1.Bisulfite实验的严格质控

亚硫酸盐处理效率，是WGBS数据可靠性的重要指标。基迪奥公司所有实验样本中都加入了作为质控的噬菌体lambda DNA作为内参，从而可以准确评估各个样本BS处理的效率，并在结题报告中呈现，让你对自己项目数据的可靠性做到心中有数。

表1 各个样本lambda DNA内参的BS转化效率


2.提供样本聚类信息，样本整体关系一目了然

我们提供PCA、树等分析结果，多组样本的聚类关系，是否存在离群样本，这些信息一目了然。


图1 我们WGBS报告中基于甲基化率的PCA图

3.各类区域的甲基化率统计

我们会对各个类型的基因组区域的平均甲基化率做分类和统计，其中包括：

• 全基因组平均甲基化率
• 各条染色体平均甲基化率
• 编码区以及周边区域的平均甲基化率
• 转座子区平均甲基化率
  

特定区域的平均甲基化率变化，对于特定研究有特别的意义。例如，转座子区上下游的甲基化变化规律，对于研究植物DNA甲基化变化规律的老师来说，是非常有价值的分析点（转座子的DNA甲基化修饰变化，在植物表观调控中起着非常重要的作用）。例如我们之前解读的两篇客户WGBS文章，都涉及转座子的DNA甲基化分析。


图2 我们WGBS报告中的转座子区以及上下游的甲基化率统计

附：我们两篇客户文章的解读（点击标题查看）

《8分的SCI是怎么讲故事的？贯穿分析研究蓖麻籽的基因组印迹》

http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=253&fromuid=12

《基迪奥客户文章！6.8分的蓖麻甲基化与小RNA组学贯穿研究》

http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=1362&fromuid=12

4.同时关注不同类型的C的甲基化差异

DNA甲基化根据其侧翼序列的不同，分为三种类型，分别为CG、CHG、CHH位点的甲基化。三种甲基化的修饰酶不同，潜在在物种体内也有不同的调控机制。例如，动物体内主要为CG类型的甲基化修饰起着调控作用。

而在植物体内CHH类型的甲基化修饰由于RNA介导的DNA甲基化修饰存在（RNAdirected DNA Methylation, RdDM）,也起着比较重要的作用。

因此，我们将在结题报告中，无论在位点还是区域差异甲基化分析，我们将会对CG、CHG、CHH分别做统计，从而保证精细解析它们对基因组的影响。 附：如果你关注三种DNA甲基化类型的形成机制，可以关注我们Omicshare class的在线课堂：

《DNA甲基化的形成机制和检测方法》

http://www.omicshare.com/class/home/index/classdetail?id=26

《DNA甲基化与逆境应答以及胁迫记忆的遗传现象》

http://www.omicshare.com/class/home/index/classdetail?id=22

5.差异甲基化分析内容丰富

（1）我们提供了DMC（差异甲基化位点）和DMR（差异甲基化区域）两个维度的分析结果，让你既可以关注位点，也可以关注各个区域的差异甲基化
（2）新的流程报告的DMR分析中，我们换用固定窗口分析法，替代了原来的甲基化区域识别法，解决了后者在多样本分析中存在的甲基化区域合并困难的问题。

如图3所示，甲基化区域识别法在进行多个样本比较前，需要对各个样本的甲基化区域进行合并。但当样本数巨大的时候，区域范围会不断延伸，导致分析的精度下降。而固定窗口法，则可以保证无论样本数多少，窗口的精度保持恒定。这个修改，可以让DNA甲基化分析的多样本比较更加便利，例如多样本聚类、回归分析等，都更加准确。

是的，我们的流程中的使用方法都是精心挑选而且不断优化的，以保证你可以获得最准确最便利的结果。


图3 两种分析策略逻辑比较的示意图

（3）报告提供了多种图形展示差异甲基化分析结果

所有差异甲基化分析结果，除了提供表格数据，还提供大量精美的图形。有精美图形助力，发高分文章不是梦。例如图5a，展示了全基因组、编码区、转座子区CHH差异甲基化分布的核密度图，可以看出处理组的CHH甲基化趋向于上调。这个精美的figure在《New Phytologist》、《elife》、《PNS》等高分杂志中是常客，你值得拥有。


图4 报告中提供的各类精美差异甲基化分析结果图

6.结果可视化
在大部分WGBS文章中，一幅与特定目标基因相关的位点甲基化率示意图是必不可少的。我们会为您提供相应的数据文件，并附上独家的IGV使用教程视频。

附录：

《基因组浏览器（IGV）使用教程》

也许你注意到了，我们的服务不仅仅是提供标准化的报告这么简单，更重要的是我们提供多种形式的个性化后期服务。我们在Omicshare class 向你讲解数据分析的原理，传授基本的生物信息技巧；我们提供Omicshare tools、Omicsmart在线分析工具，让你只要简单挥挥鼠标，就可以完成基本的生物信息分析；我们还提供一对一的后期个性化服务，与您探讨生物学问题，为你定制漂亮的figure。如果您关注WGBS，那么WGBS与RNA-seq的贯穿分析，将必不可少，请继续关注我们后续对“基迪奥WGBS与RNA-seq贯穿分析结题报告”的介绍。

今天的内容就到这里啦~

本文作者 基迪奥-周老师

pigmorning

WGBS五星好评

xiaomeng

点赞，正在学习

fishredcn

学无止境

小星星mo

什么时候讲与rnaseq的关联分析呀

platove

一步一个脚印，做大做强

unitnine

有用，先马上

崔俊丽

学习了

cjwdgs12345

赞赞赞赞赞

zheng_zhen

附的两篇文章在哪里呢？

platove

我们RNA生信干货行（QQ群：837738558）
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