查看: 13684|回复: 35

【OS小课堂】motif在线预测工具MEME的使用教程【视频】

  [复制链接]
  • TA的每日心情
    忙~
    2019.7.22 17:21
  • 签到天数: 217 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    125
    奥币
    8306
    积分
    3053
    注册时间
    2015.11.12
    在线时间
    737 小时

    推广达人宣传达人论坛元老


    发表于 2016.3.24 17:42:30 | 显示全部楼层 |阅读模式
    MEME,链接:http://meme-suite.org/

    MEME Suite是集合众多预测和注释motif工具的在线网站,其中MEME算法是基于最大期望值(EM)算法来识别motif。

    关于MEME 的使用,我制作了一个PPT在这里下载:


    具体步骤:
    打开MEME主页
    MEME网站的具体功能都在主页上显示,可以根据自己的需求选择合适的分析工具,今天主要选择的工具是MEME(红框部分)。

    当点击MEME时,出现如下的画面:
    在这个页面主要的是进行目标序列的motif分析,可以对DNA,RNA,蛋白序列进行motif查找,可以根据页面的提示选择合适生物学的参数进行目标序列的分析。

    该页面一共有5个参数。对任何参数有问题,可以点击?是帮助文档。

    3个关键才参数设置

    • Input the primary sequences(上传数据)
      文件的格式fasta格式
      上传完文件后,MEME网站会自动检测是蛋白序列还是DNA序列;
    • Select the site distribution
      默认是:Zero or one occurrence per sequence,某类型的结构域(motif)在一条序列只出现0次或1次。
    • Select the number of motifs
      决定在这一组多条序列中,将被挖掘出的结构域(motif)的种类数量。默认值是3,这意味着在这一组序列中,发现的motif的数量最多3个。但有时候,我们无法预先了解这组序列实际上的结构域的数量,那么可以先填写一份较大的数值。例如10。在完成分析后,再查看分析结果中结构域的显著性。例如,如果结果中保守性达到显著水平(P<0.05)的结构域数量是6。那么,则可以将最初的参数从“10”修改为“6”,然后重新提交数据分析一次。


    在选择合理参数分析完后,填写提交个人的具体邮箱(在分析完成后,结果将会发送到你的个人邮箱),然后提交分析。
    提交完成后的界面

    该页面主要是记录提交任务的具体信息,因为该网页是基于国外的服务器平台,所以运行的结果非常依赖于网上,具体的结果以邮件的形式呈现;

    邮件的记录形式如下图:
    当然可以点击具体的网址,实时观察任务的运行动态。

    MEME运行的结果

    Motif查找的结果主要7种不同的格式呈现,并且记录运行结果的具体参数和运行时间,可以对进行查看;

    结果解读:一共查找到了5种不同的motif,motif的具体结构如上图,并且给出了motif显著性的期望值(p值),site值就是找到有8条序列含有该motif,width就是这个motif的具体的序列长度,可以根据科研的需要进行具体数据的下载;

    对具体每条序列的motif形象话的展示,不同颜色的方块代表不同motif,和该motif的位置,方块的大小代表motif的长度,从该图就可以形象的展示不同的序列motif的同异;

    统计不同氨基酸的代号和具体频率。

    可以根据研究的需要,在MEME的结果下载合适文件格式进行后续的修改和研究。



    本帖子中包含更多资源

    您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

    x
    事在人为~
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    忙~
    2019.7.22 17:21
  • 签到天数: 217 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    管理员

    Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15Rank: 15

    主题
    125
    奥币
    8306
    积分
    3053
    注册时间
    2015.11.12
    在线时间
    737 小时

    推广达人宣传达人论坛元老


     楼主| 发表于 2016.4.19 14:16:28 | 显示全部楼层
    关于MEME的使用教程视频,声音赞助:周老师




    事在人为~
    回复 支持 3 反对 0

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.5.10 12:06
  • 签到天数: 57 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    626
    积分
    135
    注册时间
    2016.1.8
    在线时间
    23 小时

    发表于 2016.4.19 20:06:26 | 显示全部楼层
    很好的实用教程!
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2018.4.16 11:44
  • 签到天数: 429 天

    连续签到: 1 天

    [LV.9]以坛为家II

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    14
    奥币
    1971
    积分
    626
    注册时间
    2016.1.4
    在线时间
    202 小时

    发表于 2016.4.19 22:32:11 | 显示全部楼层
    学习一下,谢谢教程
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2018.5.4 14:25
  • 签到天数: 609 天

    连续签到: 1 天

    [LV.9]以坛为家II

    版主

    Rank: 10Rank: 10Rank: 10

    主题
    52
    奥币
    5990
    积分
    1270
    注册时间
    2016.1.8
    在线时间
    273 小时

    突出贡献优秀版主论坛元老


    发表于 2016.4.19 23:47:20 | 显示全部楼层
    太好了,谢谢
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2018.2.9 08:18
  • 签到天数: 279 天

    连续签到: 1 天

    [LV.8]以坛为家I

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    11
    奥币
    398
    积分
    432
    注册时间
    2016.4.7
    在线时间
    144 小时

    发表于 2016.4.20 11:18:19 | 显示全部楼层
    灰常有用,灰常感谢
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.11.14 16:30
  • 签到天数: 30 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    1
    奥币
    418
    积分
    248
    注册时间
    2016.1.25
    在线时间
    72 小时

    发表于 2016.4.20 21:01:29 | 显示全部楼层
    到处都是干货

    点评

    所以要多逛论坛啊  发表于 2016.4.21 11:25
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.5.28 15:56
  • 签到天数: 13 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    1
    奥币
    589
    积分
    145
    注册时间
    2016.5.9
    在线时间
    16 小时

    发表于 2016.5.19 21:34:24 | 显示全部楼层
    好,挨个学
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.9.24 21:17
  • 签到天数: 11 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    2
    奥币
    681
    积分
    41
    注册时间
    2016.5.13
    在线时间
    18 小时

    发表于 2016.5.20 17:00:10 | 显示全部楼层
    请问结果logo中高高低低的ATCG怎么解释呢? 反映出的是不同碱基的出现频率吗?

    点评

    是的,字母越大,就是占的频率越高,这个碱基越保守。  发表于 2016.7.23 12:56
    回复 支持 1 反对 0

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.10.18 18:03
  • 签到天数: 55 天

    连续签到: 1 天

    [LV.5]常住居民I

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    15
    奥币
    815
    积分
    829
    注册时间
    2016.5.12
    在线时间
    88 小时

    发表于 2016.5.30 17:36:42 | 显示全部楼层
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2016.6.3 10:41
  • 签到天数: 2 天

    连续签到: 2 天

    [LV.1]初来乍到

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    418
    积分
    63
    注册时间
    2016.6.1
    在线时间
    37 小时

    发表于 2016.6.2 11:43:32 | 显示全部楼层
    很不错的教程
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    15 小时前
  • 签到天数: 784 天

    连续签到: 5 天

    [LV.10]以坛为家III

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    7
    奥币
    2792
    积分
    959
    注册时间
    2016.4.8
    在线时间
    331 小时

    最佳新人


    发表于 2016.7.3 16:52:44 | 显示全部楼层
    很棒
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.3.14 16:47
  • 签到天数: 15 天

    连续签到: 1 天

    [LV.4]偶尔看看III

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    375
    积分
    60
    注册时间
    2016.4.8
    在线时间
    28 小时

    发表于 2016.7.23 09:01:19 | 显示全部楼层
    谢谢,学习了
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.11.2 17:59
  • 签到天数: 11 天

    连续签到: 1 天

    [LV.3]偶尔看看II

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    643
    积分
    52
    注册时间
    2016.8.11
    在线时间
    27 小时

    发表于 2016.8.24 19:53:53 | 显示全部楼层
    非常给力
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    yes!
    昨天 08:00
  • 签到天数: 466 天

    连续签到: 2 天

    [LV.9]以坛为家II

    迅猛龙

    Rank: 8Rank: 8

    主题
    13
    奥币
    3117
    积分
    1055
    注册时间
    2016.9.7
    在线时间
    154 小时

    突出贡献


    发表于 2016.9.8 07:29:44 | 显示全部楼层

    谢谢,学习了
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.5.8 20:15
  • 签到天数: 5 天

    连续签到: 1 天

    [LV.2]偶尔看看I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    201
    积分
    93
    注册时间
    2016.9.13
    在线时间
    25 小时

    发表于 2016.9.18 17:33:35 | 显示全部楼层
    点赞 感谢分享
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.5.8 20:15
  • 签到天数: 5 天

    连续签到: 1 天

    [LV.2]偶尔看看I

    钵水母

    Rank: 3Rank: 3

    主题
    0
    奥币
    201
    积分
    93
    注册时间
    2016.9.13
    在线时间
    25 小时

    发表于 2016.10.8 17:14:37 | 显示全部楼层
    这个视频怎么下载呢?
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    吃饭
    2018.11.24 11:35
  • 签到天数: 227 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    中华鲟

    Rank: 5Rank: 5

    主题
    4
    奥币
    403
    积分
    652
    注册时间
    2016.9.27
    在线时间
    204 小时

    发表于 2016.10.23 00:36:22 | 显示全部楼层
    MEME 其他的功能能否给介绍下
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

  • TA的每日心情
    害羞
    2019.1.7 08:00
  • 签到天数: 148 天

    连续签到: 1 天

    [LV.7]常住居民III

    帝王蝶

    Rank: 4

    主题
    0
    奥币
    480
    积分
    236
    注册时间
    2016.9.15
    在线时间
    44 小时

    发表于 2016.10.27 10:35:56 | 显示全部楼层
    回复

    使用道具 举报

  • TA的每日心情

    2017.10.11 08:02
  • 签到天数: 6 天

    连续签到: 2 天

    [LV.2]偶尔看看I

    草履虫

    Rank: 2

    主题
    0
    奥币
    486
    积分
    12
    注册时间
    2016.5.11
    在线时间
    8 小时

    发表于 2016.11.15 14:33:35 | 显示全部楼层
    再也不担心怎么使用meme了
    回复 支持 反对

    使用道具 举报

    您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

    本版积分规则

    快速回复 返回顶部 返回列表