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[软件使用] Bamdeal 软件发布

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帝王蝶

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发表于 2018.1.25 09:22:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 hewm2008 于 2018.6.21 10:05 编辑

之前发布一些bam操作的软件全部升级并被集成了  一个工具包里面  BamDeal
BamDeal的发布网址见:
https://github.com/BGI-shenzhen/BamDeal     (2018-06-21此时为稳定发布板本 0.20)

1  安装
先安装   htslib  库:
samtools-1.5/htslib-1.5  or  samtools-1.6/htslib-1.6
./configure;        make;
2 功能
下面是bamdeal 0.20的板本 功能介绍。</pre>
convert[td]
Module
Function
Description
Summary


soap2bam
soap --> bam/sam Format

bam2soap
bam/sam --> soap Format

bam2fq
bam/sam --> Fastq Format

bam2fa
bam/sam --> Fasta Format
modify[td]
Module
Function
Description
Summary


bamFilter
filter low quality read in bam

bamSplit
split single/muti-Bam by chr

bamAssign
split single/muti-Bam by assign chr

bamCat
Merge/Cat diff header muti bam to one bam

bamRand
random out partly of bam read

bamSubChr
get/remove some chr form bam

bamShiftQ
modify seq phred quality in bam
statistics[td]
Module
Function
Description
Summary


Coverage
Calculate Genome Coverage/Depth/GC Dis based Bam

DeteCNV
Detect CNV/Deletion Region by merge Depth info based Bam

DeteSV
Detect SV by Pair End Read insert size in Bam

LowDepth
GiveOut bed file of low Depth Region(may BigDeletion)


visualize[td]
Module
Function
Description
Summary


StatQC
Basic Stat and qualty control,Show gc-depth... result Fig

DepthCov
Show pdf Fig of Depth Dis & Depth~Coverage

DepthGC
Show pdf Fig of Depth~RefGC

DepthSlide
Show Manhattan Fig of Depth sliding Windows along genome

</pre>
3 用法

可以层层进入看help  也可以加上-h看更多help说明文档

Examples

    • convert

    #convert soap 2 bam    ./bin/BamDeal   convert   soap2bam   -InSoap <in.soap> -OutBam <out.bam>  -Dict Ref.fa    #convert bam 2 soap     ./BamDeal  convert   bam2soap   -InFile <in.bam>  -OutPut <Out.soap>

    • modify

    #  cat diff header bam  to one bam     ./BamDeal    modify  bamCat  -InFile A.bam -InFile B.bam  -OutFile C.bam    #  merge  muti sort bam  to an sort bam     ./BamDeal    modify  bamCat  -InList  <bam.Sort.list>  -OutFile <out.sort.bam>  -Merge    #  split bam by chr      ./BamDeal   modify   bamSplit  -InList  <bam.list>  -ReSetHead   -OutDir  ./

    • statistics

    # detect CNV/Deletion Region based bam file        ./BamDeal   statistics  DeteCNV  -List  <bam.list>  -OutPut  <outPrefix>    # stat coverage and depth each chr       ./BamDeal  statistics  Coverage   -List  <bam.list>  -OutPut  <out>  -Ref  Ref.fa  -Stat    # GiveOut bed file of low Depth Region       ./BamDeal   statistics  LowDepth   -InList     <bam.list>  -OutPut  <out.bed>

    • statistics

    #  Show Manhattan Fig of Depth sliding Windows along genome      ./BamDeal    visualize  DepthSlide   -InList  <bam.list>  -Ref  <Ref.fa> -OutPut  <outPrefix>    # Show pdf Fig of Depth~RefGC       ./BamDeal    visualize DepthGC  -InList  <bam.list>  -Ref  <Ref.fa> -OutPut  <outPrefix>    # Show pdf Fig of Depth Dis & Depth~Coverage      ./BamDeal    visualize DepthCov    -InList     <bam.list> -OutPut  <outPrefix>
see more other Usage in the Documentation(暂时没有,后面会更新)


https://github.com/BGI-shenzhen/BamDeal

####################################


贴子之前的名字为: 【发布软件 BamCoverage  BamSplit soap2bam】

这几个程序都要先安装   htslib  库:
samtools-1.5/htslib-1.5  or  samtools-1.6/htslib-1.6

发布程序1:BamCoverage

BamCoverage   
Flag :  depth coverage
介绍:可以直接读bam sam cram格式   即可输出各位点的深度信息   若加上 -Stat 参数可以给出 平均深度和覆盖度 已经升级到 1.10板本  可以给出很漂亮的GC-Depth的分布图,组装常用到的 看有没有受到污染的图
下载地址:https://github.com/BGI-shenzhen/BamCoverage
亮点:   速度极快和内存都极小, 内存和基因组大长有关  hg19所占的内存为5G

载图:



其中若是soap格式可以用:同以前某SoapCoverage
:https://github.com/BGI-shenzhen/SoapNewCov

发布程序2: BamSplit
Flag : split bam by chromosome
功能介绍: 可以将sam bam cram的比对结果  按  chr 染色体拆分,即一条chr为一个bam or sam.gz .   
亮点:  只须读一次bam  速度极快和内存极极极小   大大减小IO
下载地址: https://github.com/BGI-shenzhen/BamSplit
载图:


发布程序3: soap2bam
Flag :   soap2bam  soap2sam
功能介绍: 将soap转为bam/sam.gz 格式       兼容soap.gz的  可以是压缩的soap  
亮点:  高效  直接输出bam   
下载地址:  https://github.com/BGI-shenzhen/soap2bam
载图:






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中华鲟

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发表于 2018.1.25 09:32:41 | 显示全部楼层
厉害,
新的一天加油!
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帝王蝶

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发表于 2018.1.26 12:50:25 | 显示全部楼层
啊啊啊啊啊
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中华鲟

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发表于 2018.1.26 14:50:09 | 显示全部楼层
感谢楼主的无私奉献
加油
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2018.5.8 14:15:02 | 显示全部楼层
添加了很多功能  集成了一个软件包   bamdeal   bam的软件包见:  https://github.com/BGI-shenzhen/BamDeal  
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帝王蝶

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 楼主| 发表于 2018.6.21 10:00:20 | 显示全部楼层
更新并集成到bamDeal 软件包里面:  https://github.com/BGI-shenzhen/BamDeal   欢迎大家使用  发布出来为稳定试用了几个月无bug的板本
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