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[动植物denovo] 如何绘制alignment图

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  • TA的每日心情

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    发表于 2017.9.16 05:36:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
    本帖最后由 雷神之锤哦 于 2017.9.16 05:44 编辑

    之前有看到帖子讲如何利用DNAMAN来做序列比对图。

    我把我知道的分享一下,操作很简单。

    这些alignment图一般是用来展示序列保守程度或者重要的保守区域及位点,肯定需要后期修图的,那么能生成pdf格式就好办了。

    比如我们要生成下面这张图,序列名字我就没截图了。

    使用SMS工具:http://www.bio-soft.net/sms/ 的蛋白比对展示工具,如图所示。

    把比对好的序列黏贴进去即可。可以调整配色和保守程度。

    然后把整个页面打印成pdf就好啦(360浏览器哈,别的浏览器直接打不好使),生成的pdf可以在位图修改软件里进行修改啦。
    最后放一张我捯饬的图,筑基,镇宅。


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    发表于 2017.9.16 06:27:02 | 显示全部楼层
    生成的pdf可以在位图修改软件里进行修改啦。
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  • TA的每日心情

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     楼主| 发表于 2017.9.16 08:14:44 | 显示全部楼层
    Wuii 发表于 2017.9.16 06:27
    生成的pdf可以在位图修改软件里进行修改啦。

    你这起的够早的
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  • TA的每日心情
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    发表于 2017.9.16 08:37:14 | 显示全部楼层

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    发表于 2017.9.18 21:34:36 | 显示全部楼层
    我要看看,我到底有多么的喜欢你!
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  • TA的每日心情

    5 天前
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    发表于 2017.9.19 15:47:26 | 显示全部楼层
    这个牛逼了,比那个M好用
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    发表于 2017.9.19 21:14:09 | 显示全部楼层
    看这配色还不赖啊
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    发表于 2017.9.20 09:12:23 | 显示全部楼层
    请问楼主,最后一张多彩的图使用什么方法做出来,可以分享一下吗?
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     楼主| 发表于 2017.9.20 21:54:13 | 显示全部楼层
    黎明 发表于 2017.9.20 09:12
    请问楼主,最后一张多彩的图使用什么方法做出来,可以分享一下吗?

    用这个pdf和weblogo图,用corelDRAW合并的

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    厉害了!  发表于 2017.9.21 12:47
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    发表于 2017.10.9 14:55:09 | 显示全部楼层
    序列的颜色是根据保守程度调整的吗?还是需要自己手动选择某些位置的序列进行改变?我感兴趣的是这个logo图是怎么画出来的呢,数据格式是什么样的?
    非常感谢楼主
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     楼主| 发表于 2017.10.9 17:21:49 | 显示全部楼层
    wanglongxin 发表于 2017.10.9 14:55
    序列的颜色是根据保守程度调整的吗?还是需要自己手动选择某些位置的序列进行改变?我感兴趣的是这个logo图 ...

    SMS2的在线工具可以自行设置保守程度来上色的,无须手动添加颜色。
    logo图就是在线的Weblogo工具,提交比对好的fasta序列就行。
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    发表于 2017.10.10 09:44:35 | 显示全部楼层
    雷神之锤哦 发表于 2017.10.9 17:21
    SMS2的在线工具可以自行设置保守程度来上色的,无须手动添加颜色。
    logo图就是在线的Weblogo工具,提交比 ...

    好的,非常感谢
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    2019.12.3 23:43
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    发表于 2018.10.16 21:57:58 | 显示全部楼层
    楼主牛掰!
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