关于同一物种不同发育阶段的SNP分析问题

开挂

     同一物种，两个不同发育阶段的SNP数目不同、涉及的unigenes也不同，请问对其中发生了非同义突变的这些unigenes进行GO、KEGG富集分析有意义么？能说明什么问题？

基迪奥-周煌凯

这里的SNP，是没有意义的。
因为你的关心的问题是实验处理对个体的影响。而实验处理只会影响基因的表达，而不会让DNA发生变异。
这里的SNP来源于个体本身的遗传背景差异（随机的），和实验处理无关。

开挂

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.8 12:36
这里的SNP，是没有意义的。
因为你的关心的问题是实验处理对个体的影响。而实验处理只会影响基因的表达，而 ...

(⊙o⊙)额
周老师，那如果我把两组中所有涉及氨基酸突变的SNP放在一起分析呢？
后面能说是由于环境压力选择导致某类基因的变异增多么？
哎，在写毕业论文，感觉内容不够，想找点东西凑凑....

yuzhe891

你的意思是，一个人今天受到阳光沐浴，就突变了一点，明天受到雨露沐浴，又突变了一点。一个人活着真不容易，没准哪天就突变成隔壁老王了，啥也说不清楚了···

qinyuan

SNP数目也会随着发育阶段而改变呀？

开挂

yuzhe891 发表于 2016.4.8 16:13
你的意思是，一个人今天受到阳光沐浴，就突变了一点，明天受到雨露沐浴，又突变了一点。一个人活着真不容易 ...

提取的RNA是一批个体，而不是一个个体啊

开挂

yuzhe891 发表于 2016.4.8 16:13
你的意思是，一个人今天受到阳光沐浴，就突变了一点，明天受到雨露沐浴，又突变了一点。一个人活着真不容易 ...

http://xueshu.baidu.com/s?wd=pap ... 498047&ie=utf-8

yuzhe891

开挂 发表于 2016.4.8 17:03
提取的RNA是一批个体，而不是一个个体啊

你哥和你，谁沐浴成隔壁老王，你父母都不干啊！

yuzhe891

开挂 发表于 2016.4.8 17:05
http://xueshu.baidu.com/s?wd=paperuri%3A%28c85264344c539e5cc44c2e4c615dda1b%29&filter=sc_long_sign ...

plos one的水，估计现在也不能这么灌了。
哥们你应该是RNAseq中毒太深了吧。
首先，RNA水平的SNP，虽然从理论上来讲，call call无伤大雅，但是大牛们可都不太认可啊，RNA水平的SNP一般基本不再往下深究了，否则打自己脸了。
其次，文章里的那些比较，都是基于他们由于转录本不同导致的SNP的检出差别，数目啊基因啊不一样和SNP基本上半毛钱关系木有。
最后，想凑啥就凑啥吧，祝你顺利毕业！

基迪奥-周煌凯

yuzhe891 发表于 2016.4.8 18:27
plos one的水，估计现在也不能这么灌了。
哥们你应该是RNAseq中毒太深了吧。
首先，RNA水平的SNP，虽然从 ...

的确，RNA-seq call SNP的假阳性率非常高，所以发毕业论文凑个篇幅还好，发SCI就不靠谱了。关键是call SNP无法解释，你想说明什么问题？ 选择压力？那还是算了。实验处理不会在短期内产生 如此多变异。

doctor125

一般不建议通过RNA-seq数据找SNV，特别是不同发育时期的这种，突变不会在短时期能就形成的，这种纯粹是为了充数

开挂

yuzhe891 发表于 2016.4.8 18:07
你哥和你，谁沐浴成隔壁老王，你父母都不干啊！

你妹哦，有才华也不能这么说话任性啊！

开挂

yuzhe891 发表于 2016.4.8 18:27
plos one的水，估计现在也不能这么灌了。
哥们你应该是RNAseq中毒太深了吧。
首先，RNA水平的SNP，虽然从 ...

意思我懂了，多谢！

开挂

基迪奥-周煌凯 发表于 2016.4.8 23:36
的确，RNA-seq call SNP的假阳性率非常高，所以发毕业论文凑个篇幅还好，发SCI就不靠谱了。关键是call SN ...

还是周老师说话文雅！！

yuzhe891

开挂 发表于 2016.4.11 10:31
你妹哦，有才华也不能这么说话任性啊！

嗯嗯，我公开承认错误！

基迪奥-周煌凯

yuzhe891 发表于 2016.4.11 11:05
嗯嗯，我公开承认错误！

大家都是为了学习进步嘛，偶尔有思想碰撞比较激动也是可以理解的。都多多包涵

开挂

yuzhe891 发表于 2016.4.11 11:05
嗯嗯，我公开承认错误！

言重了...

yulin

好贴，必须好好学习，长见识了，这么高大上的知识点不能错过

xiaomaguohebjfu

相互交流，大家共同进步

皖城小西

这个知识点学到了！ 好贴。